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万見
- PDB-6te9: Neck of native GTA particle computed with C6 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6te9
タイトルNeck of native GTA particle computed with C6 symmetry
要素
  • Adaptor protein Rcc01688
  • Phage major tail protein, TP901-1 family
  • Phage portal protein, HK97 family
  • Stopper protein Rcc01689
  • Tail terminator protein Rcc01690
キーワードVIRUS / "neck" / "portal" / "capsid" / "tail tube"
機能・相同性
機能・相同性情報


STM4215-like - #30 / Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein / STM4215-like / Phage conserved hypothetical protein / Tail completion protein / Tail completion protein gp17 / Gene transfer agent, major tail protein / Phage portal protein, HK97 / : / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor superfamily ...STM4215-like - #30 / Bacteriophage SPP1 head-tail adaptor protein / STM4215-like / Phage conserved hypothetical protein / Tail completion protein / Tail completion protein gp17 / Gene transfer agent, major tail protein / Phage portal protein, HK97 / : / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor superfamily / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor / Phage head completion protein / Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage portal protein, HK97 family / Gene transfer agent protein / Head-tail adaptor protein / DUF3168 domain-containing protein / Phage major tail protein, TP901-1 family
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Bardy, P. / Fuzik, T. / Hrebik, D. / Pantucek, R. / Beatty, J.T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 7件
組織認可番号国
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2011033 チェコ
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic18-13064S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent.
著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka /
要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10477
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Adaptor protein Rcc01688
A: Phage portal protein, HK97 family
B: Phage portal protein, HK97 family
D: Adaptor protein Rcc01688
F: Tail terminator protein Rcc01690
E: Stopper protein Rcc01689
G: Phage major tail protein, TP901-1 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,3027
ポリマ－168,3027
非ポリマー00
水00
1
C: Adaptor protein Rcc01688
A: Phage portal protein, HK97 family
B: Phage portal protein, HK97 family
D: Adaptor protein Rcc01688
F: Tail terminator protein Rcc01690
E: Stopper protein Rcc01689
G: Phage major tail protein, TP901-1 family
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,009,80942
ポリマ－1,009,80942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
Buried area19930 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area68330 Å2

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要素

#1: タンパク質 Adaptor protein Rcc01688


分子量: 20956.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: D5ATZ4
#2: タンパク質 Phage portal protein, HK97 family


分子量: 42846.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: D5ATZ0
#3: タンパク質 Tail terminator protein Rcc01690


分子量: 13871.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: D5ATZ6
#4: タンパク質 Stopper protein Rcc01689


分子量: 12403.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: D5ATZ5
#5: タンパク質 Phage major tail protein, TP901-1 family


分子量: 14420.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: D5ATZ7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agentCOMPLEXNeck region composed out of C12 connector and C6 tailall0NATURAL
2ConnectorCOMPLEXspecial 5-fold vertex of the capsid, interconnecting capsid to tail#1-#21NATURAL
3TailCOMPLEXtubular structure interconnecting capsid to baseplate (host-recognition device), partial#3-#51NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.00 MDaNO
210.76 MDaNO
310.24 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rhodobacter capsulatus (バクテリア)1061
23Rhodobacter capsulatus (バクテリア)1061
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Rhodobacter capsulatus
ウイルス殻名称: GTA virion / 直径: 870 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris1
21 mMNaCl1
31 mMMgCl21
41 mMCaCl21
50.01 mg/mlBovine serum albumin1
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 42.75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2EPU2.1画像取得
4RELION2.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 41516
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41516 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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