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- EMDB-8307: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8307
タイトルMediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH (Focused refinement)
マップデータMediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH (Targeted Refinement)
試料
  • 複合体: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH (Focused Refinement)
    • タンパク質・ペプチド: x 40種
    • DNA: x 1種
生物種yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.8 Å
データ登録者Robinson PJ / Bushnell DA / Kornberg RD
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI21144 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM36659 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49985 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103481 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure of a Complete Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex.
著者: Philip J Robinson / Michael J Trnka / David A Bushnell / Ralph E Davis / Pierre-Jean Mattei / Alma L Burlingame / Roger D Kornberg /
要旨: A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass ...A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass spectrometry. The resulting complete Med-PIC structure reveals two components of functional significance, absent from previous structures, a protein kinase complex and the Mediator-activator interaction region. It thereby shows how the kinase and its target, the C-terminal domain of the polymerase, control Med-PIC interaction and transcription.
履歴
登録2016年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年9月14日-
マップ公開2016年9月14日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH (Targeted Refinement)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.29 Å/pix.
x 220 pix.
= 503.8 Å		2.29 Å/pix.
x 220 pix.
= 503.8 Å		2.29 Å/pix.
x 220 pix.
= 503.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.29 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.04900785 - 0.21359907
平均 (標準偏差)0.001914413 (±0.010369304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 503.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.292.292.29
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z503.800503.800503.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-210-210-210
NX/NY/NZ420420420
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0490.2140.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8307_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH half-map...

ファイルemd_8307_half_map_1.map
注釈Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH half-map odd (Targeted Refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH half-map...

ファイルemd_8307_half_map_2.map
注釈Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex delta TFIIE-IIH half-map even (Targeted Refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH...

全体名称: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH (Focused Refinement)
要素
  • 複合体: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH (Focused Refinement)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
    • タンパク質・ペプチド: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
    • タンパク質・ペプチド: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIF subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor IIA subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
    • DNA: 108 bp HIS4 promoter fragment

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超分子 #1: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH...

超分子名称: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex Delta TFIIE-IIH (Focused Refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 1.86 MDa

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分子 #1: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKPV FHVGFIAKIK KVCECVCMHC GKLLLDEHNE LMRQALAIKD SKKRFAAIWT LCKTKMVCET DVPSEDDPTQ LVSRGGCGNT ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKPV FHVGFIAKIK KVCECVCMHC GKLLLDEHNE LMRQALAIKD SKKRFAAIWT LCKTKMVCET DVPSEDDPTQ LVSRGGCGNT QPTIRKDGLK LVGSWKKDRA TGDADEPELR VLSTEEILNI FKHISVKDFT SLGFNEVFSR PEWMILTCLP VPPPPVRPSI SFNESQRGED DLTFKLADIL KANISLETLE HNGAPHHAIE EAESLLQFHV ATYMDNDIAG QPQALQKSGR PVKSIRARLK GKEGRIRGNL MGKRVDFSAR TVISGDPNLE LDQVGVPKSI AKTLTYPEVV TPYNIDRLTQ LVRNGPNEHP GAKYVIRDSG DRIDLRYSKR AGDIQLQYGW KVERHIMDND PVLFNRQPSL HKMSMMAHRV KVIPYSTFRL NLSVTSPYNA DFDGDEMNLH VPQSEETRAE LSQLCAVPLQ IVSPQSNKPC MGIVQDTLCG IRKLTLRDTF IELDQVLNML YWVPDWDGVI PTPAIIKPKP LWSGKQILSV AIPNGIHLQR FDEGTTLLSP KDNGMLIIDG QIIFGVVEKK TVGSSNGGLI HVVTREKGPQ VCAKLFGNIQ KVVNFWLLHN GFSTGIGDTI ADGPTMREIT ETIAEAKKKV LDVTKEAQAN LLTAKHGMTL RESFEDNVVR FLNEARDKAG RLAEVNLKDL NNVKQMVMAG SKGSFINIAQ MSACVGQQSV EGKRIAFGFV DRTLPHFSKD DYSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGSD AAFEKRYRVD LLNTDHTLDP SLLESGSEIL GDLKLQVLLD EEYKQLVKDR KFLREVFVDG EANWPLPVNI RRIIQNAQQT FHIDHTKPSD LTIKDIVLGV KDLQENLLVL RGKNEIIQNA QRDAVTLFCC LLRSRLATRR VLQEYRLTKQ AFDWVLSNIE AQFLRSVVHP GEMVGVLAAQ SIGEPATQMT LNTFHFAGVA SKKVTSGVPR LKEILNVAKN MKTPSLTVYL EPGHAADQEQ AKLIRSAIEH TTLKSVTIAS EIYYDPDPRS TVIPEDEEII QLHFSLLDEE AEQSFDQQSP WLLRLELDRA AMNDKDLTMG QVGERIKQTF KNDLFVIWSE DNDEKLIIRC RVVRPKSLDA ETEAEEDHML KKIENTMLEN ITLRGVENIE RVVMMKYDRK VPSPTGEYVK EPEWVLETDG VNLSEVMTVP GIDPTRIYTN SFIDIMEVLG IEAGRAALYK EVYNVIASDG SYVNYRHMAL LVDVMTTQGG LTSVTRHGFN RSNTGALMRC SFEETVEILF EAGASAELDD CRGVSENVIL GQMAPIGTGA FDVMIDEESL VKYMPEQKIT EIEDGQDGGV TPYSNESGLV NADLDVKDEL MFSPLVDSGS NDAMAGGFTA YGGADYGEAT SPFGAYGEAP TSPGFGVSSP GFSPTSPTYS PTSPAYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPNYSPTS PSYSPTSPGY SPGSPAYSPK QDEQKHNENE NSR

