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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yam | |||||||||
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タイトル | Mammalian 48S late-stage translation initiation complex (LS48S+eIF3 IC) with beta-globin mRNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / translation initiation / eukaryotic initiation factor 1 / eukaryotic initiation factor 1A / eukaryotic initiation factor 3 / late-stage initiation complex / rabbit | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribosomal subunit / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribosomal subunit / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / regulation of translational fidelity / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / translation regulator activity / cytosolic ribosome / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of translation / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / PML body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosome binding / glucose homeostasis / virus receptor activity / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / perikaryon / cytosolic small ribosomal subunit / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / cell cycle / cell division / DNA repair / centrosome / mRNA binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Bochler, A. / Simonetti, A. / Guca, E. / Hashem, Y. | |||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into the Mammalian Late-Stage Initiation Complexes. 著者: Angelita Simonetti / Ewelina Guca / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Yaser Hashem / 要旨: In higher eukaryotes, the mRNA sequence in the direct vicinity of the start codon, called the Kozak sequence (CRCCaugG, where R is a purine), is known to influence the rate of the initiation process. ...In higher eukaryotes, the mRNA sequence in the direct vicinity of the start codon, called the Kozak sequence (CRCCaugG, where R is a purine), is known to influence the rate of the initiation process. However, the molecular basis underlying its role remains poorly understood. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of mammalian late-stage 48S initiation complexes (LS48S ICs) in the presence of two different native mRNA sequences, β-globin and histone 4, at overall resolution of 3 and 3.5 Å, respectively. Our high-resolution structures unravel key interactions from the mRNA to eukaryotic initiation factors (eIFs): 1A, 2, 3, 18S rRNA, and several 40S ribosomal proteins. In addition, we are able to study the structural role of ABCE1 in the formation of native 48S ICs. Our results reveal a comprehensive map of ribosome/eIF-mRNA and ribosome/eIF-tRNA interactions and suggest the impact of mRNA sequence on the structure of the LS48S IC. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6yam.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yam.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yam_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yam_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yam_validation.xml.gz | 289.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yam_validation.cif.gz | 477.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/6yam | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 24376.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: A at position 37 is modified (threonyl-carbamoyl-adenosine (t6A)) 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#34: RNA鎖 | 分子量: 601015.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U at position 1244 is modified / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#41: RNA鎖 | 分子量: 14454.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 l
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
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+40S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 CDEFGHIKLMNOQSTVWXYZabcdiUR
-Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 JPefgn
#10: タンパク質 | 分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51 |
#29: タンパク質 | 分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4 |
#30: タンパク質 | 分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22 |
#31: タンパク質 | 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4 |
#32: タンパク質 | 分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3 |
-Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ... , 2種, 2分子 AB
#35: タンパク質 | 分子量: 30633.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T2G4 |
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#36: タンパク質 | 分子量: 45862.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 jk
#37: タンパク質 | 分子量: 16488.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#38: タンパク質 | 分子量: 66986.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 9種, 9分子 myvwqrstu
#42: タンパク質 | 分子量: 64042.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#43: タンパク質 | 分子量: 163226.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9C991 |
#44: タンパク質 | 分子量: 105676.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U971 |
#45: タンパク質 | 分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SUC8 |
#46: タンパク質 | 分子量: 30111.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLC2 |
#47: タンパク質 | 分子量: 39954.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#48: タンパク質 | 分子量: 25129.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3L2 |
#49: タンパク質 | 分子量: 66776.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#50: タンパク質 | 分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLW8 |
-非ポリマー , 3種, 5分子
#51: 化合物 | #52: 化合物 | ChemComp-MG / | #53: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43450 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |