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万見
- PDB-6wlw: The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wlw
タイトルThe Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 6
  • Renin receptor
  • Ribonuclease kappa
キーワードMEMBRANE PROTEIN / V-ATPase / proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Ion channel transport / intracellular pH reduction / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / Golgi lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / Transferrin endocytosis and recycling / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / XBP1(S) activates chaperone genes / Amino acids regulate mTORC1 / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / ROS and RNS production in phagocytes / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / vacuolar acidification / osteoclast development / azurophil granule membrane / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / tertiary granule membrane / ATPase activator activity / ficolin-1-rich granule membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / RHOA GTPase cycle / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / axon terminus / proton transmembrane transport / Insulin receptor recycling / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / lysosome / early endosome / endosome membrane / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / Chem-WJS / Chem-WSS / V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 ...CHOLESTEROL / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / Chem-WJS / Chem-WSS / V-type proton ATPase subunit e 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit d 1 / V-type proton ATPase subunit S1 / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, L. / Wu, H. / Fu, T.-M.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly.
著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu /
要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton transfer. They play important roles in acidification of intracellular vesicles, organelles, and the extracellular milieu in eukaryotes. Here, we report cryoelectron microscopy structures of human V-ATPase in three rotational states at up to 2.9-Å resolution. Aided by mass spectrometry, we build all known protein subunits with associated N-linked glycans and identify glycolipids and phospholipids in the V complex. We define ATP6AP1 as a structural hub for V complex assembly because it connects to multiple V subunits and phospholipids in the c-ring. The glycolipids and the glycosylated V subunits form a luminal glycan coat critical for V-ATPase folding, localization, and stability. This study identifies mechanisms of V-ATPase assembly and biogenesis that rely on the integrated roles of ATP6AP1, glycans, and lipids.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22020年11月25日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_entity_branch_descriptor

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21844
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
1: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
3: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
4: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
6: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
7: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
8: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
9: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
Q: V-type proton ATPase subunit d 1
R: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1
S: V-type proton ATPase subunit e 1
T: Ribonuclease kappa
U: V-type proton ATPase subunit S1
V: Renin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,43355
ポリマ－415,92216
非ポリマー26,51039
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
V-type proton ATPase ... , 6種, 14分子 0123456789QRSU

#1: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit / hATPL


分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99437
#2: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27449
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / p39 / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61421
#4: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 96512.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q93050
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 1 / V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / ...V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / Vacuolar proton pump subunit e 1


分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15342
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15904

-
タンパク質 , 2種, 2分子 TV

#6: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase kappa


分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#8: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / ER-localized type I transmembrane adapter / Embryonic liver differentiation factor 10 / N14F / Renin/prorenin receptor / Vacuolar ATP synthase membrane sector-associated protein M8-9 / V-ATPase M8.9 subunit


分子量: 39045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75787

-
糖 , 5種, 9分子

#9: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-1/a3-b2_a4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpa1-2DGlcpa1-3DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-4-4-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-j1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_h2-i1_j6-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#19: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 30分子

#13: 化合物
ChemComp-WSS / tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium


分子量: 787.121 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P
#14: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物 ChemComp-WJS / (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid


分子量: 497.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20NO9P
#16: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#17: 化合物 ChemComp-PSF / 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / PHOSPHATIDYLSERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン


分子量: 455.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34NO10P
#18: 化合物 ChemComp-WJP / methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate / dolichol-pp


分子量: 534.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H48O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human V-ATPase with SidK / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00421551
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46229251
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7363113
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0373491
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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