+
分子 #2: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYEI SFGKIYVTKP MVNESDGVTH ALYPQEARLR NLTYSSGLFV DVKKRTYEAI DVPGRELKYE LIAEESEDDS ESGKVFIGRL ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYEI SFGKIYVTKP MVNESDGVTH ALYPQEARLR NLTYSSGLFV DVKKRTYEAI DVPGRELKYE LIAEESEDDS ESGKVFIGRL PIMLRSKNCY LSEATESDLY KLKECPFDMG GYFIINGSEK VLIAQERSAG NIVQVFKKAA PSPISHVAEI RSALEKGSRF ISTLQVKLYG REGSSARTIK ATLPYIKQDI PIVIIFRALG IIPDGEILEH ICYDVNDWQM LEMLKPCVED GFVIQDRETA LDFIGRRGTA LGIKKEKRIQ YAKDILQKEF LPHITQLEGF ESRKAFFLGY MINRLLLCAL DRKDQDDRDH FGKKRLDLAG PLLAQLFKTL FKKLTKDIFR YMQRTVEEAH DFNMKLAINA KTITSGLKYA LATGNWGEQK KAMSSRAGVS QVLNRYTYSS TLSHLRRTNT PIGRDGKLAK PRQLHNTHWG LVCPAETPEG QACGLVKNLS LMSCISVGTD PMPIITFLSE WGMEPLEDYV PHQSPDATRV FVNGVWHGVH RNPARLMETL RTLRRKGDIN PEVSMIRDIR EKELKIFTDA GRVYRPLFIV EDDESLGHKE LKVRKGHIAK LMATEYQDIE GGFEDVEEYT WSSLLNEGLV EYIDAEEEES ILIAMQPEDL EPAEANEEND LDVDPAKRIR VSHHATTFTH CEIHPSMILG VAASIIPFPD HNQSPRNTYQ SAMGKQAMGV FLTNYNVRMD TMANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGTY DKLDDDGLIA PGVRVSGEDV IIGKTTPISP DEEELGQRTA YHSKRDASTP LRSTENGIVD QVLVTTNQDG LKFVKVRVRT TKIPQIGDKF ASRHGQKGTI GITYRREDMP FTAEGIVPDL IINPHAIPSR MTVAHLIECL LSKVAALSGN EGDASPFTDI TVEGISKLLR EHGYQSRGFE VMYNGHTGKK LMAQIFFGPT YYQRLRHMVD DKIHARARGP MQVLTRQPVE GRSRDGGLRF GEMERDCMIA HGAASFLKER LMEASDAFRV HICGICGLMT VIAKLNHNQF ECKGCDNKID IYQIHIPYAA KLLFQELMAM NITPRLYTDR SRDF

+
分子 #3: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCED HCDKCSVVLT LQAFGESEST TNVYSKDLVI VSNLMGRNIG HPIIQDKEGN GVLICKLRKG QELKLTCVAK KGIAKEHAKW ...文字列:
MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCED HCDKCSVVLT LQAFGESEST TNVYSKDLVI VSNLMGRNIG HPIIQDKEGN GVLICKLRKG QELKLTCVAK KGIAKEHAKW GPAAAIEFEY DPWNKLKHTD YWYEQDSAKE WPQSKNCEYE DPPNEGDPFD YKAQADTFYM NVESVGSIPV DQVVVRGIDT LQKKVASILL ALTQMDQDKV NFASGDNNTA SNMLGSNEDV MMTGAEQDPY SNASQMGNTG SGGYDNAW

+
分子 #4: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENANDE TTAVEDEDDD LDEDDVNADD DDFMHSETRE KELESIDVLL EQTTGGNNKD LKNTMQYLTN FSRFRDQETV GAVIQLLKST ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENANDE TTAVEDEDDD LDEDDVNADD DDFMHSETRE KELESIDVLL EQTTGGNNKD LKNTMQYLTN FSRFRDQETV GAVIQLLKST GLHPFEVAQL GSLACDTADE AKTLIPSLNN KISDDELERI LKELSNLETL Y

+
分子 #5: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVGV KTMKTFVIHI QEKNFQTGIF VYQNNITPSA MKLVPSIPPA TIETFNEAAL VVNITHHELV PKHIRLSSDE KRELLKRYRL ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVGV KTMKTFVIHI QEKNFQTGIF VYQNNITPSA MKLVPSIPPA TIETFNEAAL VVNITHHELV PKHIRLSSDE KRELLKRYRL KESQLPRIQR ADPVALYLGL KRGEVVKIIR KSETSGRYAS YRICM

+
分子 #6: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYER ARILGTRALQ ISMNAPVFVD LEGETDPLRI AMKELAEKKI PLVIRRYLPD GSFEDWSVEE LIVDL

+
分子 #7: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDGT VVSCSQHGFE VQVGPMKVFV TKHLMPQDLT FNAGSNPPSY QSSEDVITIK SRIRVKIEGC ISQVSSIHAI GSIKEDYLGA I

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSLA DDYDYVMYGT AYKFEEVSKD LIAVYYSFGG LLMRLEGNYR NLNNLKQENA YLLIRR

+
分子 #9: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQQ RRKDTSMVLF FVCLSCSHIF TSDQKNKRTQ FS

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

+
分子 #11: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKNA CNSIINKLGA LKTNFETEWN LQTLAADDAF

+
分子 #12: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4

分子名称: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

+
分子 #13: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB

分子名称: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDGN NLSTRIGKGE TTDMRFTKEL NKAQGKNVMD KKDNEVQAAF AKITMLCDAA ELPKIVKDCA KEAYKLCHDE KTLKGKSMES ...文字列:
MMTRESIDKR AGRRGPNLNI VLTCPECKVY PPKIVERFSE GDVVCALCGL VLSDKLVDTR SEWRTFSNDD HNGDDPSRVG EASNPLLDGN NLSTRIGKGE TTDMRFTKEL NKAQGKNVMD KKDNEVQAAF AKITMLCDAA ELPKIVKDCA KEAYKLCHDE KTLKGKSMES IMAASILIGC RRAEVARTFK EIQSLIHVKT KEFGKTLNIM KNILRGKSED GFLKIDTDNM SGAQNLTYIP RFCSHLGLPM QVTTSAEYTA KKCKEIKEIA GKSPITIAVV SIYLNILLFQ IPITAAKVGQ TLQVTEGTIK SGYKILYEHR DKLVDPQLIA NGVVSLDNLP GVEKK

