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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t9j | |||||||||
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タイトル | SAGA Tra1 module | |||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Coactivator / Transcription / Histone acetyltransferase / Histone deubiquitinase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / IRE1-mediated unfolded protein response / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / IRE1-mediated unfolded protein response / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / peroxisome / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, H. / Cheung, A. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of the transcription coactivator SAGA. 著者: Haibo Wang / Christian Dienemann / Alexandra Stützer / Henning Urlaub / Alan C M Cheung / Patrick Cramer / 要旨: Gene transcription by RNA polymerase II is regulated by activator proteins that recruit the coactivator complexes SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) and transcription factor IID (TFIID). SAGA is ...Gene transcription by RNA polymerase II is regulated by activator proteins that recruit the coactivator complexes SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) and transcription factor IID (TFIID). SAGA is required for all regulated transcription and is conserved among eukaryotes. SAGA contains four modules: the activator-binding Tra1 module, the core module, the histone acetyltransferase (HAT) module and the histone deubiquitination (DUB) module. Previous studies provided partial structures, but the structure of the central core module is unknown. Here we present the cryo-electron microscopy structure of SAGA from the yeast Saccharomyces cerevisiae and resolve the core module at 3.3 Å resolution. The core module consists of subunits Taf5, Sgf73 and Spt20, and a histone octamer-like fold. The octamer-like fold comprises the heterodimers Taf6-Taf9, Taf10-Spt7 and Taf12-Ada1, and two histone-fold domains in Spt3. Spt3 and the adjacent subunit Spt8 interact with the TATA box-binding protein (TBP). The octamer-like fold and its TBP-interacting region are similar in TFIID, whereas Taf5 and the Taf6 HEAT domain adopt distinct conformations. Taf12 and Spt20 form flexible connections to the Tra1 module, whereas Sgf73 tethers the DUB module. Binding of a nucleosome to SAGA displaces the HAT and DUB modules from the core-module surface, allowing the DUB module to bind one face of an ubiquitinated nucleosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t9j.cif.gz | 688.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t9j.ent.gz | 533.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t9j_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t9j_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6t9j_validation.xml.gz | 104.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6t9j_validation.cif.gz | 158.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67880.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SPT20, ADA5, YOL148C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P50875 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61144.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TAF12, TAF61, TAF68, YDR145W, YD8358.02 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03761 |
#3: タンパク質 | 分子量: 433677.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: TRA1, YHR099W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P38811 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SAGA Tra1 module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: Solution were made from stock solution | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 42.45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 250368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27602 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 107.1 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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