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万見
- PDB-6vvy: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vvy
タイトルMycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin
要素
  • (DNA (65-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (RNA polymerase-binding ...) x 2
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/ANTIBIOTIC / initiation / transcription bubble / antibiotic / sorangicin / open promoter complex / TRANSFERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleic acid binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain ...: / CarD, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / RNA polymerase-binding protein RbpA / RbpA superfamily / RNA polymerase-binding protein / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SORANGICIN A / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ...SORANGICIN A / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase-binding protein RbpA / RNA polymerase-binding protein RbpA / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / RNA polymerase-binding transcription factor CarD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Lilic, M. / Boyaci, H. / Chen, J. / Darst, S.A. / Campbell, E.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: The antibiotic sorangicin A inhibits promoter DNA unwinding in a rifampicin-resistant RNA polymerase.
著者: Mirjana Lilic / James Chen / Hande Boyaci / Nathaniel Braffman / Elizabeth A Hubin / Jennifer Herrmann / Rolf Müller / Rachel Mooney / Robert Landick / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell /
要旨: Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new ...Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new antibiotics. Rif targets the enzyme RNA polymerase (RNAP). Sorangicin A (Sor) is an unrelated inhibitor that binds in the Rif-binding pocket of RNAP. Sor inhibits a subset of Rif RNAPs, including the most prevalent clinical Rif RNAP substitution found in infected patients (S456>L of the β subunit). Here, we present structural and biochemical data demonstrating that Sor inhibits the wild-type RNAP by a similar mechanism as Rif: by preventing the translocation of very short RNAs. By contrast, Sor inhibits the Rif S456L enzyme at an earlier step, preventing the transition of a partially unwound promoter DNA intermediate to the fully opened DNA and blocking the template-strand DNA from reaching the active site in the RNAP catalytic center. By defining template-strand blocking as a mechanism for inhibition, we provide a mechanistic drug target in RNAP. Our finding that Sor inhibits the wild-type and mutant RNAPs through different mechanisms prompts future considerations for designing antibiotics against resistant targets. Also, we show that Sor has a better pharmacokinetic profile than Rif, making it a suitable starting molecule to design drugs to be used for the treatment of TB patients with comorbidities who require multiple medications.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21407
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
J: RNA polymerase-binding protein RbpA
O: DNA (65-MER)
P: DNA (65-MER)
M: RNA polymerase-binding transcription factor CarD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,12614
ポリマ－510,16410
非ポリマー9624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area66320 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area165050 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U8D3, UniProt: P9WGZ1*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 130070.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoB, SAMEA2682864_01701 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: V9Z879, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 148202.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A5U053, UniProt: P9WGY7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11776.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpoZ, ERS007672_03979, ERS007703_04032, ERS007720_04749, ERS027652_00548, ERS027654_02543, ERS027656_03959, ERS124361_02246
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0T9N9K3, UniProt: P9WGY5*PLUS, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA / Sigma-A


分子量: 58169.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGI0, UniProt: P9WGI1*PLUS

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RNA polymerase-binding ... , 2種, 2分子 JM

#6: タンパク質 RNA polymerase-binding protein RbpA


分子量: 12993.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHJ4, UniProt: P9WHJ5*PLUS
#9: タンパク質 RNA polymerase-binding transcription factor CarD


分子量: 17933.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: carD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJG2, UniProt: P9WJG3*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 OP

#7: DNA鎖 DNA (65-MER)


分子量: 27907.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#8: DNA鎖 DNA (65-MER)


分子量: 27618.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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非ポリマー , 3種, 4分子

#10: 化合物 ChemComp-SRN / SORANGICIN A


分子量: 807.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H66O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium tuberculosis WT RNAP open promoter complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3246: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98323 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00730816
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.83542293
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.2518350
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0534820
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0075098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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