+
分子 #14: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPK TTALIFASGK MVVTGAKSED DSKLASRKYA RIIQKIGFAA KFTDFKIQNI VGSCDVKFPI ...文字列:
MADEERLKEF KEANKIVFDP NTRQVWENQN RDGTKPATTF QSEEDIKRAA PESEKDTSAT SGIVPTLQNI VATVTLGCRL DLKTVALHAR NAEYNPKRFA AVIMRIREPK TTALIFASGK MVVTGAKSED DSKLASRKYA RIIQKIGFAA KFTDFKIQNI VGSCDVKFPI RLEGLAFSHG TFSSYEPELF PGLIYRMVKP KIVLLIFVSG KIVLTGAKQR EEIYQAFEAI YPVLSEFRKM

+
分子 #15: Transcription initiation factor IIF subunit alpha

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSRRNPPGSR NGGGPTNASP FIKRDRMRRN FLRMRMGQNG SNSSSPGVPN GDNSRGSLVK KDDPEYAEER EKMLLQIGVE ADAGRSNVKV KDEDPNEYNE FPLRAIPKED LENMRTHLLK FQSKKKINPV TDFHLPVRLH RKDTRNLQFQ LTRAEIVQRQ KEISEYKKKA ...文字列:
MSRRNPPGSR NGGGPTNASP FIKRDRMRRN FLRMRMGQNG SNSSSPGVPN GDNSRGSLVK KDDPEYAEER EKMLLQIGVE ADAGRSNVKV KDEDPNEYNE FPLRAIPKED LENMRTHLLK FQSKKKINPV TDFHLPVRLH RKDTRNLQFQ LTRAEIVQRQ KEISEYKKKA EQERSTPNSG GMNKSGTVSL NNTVKDGSQT PTVDSVTKDN TANGVNSSIP TVTGSSVPPA SPTTVSAVES NGLSNGSTSA ANGLDGNAST ANLANGRPLV TKLEDAGPAE DPTKVGMVKY DGKEVTNEPE FEEGTMDPLA DVAPDGGGRA KRGNLRRKTR QLKVLDENAK KLRFEEFYPW VMEDFDGYNT WVGSYEAGNS DSYVLLSVED DGSFTMIPAD KVYKFTARNK YATLTIDEAE KRMDKKSGEV PRWLMKHLDN IGTTTTRYDR TRRKLKAVAD QQAMDEDDRD DNSEVELDYD EEFADDEEAP IIDGNEQENK ESEQRIKKEM LQANAMGLRD EEAPSENEED ELFGEKKIDE DGERIKKALQ KTELAALYSS DENEINPYLS ESDIENKENE SPVKKEEDSD TLSKSKRSSP KKQQKKATNA HVHKEPTLRV KSIKNCVIIL KGDKKILKSF PEGEWNPQTT KAVDSSNNAS NTVPSPIKQE EGLNSTVAER EETPAPTITE KDIIEAIGDG KVNIKEFGKF IRRKYPGAEN KKLMFAIVKK LCRKVGNDHM ELKKE

+
分子 #16: Transcription initiation factor IIF subunit beta

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHGQ ELGKIRINKD GSKITLLLNE NDNDSIPHEY DLELTKKVVE NEYVFTEQNL KKYQQRKKEL EADPEKQRQA YLKKQEREEE ...文字列:
MSSGSAGAPA LSNNSTNSVA KEKSGNISGD EYLSQEEEVF DGNDIENNET KVYEESLDLD LERSNRQVWL VRLPMFLAEK WRDRNNLHGQ ELGKIRINKD GSKITLLLNE NDNDSIPHEY DLELTKKVVE NEYVFTEQNL KKYQQRKKEL EADPEKQRQA YLKKQEREEE LKKKQQQQKR RNNRKKFNHR VMTDRDGRDR YIPYVKTIPK KTAIVGTVCH ECQVMPSMND PNYHKIVEQR RNIVKLNNKE RITTLDETVG VTMSHTGMSM RSDNSNFLKV GREKAKSNIK SIRMPKKEIL DYLFKLFDEY DYWSLKGLKE RTRQPEAHLK ECLDKVATLV KKGPYAFKYT LRPEYKKLKE EERKATLGEL ADEQTGSAGD NAQGDAEADL EDEIEMEDVV

+
分子 #17: Transcription initiation factor IIF subunit gamma

分子名称: Transcription initiation factor IIF subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MVATVKRTIR IKTQQHILPE VPPVENFPVR QWSIEIVLLD DEGKEIPATI FDKVIYHLHP TFANPNRTFT DPPFRIEEQG WGGFPLDISV FLLEKAGERK IPHDLNFLQE SYEVEHVIQI PLNKPLLTEE LAKSGSTEET TANTGTIGKR RTTTNTTAEP KAKRAKTGSA ...文字列:
MVATVKRTIR IKTQQHILPE VPPVENFPVR QWSIEIVLLD DEGKEIPATI FDKVIYHLHP TFANPNRTFT DPPFRIEEQG WGGFPLDISV FLLEKAGERK IPHDLNFLQE SYEVEHVIQI PLNKPLLTEE LAKSGSTEET TANTGTIGKR RTTTNTTAEP KAKRAKTGSA STVKGSVDLE KLAFGLTKLN EDDLVGVVQM VTDNKTPEMN VTNNVEEGEF IIDLYSLPEG LLKSLWDYVK KNTE

