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- PDB-6xza: E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xza
タイトルE. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylated tRNA(iMet) (focused classification).
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Deacylated tRNAi(Met)
キーワードRIBOSOME / 70S ribosome / dirithromycin / antibiotics / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / ribosome assembly / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dirithromycin / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...Dirithromycin / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Pichkur, E.B. / Polikanov, Y.S. / Myasnikov, A.G. / Konevega, A.L.
資金援助 ロシア, 米国, 5件
組織認可番号国
Russian Science Foundation17-14-01416 ロシア
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM132302 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI137584 米国
Russian Foundation for Basic Research17-00-00366 ロシア
Russian Science Foundation18-44-04005 ロシア
引用ジャーナル: RNA / 年: 2020
タイトル: Insights into the improved macrolide inhibitory activity from the high-resolution cryo-EM structure of dirithromycin bound to the 70S ribosome.
著者: Evgeny B Pichkur / Alena Paleskava / Andrey G Tereshchenkov / Pavel Kasatsky / Ekaterina S Komarova / Dmitrii I Shiriaev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Ilya A Osterman / Petr V ...著者: Evgeny B Pichkur / Alena Paleskava / Andrey G Tereshchenkov / Pavel Kasatsky / Ekaterina S Komarova / Dmitrii I Shiriaev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Yury S Polikanov / Alexander G Myasnikov / Andrey L Konevega /
要旨: Macrolides are one of the most successful and widely used classes of antibacterials, which kill or stop the growth of pathogenic bacteria by binding near the active site of the ribosome and ...Macrolides are one of the most successful and widely used classes of antibacterials, which kill or stop the growth of pathogenic bacteria by binding near the active site of the ribosome and interfering with protein synthesis. Dirithromycin is a derivative of the prototype macrolide erythromycin with additional hydrophobic side chain. In our recent study, we have discovered that the side chain of dirithromycin forms lone pair-π stacking interaction with the aromatic imidazole ring of the His69 residue in ribosomal protein uL4 of the 70S ribosome. In the current work, we found that neither the presence of the side chain, nor the additional contact with the ribosome, improve the binding affinity of dirithromycin to the ribosome. Nevertheless, we found that dirithromycin is a more potent inhibitor of in vitro protein synthesis in comparison with its parent compound, erythromycin. Using high-resolution cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dirithromycin bound to the translating 70S ribosome, which suggests that the better inhibitory properties of the drug could be rationalized by the side chain of dirithromycin pointing into the lumen of the nascent peptide exit tunnel, where it can interfere with the normal passage of the growing polypeptide chain.
履歴
登録2020年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年11月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22025年3月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-10656
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 16S rRNA
B1: 30S ribosomal protein S2
C1: 30S ribosomal protein S3
D1: 30S ribosomal protein S4
E1: 30S ribosomal protein S5
F1: 30S ribosomal protein S6
G1: 30S ribosomal protein S7
H1: 30S ribosomal protein S8
I1: 30S ribosomal protein S9
J1: 30S ribosomal protein S10
K1: 30S ribosomal protein S11
L1: 30S ribosomal protein S12
M1: 30S ribosomal protein S13
N1: 30S ribosomal protein S14
O1: 30S ribosomal protein S15
P1: 30S ribosomal protein S16
Q1: 30S ribosomal protein S17
R1: 30S ribosomal protein S18
S1: 30S ribosomal protein S19
T1: 30S ribosomal protein S20
U1: 30S ribosomal protein S21
A2: 23S rRNA
B2: 5S rRNA
C2: 50S ribosomal protein L2
D2: 50S ribosomal protein L3
E2: 50S ribosomal protein L4
F2: 50S ribosomal protein L5
G2: 50S ribosomal protein L6
H2: 50S ribosomal protein L10
I2: 50S ribosomal protein L11
J2: 50S ribosomal protein L13
K2: 50S ribosomal protein L14
L2: 50S ribosomal protein L15
M2: 50S ribosomal protein L16
N2: 50S ribosomal protein L17
O2: 50S ribosomal protein L18
P2: 50S ribosomal protein L19
Q2: 50S ribosomal protein L20
R2: 50S ribosomal protein L21
S2: 50S ribosomal protein L22
T2: 50S ribosomal protein L23
U2: 50S ribosomal protein L24
V2: 50S ribosomal protein L25
W2: 50S ribosomal protein L27
X2: 50S ribosomal protein L28
Y2: 50S ribosomal protein L29
Z2: 50S ribosomal protein L30
a2: 50S ribosomal protein L32
b2: 50S ribosomal protein L33
c2: 50S ribosomal protein L34
d2: 50S ribosomal protein L35
e2: 50S ribosomal protein L36
f2: Deacylated tRNAi(Met)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,139,74454
ポリマ－2,138,90953
非ポリマー8351
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 A1A2B2f2

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#22: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 939609.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#23: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#53: RNA鎖 Deacylated tRNAi(Met)


分子量: 24541.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 B1C1D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1N1O1P1Q1R1S1T1U1

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24971.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16361.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 12326.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 6629.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 C2D2E2F2G2H2I2J2K2L2M2N2O2P2Q2R2S2T2U2V2W2X2Y2Z2a2b2c2d2e2

#24: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 14568.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J3
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14020.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15327.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14193.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 8275.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 5928.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

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非ポリマー , 1種, 1分子

#54: 化合物 ChemComp-DI0 / Dirithromycin / (1R,2R,3R,6R,7S,8S,9R,10R,12R,13S,15R,17S)-3-ethyl-2,10-dihydroxy-15-[(2-methoxyethoxy)methyl]-2,6,8,10,12,17-hexamethy l-5-oxo-9-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}-4,16-dioxa-14-azabicyclo[11.3.1]heptadecan-7 -yl 2,6-dideoxy-3-C-methyl-3-O-methyl-alpha-L-ribo-hexopyranoside / ジリスロマイシン


分子量: 835.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H78N2O14 / コメント: 抗生剤*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin and deacylated tRNA(iMet).
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 28 / 利用したフレーム数/画像: 2-27

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11cisTEM1最終オイラー角割当beta
12cisTEM1分類beta
13cisTEM1３次元再構成beta
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 973000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66269 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4YBB

4ybb


Accession code: 4YBB / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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