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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qsu | ||||||||||||
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タイトル | Helicobacter pylori urease with BME bound in the active site | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / dodecamer / bi nickel center / enzyme / cytoplasm | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Luecke, H. / Cunha, E. | ||||||||||||
資金援助 | ノルウェー, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori urease with an inhibitor in the active site at 2.0 Å resolution. 著者: Eva S Cunha / Xiaorui Chen / Marta Sanz-Gaitero / Deryck J Mills / Hartmut Luecke / 要旨: Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of ...Infection of the human stomach by Helicobacter pylori remains a worldwide problem and greatly contributes to peptic ulcer disease and gastric cancer. Without active intervention approximately 50% of the world population will continue to be infected with this gastric pathogen. Current eradication, called triple therapy, entails a proton-pump inhibitor and two broadband antibiotics, however resistance to either clarithromycin or metronidazole is greater than 25% and rising. Therefore, there is an urgent need for a targeted, high-specificity eradication drug. Gastric infection by H. pylori depends on the expression of a nickel-dependent urease in the cytoplasm of the bacteria. Here, we report the 2.0 Å resolution structure of the 1.1 MDa urease in complex with an inhibitor by cryo-electron microscopy and compare it to a β-mercaptoethanol-inhibited structure at 2.5 Å resolution. The structural information is of sufficient detail to aid in the development of inhibitors with high specificity and affinity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qsu.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qsu.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qsu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qsu_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6qsu_validation.xml.gz | 234.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qsu_validation.cif.gz | 351.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26645.703 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureA, BGL58_00110, D2C78_00705, DD749_00755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A293SGE9, UniProt: P14916*PLUS, urease #2: タンパク質 | 分子量: 61832.531 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) 遺伝子: ureC, ureB, ACM26_03100, ACM31_01665, AEY53_07315, AEY54_04500, BB390_03210, BB400_00890, BB458_02040, BB472_00115, BB483_06885, BCM300_00080, BGL59_06905, BGL62_00955, BGL74_08355, BGL78_ ...遺伝子: ureC, ureB, ACM26_03100, ACM31_01665, AEY53_07315, AEY54_04500, BB390_03210, BB400_00890, BB458_02040, BB472_00115, BB483_06885, BCM300_00080, BGL59_06905, BGL62_00955, BGL74_08355, BGL78_03465, BGL80_00980, BZK19_03120, BZK22_02015, BZK28_01040, C2R48_07340, C2R49_05480, C2R51_07515, C2R54_00600, C2R57_07640, C2R76_03750, C2R81_00275, C2R85_01915, C2R92_02560, CV727_07335, CV730_01155, D2C74_07740, D2C77_03985, D2C79_06860, DD741_00890, DD749_00750, DD779_00665, DD783_00075, DDP32_00750, DDP35_00500, EC528_04020, EC532_02160, EC572_01665, EC592_02340, EC594_04345, EC598_01685, ECB88_00905, ECB90_01230, ECC11_01355, ECC14_06065, ECC20_02355, ECC23_04175, ECC26_01225, ECC27_04455, ECC29_00335, ECC38_01340, ECC45_00115, ECE48_05900, EDB75_03310, EPC84_05055, HPY1198_04550, NCTC13207_01207, NCTC13338_01433, NCTC13345_00234 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086RWB6, UniProt: P69996*PLUS, urease #3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 化合物 | ChemComp-BME / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 1.1 MDa Helicobacter pylori Urease / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: UMAB41 / 細胞内の位置: Cytoplasm | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pHP808, pHP902 | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD | ||||||||||||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Relion 3.0 beta per image and per particle / タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 203000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175895 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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