+
分子 #18: Transcription initiation factor IIA large subunit

分子名称: Transcription initiation factor IIA large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSNAEASRVY EIIVESVVNE VREDFENAGI DEQTLQDLKN IWQKKLTETK VTTFSWDNQF NEGNINGVQN DLNFNLATPG VNSSEFNIKE ENTGNEGLIL PNINSNNNIP HSGETNINTN TVEATNNSGA TLNTNTSGNT NADVTSQPKI EVKPEIELTI NNANITTVEN ...文字列:
MSNAEASRVY EIIVESVVNE VREDFENAGI DEQTLQDLKN IWQKKLTETK VTTFSWDNQF NEGNINGVQN DLNFNLATPG VNSSEFNIKE ENTGNEGLIL PNINSNNNIP HSGETNINTN TVEATNNSGA TLNTNTSGNT NADVTSQPKI EVKPEIELTI NNANITTVEN IDDESEKKDD EEKEEDVEKT RKEKEQIEQV KLQAKKEKRS ALLDTDEVGS ELDDSDDDYL ISEGEEDGPD ENLMLCLYDK VTRTKARWKC SLKDGVVTIN RNDYTFQKAQ VEAEWV

+
分子 #19: Transcription initiation factor IIA subunit 2

分子名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVPGYYELY RRSTIGNSLV DALDTLISDG RIEASLAMRV LETFDKVVAE TLKDNTQSKL TVKGNLDTYG FCDDVWTFIV KNCQVTVEDS HRDASQNGSG DSQSVISVDK LRIVACNSKK SE

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分子 #20: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MVEGDSYVET LDSMIELFKD YKPGSITLEN ITRLCQTLGL ESFTEELSNE LSRLSTASKI IVIDVDYNKK QDRIQDVKLV LASNFDNFDY FNQRDGEHEK SNILLNSLTK YPDLKAFHNN LKFLYLLDAY SHIESDSTSH NNGSSDKSLD SSNASFNNQG KLDLFKYFTE ...文字列:
MVEGDSYVET LDSMIELFKD YKPGSITLEN ITRLCQTLGL ESFTEELSNE LSRLSTASKI IVIDVDYNKK QDRIQDVKLV LASNFDNFDY FNQRDGEHEK SNILLNSLTK YPDLKAFHNN LKFLYLLDAY SHIESDSTSH NNGSSDKSLD SSNASFNNQG KLDLFKYFTE LSHYIRQCFQ DNCCDFKVRT NLNDKFGIYI LTQGINGKEV PLAKIYLEEN KSDSQYRFYE YIYSQETKSW INESAENFSN GISLVMEIVA NAKESNYTDL IWFPEDFISP ELIIDKVTCS SNSSSSPPII DLFSNNNYNS RIQLMNDFTT KLINIKKFDI SNDNLDLISE ILKWVQWSRI VLQNVFKLVS TPSSNSNSSE LEPDYQAPFS TSTKDKNSST SNTEPIPRSN RHGSVVEASR RRRSSTNKSK RPSITEAMML KEEGLQQFNL HEILSEPAIE EENGDSIKEH STTMDGANDL GFTASVSNQE NAGTDIVMED HGVLQGTSQN YGTATADDAD IEMKDVSSKP SKPESSVLQL IVSEDHIILD TISECNLYDD VKCWSKFIEK FQDIVS

+
分子 #21: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MVVQNSPVSS VHTANFSERG SNTRTMTYKN KLTVCFDDIL KVGAEMMMQQ QLKNVQLDSY LVNGFSQSQQ KLLKEKVKLF HGILDDLETS LSQSSSYLET LTALGKEKEK EREEAEKKRA EQENMRKVRE QEELKKRQEL EEASQQQQLQ QNSKEKNGLG LNFSTTAPAN ...文字列:
MVVQNSPVSS VHTANFSERG SNTRTMTYKN KLTVCFDDIL KVGAEMMMQQ QLKNVQLDSY LVNGFSQSQQ KLLKEKVKLF HGILDDLETS LSQSSSYLET LTALGKEKEK EREEAEKKRA EQENMRKVRE QEELKKRQEL EEASQQQQLQ QNSKEKNGLG LNFSTTAPAN TTDANGSKEN YQELGSLQSS SQTQLENANA ANNGAAFSPL TTTRIQSQQA QPSDVMFNDL NSMDISMFSG LDSTGFDSTA FNATVDETKG FDDNDSGNNY NDINISSIEN NINNNINSTK NGKDNNNESN KNNNGDEKNK NNNEDNENNN NSSEKNNNNN NNNNNNNDDN GNNNNNNSGN DNNNTTNNDS NNKNNSITTG NDNENIVNND LPTTVVSNPG DNPPPADNGE EYLTLNDFND LNIDWSTTGD NGELDLSGFN I

+
分子 #22: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MDSIIPAGVK LDDLQVILAK NENETRDKVC KQINEARDEI LPLRLQFNEF IQIMANIDQE GSKQADRMAK YLHIRDKILQ LNDRFQTLSS HLEALQPLFS TVPEYLKTAD NRDRSFQLLE PLSTYNKNGN AVCSTATVVS TNHSAAASTP TTTATPHANP ITHAHSLSNP ...文字列:
MDSIIPAGVK LDDLQVILAK NENETRDKVC KQINEARDEI LPLRLQFNEF IQIMANIDQE GSKQADRMAK YLHIRDKILQ LNDRFQTLSS HLEALQPLFS TVPEYLKTAD NRDRSFQLLE PLSTYNKNGN AVCSTATVVS TNHSAAASTP TTTATPHANP ITHAHSLSNP NSTATMQHNP LAGKRGPKSG STMGTPTVHN STAAAPIAAP KKPRKPRQTK KAKAQAQAQA QAQAQVYAQQ STVQTPITAS MAAALPNPTP SMINSVSPTN VMGTPLTNMM SPMGNAYSMG AQNQGGQVSM SQFNGSGNGS NPNTNTNSNN TPLQSQLNLN NLTPANILNM SMNNDFQQQQ QQQQQQQQPQ PQYNMNMGMN NMNNGGKELD SLDLNNLELG GLNMDFL

