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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vqh | ||||||
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タイトル | Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 3 (from focused refinement) | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTON TRANSPORT / membrane protein complex / rotary atpase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / transporter activator activity / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / negative regulation of autophagic cell death ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / transporter activator activity / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / cellular response to increased oxygen levels / intracellular organelle / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / NURF complex / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / protein localization to cilium / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / regulation of MAPK cascade / ATPase activator activity / autophagosome membrane / MLL1 complex / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / terminal bouton / transmembrane transport / cilium / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / synaptic vesicle / signaling receptor activity / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain. 著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vqh.cif.gz | 474.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vqh.ent.gz | 362.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vqh_validation.pdf.gz | 1002.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vqh_full_validation.pdf.gz | 1004 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vqh_validation.xml.gz | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vqh_validation.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/6vqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/6vqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21350MC 6vq6C 6vq7C 6vq8C 6vq9C 6vqaC 6vqbC 6vqcC 6vqgC 6vqiC 6vqjC 6vqkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 Hbfp
#1: タンパク質 | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022 |
#8: タンパク質 | 分子量: 11000.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D3ZIM6 |
#10: タンパク質 | 分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4 |
-V-type proton ATPase ... , 6種, 14分子 Lacdeghijklmno
#2: タンパク質 | 分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 96429.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286 |
#5: タンパク質 | 分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715 |
#6: タンパク質 | 分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6 |
#7: タンパク質 | 分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76 |
#9: タンパク質 | 分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Membrane embedded region of rat brain V-ATPase composed of subunits a, c", c1-9, d, e, f, atp6ap1, atp6ap2, as well as subunits F and part of subunit D from the V1 region. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79654 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |