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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vfi | ||||||
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タイトル | De novo designed octahedral nanoparticle O43_dn18 | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN / De novo / Nanoparticle | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | ||||||
データ登録者 | Antanasijevic, A. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens. 著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker / 要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vfi.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vfi.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vfi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vfi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vfi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vfi_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vfi_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/6vfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/6vfi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24
2 |
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3 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: O (正8面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13828.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22722.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: De novo designed nanoparticle of octahedral symmetry O43_dn18_NP タイプ: COMPLEX / 詳細: Self-assembling nanoparticle of octahedral symmetry / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.81 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: TBS buffer, 0.2um filtered, 0.06mM DDM detergent added immediately before freezing | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Nanoparticles were generated by co-expression of the two components (A and B) in E coli. Assembled particles are purified by a combination of Ni-affinity and gel filtration chromatography. | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: 0.06mM DDM detergent (from an 8X stock) added immediately before freezing |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 50.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1336 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 330095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: O (正8面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5050 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Octahedral nanoparticle O43_dn18 model was fit into the map using UCSF Chimera. A combination of Rosetta relaxed refinement and manual refinement in Coot was used to relax the model into the map. |