+
分子 #23: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSVQDTKAVE FSMGHIRSSS VSLVAEATSN TNSEDKLSKV QLYEDLCRYE DTLSKLVESV DRFKPNLDIA KDLIRTDEAL FENVKLLAEY DNIYRNLQKI DKDSEELDSK TRKILEILNE CHDELKALPM LEQVEFEKNT ILQQRSKINS TELLDYATKL SKFTKIPPTF ...文字列:
MSVQDTKAVE FSMGHIRSSS VSLVAEATSN TNSEDKLSKV QLYEDLCRYE DTLSKLVESV DRFKPNLDIA KDLIRTDEAL FENVKLLAEY DNIYRNLQKI DKDSEELDSK TRKILEILNE CHDELKALPM LEQVEFEKNT ILQQRSKINS TELLDYATKL SKFTKIPPTF DKGAVGPNNF IWPAEDALRR GMLAMASLHS KELTRIPGEE VEETEVPTVP PSQSEEQKGQ MAKKEGTPKT DSFIFDGTAK EVGDEADNTK DKEKEENNDD ALDLDLDLFD PDDF

+
分子 #24: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MEKESVYNLA LKCAERQLTS MEFSNLYKEF FNEKFPSLIQ EEEEDTTTTA NINEVKKASD LVDTPSNNTA ATADTTHLHE ALDIVCSDFV KILNLEKPLI LADYIVEVLL VNYNSDMIKC FLPKLNSVRN SLLLAHFFSK SCSFFAKLSD TLIIDQVRKD LGNVIVPNIL ...文字列:
MEKESVYNLA LKCAERQLTS MEFSNLYKEF FNEKFPSLIQ EEEEDTTTTA NINEVKKASD LVDTPSNNTA ATADTTHLHE ALDIVCSDFV KILNLEKPLI LADYIVEVLL VNYNSDMIKC FLPKLNSVRN SLLLAHFFSK SCSFFAKLSD TLIIDQVRKD LGNVIVPNIL SLDMNSMNKE LIAIVSKLLQ TTLKLSPSPI LLTSAGCKNG SFTLLNQLSQ TNKLLFKRVS QTFEAKLHFK DTKPFLNKDS TNEFVGSPSL TSPQYIPSPL SSTKPPGSVN SAAKYKDMKL LRYYKNIWLN NKIINWEISN PDFLSKYSAI TSSIFQESFN SVQNLDQLLT DLIETSFTCF AQFVSNKQYH QANSNLTLLE RKWVIFITKH LPLLILENSS RSPRVVTNAL DNIDEKVVKA IRIYFTEKDD NKTNNEDLFD DYPSTSLDIR HDFIKGLIML NLQPASVINN YLREDQMIDT SILPTRDDLF VRNLQGIQEV VHNTNSFIIS SLDTLELESI TESITHDSSN GLFQVLHNFE SVAPTKQREI VKAFLSIFED AIKELNYNRI AKICALLFFN FSHSLTTILS FSSPAALMKT LIKFVDLSRN GRNGSNGNDE SSEYETINIS LSFSWAILLI INLTQTYGIS VVDVALKYPE LSIKNSFIIN FISNLPNVSD KYYLEESNVN DSDMLTKSHN TVQSWLCDLF VNGSITDQLI QNIETRQLAN LIPFIVKQVL LSVEIGVLTD ISSLIGGFEY FLQPLLLVGL IKTFYWLEQF LSCVKNDTIS EDILQGIFNL LNTLFNPVTL NEDSKAFHTA VLRLNAIPLL KVLRKFRVQS QSNYGIYSSD AQGDPNLEPL IAKLVAVLNV SPVYDVDPRI INSENDYSRK QLGYGKFLIL NENPINKIMT NQINSFWSLH SSTYYNLDYL FELIELVTPK SFLFDVLKTL EYKLATYGVP GSENKRGSLD SEHVFDYFFY FLVLYDVKTA EEASQLIEYM ENDAKKSKGD VDIKGEDLHE KNDSAEVRQE TQPKAEATQD DDFDMLFGEN DTSTQAYEEE EENEDNDGNN RTNNVPMIKA EETPSKTNKI SILKRHSFAV LLHERKLLND LALENGEITK TENEKFISYH DKYLCMLKTC VF

+
分子 #25: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MNVTPLDELQ WKSPEWIQVF GLRTENVLDY FAESPFFDKT SNNQVIKMQR QFSQLNDPNA AVNMTQNIMT LPDGKNGNLE EEFAYVDPAR RQILFKYPMY MQLEEELMKL DGTEYVLSSV REPDFWVIRK QRRTNNSGVG SAKGPEIIPL QDYYIIGANI YQSPTIFKIV ...文字列:
MNVTPLDELQ WKSPEWIQVF GLRTENVLDY FAESPFFDKT SNNQVIKMQR QFSQLNDPNA AVNMTQNIMT LPDGKNGNLE EEFAYVDPAR RQILFKYPMY MQLEEELMKL DGTEYVLSSV REPDFWVIRK QRRTNNSGVG SAKGPEIIPL QDYYIIGANI YQSPTIFKIV QSRLMSTSYH LNSTLESLYD LIEFQPSQGV HYKVPTDTST TATAATNGNN AGGGSNKSSV RPTGGANMAT VPSTTNVNMT VNTMGTGGQT IDNGTGRTGN GNMGITTEML DKLMVTSIRS TPNYI

+
分子 #26: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSNDPGNEVS SLYPPPPPYV KFFTQSNLEK LPKYKEKKAA SAKQTAPNNS NGGSEEEITC ALDYLIPPPM PKNQQYRAFG SIWQVKDQLP DLESMGLTQL YKKSTENEST NYQYKIQELR KLLKSLLLNY LELIGVLSIN PDMYERKVEN IRTILVNIHH LLNEYRPHQS ...文字列:
MSNDPGNEVS SLYPPPPPYV KFFTQSNLEK LPKYKEKKAA SAKQTAPNNS NGGSEEEITC ALDYLIPPPM PKNQQYRAFG SIWQVKDQLP DLESMGLTQL YKKSTENEST NYQYKIQELR KLLKSLLLNY LELIGVLSIN PDMYERKVEN IRTILVNIHH LLNEYRPHQS RESLIMLLEE QLEYKRGEIR EIEQVCKQVH DKLTSIQDTL RTGSQSPPSS SQ

