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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wnw | |||||||||||||||
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タイトル | Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / 23S-cp5S rRNA / engineering | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Loveland, A.B. / Korostelev, A.A. / Mankin, A.S. / Huang, S. / Aleksashin, N.A. / Klepacki, D. / Reier, K. / Kefi, A. / Szal, A. / Remme, J. ...Loveland, A.B. / Korostelev, A.A. / Mankin, A.S. / Huang, S. / Aleksashin, N.A. / Klepacki, D. / Reier, K. / Kefi, A. / Szal, A. / Remme, J. / Jaeger, L. / Vazquez-Laslop, N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ribosome engineering reveals the importance of 5S rRNA autonomy for ribosome assembly. 著者: Shijie Huang / Nikolay A Aleksashin / Anna B Loveland / Dorota Klepacki / Kaspar Reier / Amira Kefi / Teresa Szal / Jaanus Remme / Luc Jaeger / Nora Vázquez-Laslop / Andrei A Korostelev / Alexander S Mankin / ![]() ![]() 要旨: 5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. ...5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. Here we used ribosome engineering to investigate whether 5S rRNA autonomy is critical for ribosome function and cell survival. By linking circularly permutated 5S rRNA with 23S rRNA we generated a bacterial strain devoid of free 5S rRNA. Viability of the engineered cells demonstrates that autonomous 5S rRNA is dispensable for cell growth under standard conditions and is unlikely to have essential functions outside the ribosome. The fully assembled ribosomes carrying 23S-5S rRNA are highly active in translation. However, the engineered cells accumulate aberrant 50S subunits unable to form stable 70S ribosomes. Cryo-EM analysis revealed a malformed peptidyl transferase center in the misassembled 50S subunits. Our results argue that the autonomy of 5S rRNA is preserved due to its role in ribosome biogenesis. | |||||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 bcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFa
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#32: タンパク質 | 分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#33: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 34517
#53: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#54: RNA鎖 | 分子量: 982729.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Engineered 23S rRNA with inserted circularly permuted 5S rRNA 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#55: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#56: RNA鎖 | 分子量: 3169.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#57: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 2.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 489732 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26717 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |