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- PDB-6v6s: Structure of the native human gamma-tubulin ring complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6s
タイトルStructure of the native human gamma-tubulin ring complex
要素
  • (Gamma-tubulin complex component ...) x 5
  • (Unassigned poly-alanine model ...) x 3
  • Tubulin gamma-1 chain
  • Unassigned poly-alanine chain ("staple")
  • beta actin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / gTuRC / g-TuRC / GCP / GCP2 / GCP3 / GCP4 / GCP5 / GCP6 / microtubule / microtubule nucleation / single particle cryo-EM structure
機能・相同性
機能・相同性情報


equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / microtubule minus-end binding / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / non-motile cilium ...equatorial microtubule organizing center / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / microtubule minus-end binding / polar microtubule / gamma-tubulin complex / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / non-motile cilium / microtubule organizing center / pericentriolar material / cell leading edge / cytoplasmic microtubule / mitotic sister chromatid segregation / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / neuron migration / brain development / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / spindle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / apical part of cell / mitotic cell cycle / microtubule binding / protein-containing complex assembly / microtubule / neuron projection / centrosome / GTP binding / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin ...Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tubulin gamma-1 chain / Gamma-tubulin complex component 3 / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 5 / Gamma-tubulin complex component 2 / Gamma-tubulin complex component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Wieczorek, M. / Urnavicius, L. / Ti, S. / Molloy, K.R. / Chait, B.T. / Kapoor, T.M.
資金援助 米国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM130234 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000025/18-L1 フランス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex.
著者: Michal Wieczorek / Linas Urnavicius / Shih-Chieh Ti / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Tarun M Kapoor /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the native human γ-TuRC at ∼3.8 Å resolution, revealing an asymmetric, cone-shaped structure. Pseudo-atomic models indicate that GCP4, GCP5, and GCP6 form distinct Y-shaped assemblies that structurally mimic GCP2/GCP3 subcomplexes distal to the γ-TuRC "seam." We also identify an unanticipated structural bridge that includes an actin-like protein and spans the γ-TuRC lumen. Despite its asymmetric architecture, the γ-TuRC arranges γ-tubulins into a helical geometry poised to nucleate microtubules. Diversity in the γ-TuRC subunits introduces large (>100,000 Å) surfaces in the complex that allow for interactions with different regulatory factors. The observed compositional complexity of the γ-TuRC could self-regulate its assembly into a cone-shaped structure to control microtubule formation across diverse contexts, e.g., within biological condensates or alongside existing filaments.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21073
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-tubulin complex component 2
B: Gamma-tubulin complex component 3
C: Gamma-tubulin complex component 2
D: Gamma-tubulin complex component 3
E: Gamma-tubulin complex component 2
F: Gamma-tubulin complex component 3
G: Gamma-tubulin complex component 2
H: Gamma-tubulin complex component 3
I: Gamma-tubulin complex component 4
J: Gamma-tubulin complex component 5
K: Gamma-tubulin complex component 4
L: Gamma-tubulin complex component 6
M: Gamma-tubulin complex component 2
N: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
O: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
Q: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
R: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
S: Unassigned poly-alanine chain ("staple")
T: Gamma-tubulin complex component 3
U: beta actin
V: Unassigned poly-alanine model ("CC")
W: Unassigned poly-alanine model ("HB")
X: Unassigned poly-alanine model ("Lumenal bridge helical bundles")
Y: Unassigned poly-alanine model ("CC")
a: Tubulin gamma-1 chain
b: Tubulin gamma-1 chain
c: Tubulin gamma-1 chain
d: Tubulin gamma-1 chain
e: Tubulin gamma-1 chain
f: Tubulin gamma-1 chain
g: Tubulin gamma-1 chain
h: Tubulin gamma-1 chain
i: Tubulin gamma-1 chain
j: Tubulin gamma-1 chain
k: Tubulin gamma-1 chain
l: Tubulin gamma-1 chain
m: Tubulin gamma-1 chain
t: Tubulin gamma-1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,353,97453
ポリマ－2,347,34238
非ポリマー6,63215
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Gamma-tubulin complex component ... , 5種, 14分子 ACEGMBDFHTIKJL

#1: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 2 / hGCP2 / Gamma-ring complex protein 103 kDa / hGrip103 / Spindle pole body protein Spc97 homolog / hSpc97


分子量: 105765.719 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSJ2
#2: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 3 / hGCP3 / Gamma-ring complex protein 104 kDa / hGrip104 / Spindle pole body protein Spc98 homolog / hSpc98


分子量: 103710.102 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96CW5
#3: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 4 / hGCP4 / Gamma-ring complex protein 76 kDa / hGrip76


分子量: 76179.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UGJ1
#4: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 5 / GCP-5


分子量: 118467.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RT8
#5: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 6 / GCP-6


分子量: 200733.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence truncated around modeled region of GCP6 to enable deposition; full sequence can be found at Uniprot # Q96RT7.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RT7

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タンパク質・ペプチド , 1種, 5分子 NOQRS

#6: タンパク質・ペプチド
Unassigned poly-alanine chain ("staple")


分子量: 4273.259 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 , 2種, 15分子 Uabcdefghijklmt

#7: タンパク質 beta actin


分子量: 41723.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#11: タンパク質
Tubulin gamma-1 chain / Gamma-1-tubulin / Gamma-tubulin complex component 1 / GCP-1


分子量: 51255.824 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23258

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Unassigned poly-alanine model ... , 3種, 4分子 VYWX

#8: タンパク質 Unassigned poly-alanine model ("CC")


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#9: タンパク質 Unassigned poly-alanine model ("HB")


分子量: 14060.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#10: タンパク質 Unassigned poly-alanine model ("Lumenal bridge helical bundles")


分子量: 22400.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 15分子

#12: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#13: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native human gamma-tubulin ring complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6, #8-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103172 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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