+
分子 #27: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSQSTASLVP EGNQGSLQED VSFDFNGVPG QALDAVRMRL AQLTHSLRRI RDEMSKAELP QWYTLQSQLN VTLSQLVSVT STLQHFQETL DSTVVYPLPK FPTTSHESLV TTLLRKKNIP EVDEWMKYVR ETSGVTTALL KDEEIEKLLQ QDREITNWAR TTFRNEYGKH ...文字列:
MSQSTASLVP EGNQGSLQED VSFDFNGVPG QALDAVRMRL AQLTHSLRRI RDEMSKAELP QWYTLQSQLN VTLSQLVSVT STLQHFQETL DSTVVYPLPK FPTTSHESLV TTLLRKKNIP EVDEWMKYVR ETSGVTTALL KDEEIEKLLQ QDREITNWAR TTFRNEYGKH DFKNEESLSE EHASLLVRDS KPSKPFNVDD VLKFTFTGEK PIITGSTSTS SSN

+
分子 #28: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MNLQNNVLNQ IHQILLPTNP TLDKPNAEAT KEEFSSAENR DEKDYLTNQQ PKNLSTPSTS SNGEFIPHIF YSLHQIRKDP NNLSNQLETL TGSIRHRLKL CKSLISENED TKDLLSKSPS EWQDIIHQRE QELQIKRDVL DDLYRKLQR

+
分子 #29: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MNGNSTNNEQ LQQELATTQD QVASIIESFV ELGVSIYDFP GTPEATKGMI TNLQRNVDRL YKLNVRSNDP QSSLSKVDIP LEVVQYIEDG RNPDIYTREF VEAIRRSNQY QRGKMHGLKQ LRDSLADKIV DEFPELKEPV EDIIKRTSPI DNVSNTH

+
分子 #30: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MQPPYIQERL KSLNDIETQL CSMLQEASQV TFIFGELKRG NESVKPQFEN HVKQFYERLD KSTTQLRKEI QLLDENVGTR LLPINVNKKA LGQDTEKMEE QLDLLSAILD PSKSK

+
分子 #31: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MTTTIGSPQM LANEERLSNE MHALKNRSEQ NGQEQQGPVK NTQLHGPSAT DPETTATQKE SLEMVPKDTS AATMTSAPPP ALPHVEINQV SLALVIRNLT VFTMKELAQY MKTNVHTQAN EPNSAKKIRF LQLIIFLRTQ FLKLYVLVKW TRTIKQNNFH VLIDLLNWFR ...文字列:
MTTTIGSPQM LANEERLSNE MHALKNRSEQ NGQEQQGPVK NTQLHGPSAT DPETTATQKE SLEMVPKDTS AATMTSAPPP ALPHVEINQV SLALVIRNLT VFTMKELAQY MKTNVHTQAN EPNSAKKIRF LQLIIFLRTQ FLKLYVLVKW TRTIKQNNFH VLIDLLNWFR TTNMNVNNCI WALKSSLNSM TNAKLPNVDL VTALEVLSLG RPNLPTHNFK LSGVSNSMDM VDGMAKVPIG LILQRLKDLN LTVSIKIALM NIPKPLNSYH IKNGRIYFTV PNEFEIQLST VNRQSPLFFV DLKLLFNTEA EQTVSAVTEA TSTNGDSENN EENSSSNGNN LPLNKPRLEK LINEILLKSN DPLLSLYNFL HKYVLTLQLY MVHREFLKLA NGGKFSKSNL IHNYDSKKST ITVRYWLNGK MDSKGKITIG IQRTTESLIL KWDNQSASRA KNMPVIYNNI VSNIEGILDE IMFNHARIIR SELLARDIFQ EDEENSDVLL FQLPTTCVSM APIQLKIDLL SGQFYFRNPT PLLSNYASKI NRAEGPEELA RILQQLKLDK IIHVLTTMFE NTGWSCSRII KIDKPIRTQV NTGGESVVKK EDNKYAIAGN STTNSDVSLL LQRDLFIRLP HWPLNWYLIL SIISSKTSCV VEKRIGKIVS QRGKWNLKYL DNSNVMTVKL ESITYQKIMI LQRTILNRII NHMLIDSLNQ LEIRNKICSS EMINEQKLPQ YIIQGSNTND NISIITLELE SFLEGSKALN SILESSMFLR IDYSNSQIRL YAKFKRNTMM IQCQIDKLYI HFVQEEPLAF YLEESFTNLG IIVQYLTKFR QKLMQLVVLT DVVERLHKNF ESENFKIIAL QPNEISFKYL SNNDEDDKDC TIKISTNDDS IKNLTVQLSP SNPQHIIQPF LDNSKMDYHF IFSYLQFTSS LFKALKVILN ERGGKFHESG SQYSTMVNIG LHNLNEYQIV YYNPQAGTKI TICIELKTVL HNGRDKIQFH IHFADVAHIT TKSPAYPMMH QVRNQVFMLD TKRLGTPESV KPANASHAIR LGNGVACDPS EIEPILMEIH NILKVDSNSS SS

