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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wkw | ||||||
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タイトル | EM structure of CtBP2 with a minimal dehydrogenase domain of CtBP2 | ||||||
要素 | C-terminal-binding protein 2 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / Transcriptional corepression / Cancer / Gene repression / metabolic sensor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / white fat cell differentiation / transcription repressor complex / viral genome replication / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding ...positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / Signaling by TCF7L2 mutants / Repression of WNT target genes / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / white fat cell differentiation / transcription repressor complex / viral genome replication / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor activity / NAD binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / synapse / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jecrois, A.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of CtBP2 confirms tetrameric architecture. 著者: Anne M Jecrois / M Michael Dcona / Xiaoyan Deng / Dipankar Bandyopadhyay / Steven R Grossman / Celia A Schiffer / William E Royer / 要旨: C-terminal binding proteins 1 and 2 (CtBP1 and CtBP2) are transcriptional regulators that activate or repress many genes involved in cellular development, apoptosis, and metastasis. NADH-dependent ...C-terminal binding proteins 1 and 2 (CtBP1 and CtBP2) are transcriptional regulators that activate or repress many genes involved in cellular development, apoptosis, and metastasis. NADH-dependent CtBP activation has been implicated in multiple types of cancer and poor patient prognosis. Central to understanding activation of CtBP in oncogenesis is uncovering how NADH triggers protein assembly, what level of assembly occurs, and if oncogenic activity depends upon such assembly. Here, we present the cryoelectron microscopic structures of two different constructs of CtBP2 corroborating that the native state of CtBP2 in the presence of NADH is tetrameric. The physiological relevance of the observed tetramer was demonstrated in cell culture, showing that CtBP tetramer-destabilizing mutants are defective for cell migration, transcriptional repression of E-cadherin, and activation of TIAM1. Together with our cryoelectron microscopy studies, these results highlight the tetramer as the functional oligomeric form of CtBP2. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wkw.cif.gz | 231.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wkw.ent.gz | 184.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wkw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wkw_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wkw_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wkw_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wkw_validation.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wkw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36620.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56545 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of CtBP2 with four NADH molecules / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.19 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-DE3 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Grid was washed in Ethyl acetate prior to glow-discharge. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278.15 K / 詳細: Blotting time: 4s Blotting force: 8 Wait time: 0 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3405 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images were beam-motion corrected and aligned. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 485473 / 詳細: Particles were automatically picked in cisTEM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112919 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4U6Q Accession code: 4U6Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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