+
分子 #32: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MSAAPVQDKD TLSNAERAKN VNGLLQVLMD INTLNGGSSD TADKIRIHAK NFEAALFAKS SSKKEYMDSM NEKVAVMRNT YNTRKNAVTA AAANNNIKPV EQHHINNLKN SGNSANNMNV NMNLNPQMFL NQQAQARQQV AQQLRNQQQQ QQQQQQQQRR QLTPQQQQLV ...文字列:
MSAAPVQDKD TLSNAERAKN VNGLLQVLMD INTLNGGSSD TADKIRIHAK NFEAALFAKS SSKKEYMDSM NEKVAVMRNT YNTRKNAVTA AAANNNIKPV EQHHINNLKN SGNSANNMNV NMNLNPQMFL NQQAQARQQV AQQLRNQQQQ QQQQQQQQRR QLTPQQQQLV NQMKVAPIPK QLLQRIPNIP PNINTWQQVT ALAQQKLLTP QDMEAAKEVY KIHQQLLFKA RLQQQQAQAQ AQANNNNNGL PQNGNINNNI NIPQQQQMQP PNSSANNNPL QQQSSQNTVP NVLNQINQIF SPEEQRSLLQ EAIETCKNFE KTQLGSTMTE PVKQSFIRKY INQKALRKIQ ALRDVKNNNN ANNNGSNLQR AQNVPMNIIQ QQQQQNTNNN DTIATSATPN AAAFSQQQNA SSKLYQMQQQ QQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAAQAAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AHAQHQPSQQ PQQAQQQPNP LHGLTPTAKD VEVIKQLSLD ASKTNLRLTD VTNSLSNEEK EKIKMKLKQG QKLFVQVSNF APQVYIITKN ENFLKEVFQL RIFVKEILEK CAEGIFVVKL DTVDRLIIKY QKYWESMRIQ ILRRQAILRQ QQQMANNNGN PGTTSTGNNN NIATQQNMQQ SLQQMQHLQQ LKMQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQHIYP SSTPGVANYS AMANAPGNNI PYMNHKNTSS MDFLNSMENT PKVPVSAAAT PSLNKTINGK VNGRTKSNTI PVTSIPSTNK KLSISNAASQ QPTPRSASNT AKSTPNTNPS PLKTQTKNGT PNPNNMKTVQ SPMGAQPSYN SAIIENAFRK EELLLKDLEI RKLEISSRFK HRQEIFKDSP MDLFMSTLGD CLGIKDEEML TSCTIPKAVV DHINGSGKRK PTKAAQRARD QDSIDISIKD NKLVMKSKFN KSNRSYSIAL SNVAAIFKGI GGNFKDLSTL VHSSSPSTSS NMDVGNPRKR KASVLEISPQ DSIASVLSPD SNIMSDSKKI KVDSPDDPFM TKSGATTSEK QEVTNEAPFL TSGTSSEQFN VWDWNNWTSA T

+
分子 #33: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MMLGEHLMSW SKTGIIAYSD SQSSNANICL TFLESINGIN WRFHTPQKYV LHPQLHEVQY QESSSTLSTH STTTSVNGST TAGVGSTPNF GGNSNKSPPQ FFYNISSIHW NNWFSLPGDM LAVCDELGNM TMLITGQRPD RATTYEKLTM VFQDNVYKIY NHVMPLKPVD ...文字列:
MMLGEHLMSW SKTGIIAYSD SQSSNANICL TFLESINGIN WRFHTPQKYV LHPQLHEVQY QESSSTLSTH STTTSVNGST TAGVGSTPNF GGNSNKSPPQ FFYNISSIHW NNWFSLPGDM LAVCDELGNM TMLITGQRPD RATTYEKLTM VFQDNVYKIY NHVMPLKPVD KLKPMNIERK QTRKEYNTSI LEFRWLTSSK SVIVSQFCAF DSSSNTYRSR AQQVPPYGVY HPPFIKYACL AIRKNGQIDF WYQFSNSKDH KKITLQLLDT SNQRFKDLQW LEFARITPMN DDQCMLITTY SKLSKNISFY KLHVNWNLNA TKPNVLNDPS LKIQFILSTT LDPTDDEGHV LKLENLHVVS KSSIEKDPSP EILVLYNVCD TSKSLVKRYR LAPTQLSAEY LVILKPDLNI DRNNSTNQIF QSRRYNLRRH SDIVLDKKVT LITSEMFDAF VSFYFEDGTI ESYNQNDWKL ETERLISQSQ LGKFKNIIAS PLSAGFNYGK LPLPPSVEWM KVSPSMCGVI VKQYNKKWPQ FYAAVQKNYA DPEKDSINAT ALAFGYVKSL HKQISAEDLT IAAKTHILRI SFLDRKRAKE FITTLLKSLY SFFNISPDAP KEIMDKIITS RPLQKIMLLQ LELGSCFSQE NIEEMARVIL YLKNVLFAFN GVARNFHFAI EQISNNSNQQ QNPKLFQTIF SKQDLIHSLI PVAKWFVKFI TYLTQEILIL INDPTNKEYT LVHGIFGAKM SRTLILSILN EIKKVTQIVA KFPETSYPIL NESSTFLKLV LSESPVDFEK FETFLVDVNN KFIALCEQQP SQEREFSLLV KAEIPPEYAK VGDFLLQYAN NAVISHANAA AVYFADTSGL KISNSEFFNP EIFHLLQPLE EGLIIDTDKL PIKNRTSKSF SKLLYDDVTC DKLSVSEISD GKLKRCSRCG SVTRAGNIIS SDKTIVPTSI QTKRWPTMYT RLCICSGMLF EMDG

+
分子 #34: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MTTEDPDSNH LSSETGIKLA LDPNLITLAL SSNPNSSLHS PTSDEPVPES AGKADTSIRL EGDELENKTK KDNDKNLKFL KNKDSLVSNP HEIYGSMPLE QLIPIILRQR GPGFKFVDLN EKELQNEIKQ LGSDSSDGHN SEKKDTDGAD ENVQIGEDFM EVDYEDKDNP ...文字列:
MTTEDPDSNH LSSETGIKLA LDPNLITLAL SSNPNSSLHS PTSDEPVPES AGKADTSIRL EGDELENKTK KDNDKNLKFL KNKDSLVSNP HEIYGSMPLE QLIPIILRQR GPGFKFVDLN EKELQNEIKQ LGSDSSDGHN SEKKDTDGAD ENVQIGEDFM EVDYEDKDNP VDSRNETDHK TNENGETDDN IETVMTQEQF VKRRRDMLEH INLAMNESSL ALEFVSLLLS SVKESTGMSS MSPFLRKVVK PSSLNSDKIP YVAPTKKEYI ELDILNKGWK LQSLNESKDL LRASFNKLSS ILQNEHDYWN KIMQSISNKD VIFKIRDRTS GQKLLAIKYG YEDSGSTYKH DRGIANIRNN IESQNLDLIP HSSSVFKGTD FVHSVKKFLR VRIFTKIESE DDYILSGESV MDRDSESEEA ETKDIRKQIQ LLKKIIFEKE LMYQIKKECA LLISYGVSIE NENKVIIELP NEKFEIELLS LDDDSIVNHE QDLPKINDKR ANLMLVMLRL LLVVIFKKTL RSRISSPHGL INLNVDDDIL IIRPILGKVR FANYKLLLKK IIKDYVLDIV PGSSITETEV EREQPQENKN IDDENITKLN KEIRAFDKLL NIPRRELKIN LPLTEHKSPN LSLMLESPNY CNALIHIKFS AGTEANAVSF DTTFSDFKEV EDFLHFIVAE YIQQKKV

+
分子 #35: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MVQQLSLFGS IGDDGYDLLI STLTTISGNP PLLYNSLCTV WKPNPSYDVE NVNSRNQLVE PNRIKLSKEV PFSYLIDETM MDKPLNFRIL KSFTNDKIPL NYAMTRNILH NTVPQVTNFN STNEDQNNSK HTEDTVNESR NSDDIIDVDM DASPAPSNES CSPWSLQISD ...文字列:
MVQQLSLFGS IGDDGYDLLI STLTTISGNP PLLYNSLCTV WKPNPSYDVE NVNSRNQLVE PNRIKLSKEV PFSYLIDETM MDKPLNFRIL KSFTNDKIPL NYAMTRNILH NTVPQVTNFN STNEDQNNSK HTEDTVNESR NSDDIIDVDM DASPAPSNES CSPWSLQISD IPAAGNNRSV SMQTIAETII LSSAGKNSSV SSLMNGLGYV FEFQYLTIGV KFFMKHGLIL ELQKIWQIEE AGNSQITSGG FLLKAYINVS RGTDIDRINY TETALMNLKK ELQGYIELSV PDRQSMDSRV AHGNILI

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分子 #36: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MASRVDETTV PSYYYYVDPE TTYTYQQPNP LQDLISVYGL DDISRQVART NLDGTKAVKL RKSYKNQIAD LSGKFSTIPT RENGKGGQIA HILFQNNPDM MIQPPQQGQN MSEQQWREQL RNRDIALFQP PNFDWDLCSS VLSQFERSYP SEFANQNQGG AQAPFDIDDL ...文字列:
MASRVDETTV PSYYYYVDPE TTYTYQQPNP LQDLISVYGL DDISRQVART NLDGTKAVKL RKSYKNQIAD LSGKFSTIPT RENGKGGQIA HILFQNNPDM MIQPPQQGQN MSEQQWREQL RNRDIALFQP PNFDWDLCSS VLSQFERSYP SEFANQNQGG AQAPFDIDDL AFDLDGTGKS QSGSNSGNNS KKRKNKSSGS SMATPTHSDS HEDMKRRRLE

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分子 #37: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列: MGKSAVIFVE RATPATLTEL KDALSNSILS VRDPWSIDFR TYRCSIKNLP ADVSKLMYSI TFHHHGRQTV LIKDNSAMVT TAAAADIPPA LVFNGSSTGV PESIDTILSS KLSNIWMQRQ LIKGDAGETL ILDGLTVRLV NLFSSTGFKG LLIELQADEA GEFETKIAGI ...文字列:
MGKSAVIFVE RATPATLTEL KDALSNSILS VRDPWSIDFR TYRCSIKNLP ADVSKLMYSI TFHHHGRQTV LIKDNSAMVT TAAAADIPPA LVFNGSSTGV PESIDTILSS KLSNIWMQRQ LIKGDAGETL ILDGLTVRLV NLFSSTGFKG LLIELQADEA GEFETKIAGI EGHLAEIRAK EYKTSSDSLG PDTSNEICDL AYQYVRALEL

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分子 #38: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MTDRLTQLQI CLDQMTEQFC ATLNYIDKNH GFERLTVNEP QMSDKHATVV PPEEFSNTID ELSTDIILKT RQINKLIDSL PGVDVSAEEQ LRKIDMLQKK LVEVEDEKIE AIKKKEKLLR HVDSLIEDFV DGIANSKKST

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分子 #39: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MSNQALYEKL EQTRTILSVK LAELINMTTI ADRNDDDEGS FAQENSELAV ATTSVMMVNN QTMQLIKNVQ DLLILTRSIK EKWLLNQIPV TEHSKVTRFD EKQIEELLDN CIETFVAEKT T

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分子 #40: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yeast (パン酵母)
配列文字列:
MSSTNGNAPA TPSSDQNPLP TRFEVELEFI QSLANIQYVT YLLTQQQIWK SPNFKNYLKY LEYWCNPPYS QCIVYPNCLF ILKLLNGFME SAIVNEDGLL EGLDELPKII QLQGPQWMNE MVERWAN

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分子 #41: 108 bp HIS4 promoter fragment

分子名称: 108 bp HIS4 promoter fragment / タイプ: dna / ID: 41 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
ATATGACTCA TGAACAGTAG TATGCTGTGT ATATAATAGC TATGGAACGT TCGATTCACC TCCGATGTGT GTTGTACATA CATAAAAATA TCATAGCACA ACTGCGCT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMCH3CO2Kpotassium acetate
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
2.0 mMCH3CO2Mgmagnesium acetate
5.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 80 mM potassium acetate, 20 mM Tris, pH 7.5, 2 mM magnesium acetate, 5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1, R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細For cryo-EM, samples were chemically stabilized by fixation in glycerol gradients with increasing concentrations of glutaraldehyde (0-0.1%). Peak gradient fractions (~0.2 mg/mL) containing glutaraldhyde were quenched upon the addition of 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) before flash-freezing and storage under liquid nitrogen.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CFTFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated using EMAN 2.1 e2initialmodel.py program using a small subset of 2D class averages generated from Relion 1.4 Class2D.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 43500
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: Bayesian Maximum Likelihood Approach
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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