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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qle | ||||||||||||
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タイトル | Structure of inner kinetochore CCAN complex | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / inner kinetochore / CCAN / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / structural molecule activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | ||||||||||||
![]() | Yan, K. / Yang, J. / Zhang, Z. / McLaughlin, S.H. / Chang, L. / Fasci, D. / Heck, A.J.R. / Barford, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome. 著者: Kaige Yan / Jing Yang / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Leifu Chang / Domenico Fasci / Ann E Ehrenhofer-Murray / Albert J R Heck / David Barford / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized ...In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized Cenp-A nucleosomes, function to connect centromeric chromatin to microtubules of the mitotic spindle. Whereas the centromeres of vertebrate chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules, the simple point centromeres of budding yeast are connected to individual microtubules. All 16 budding yeast chromosomes assemble complete kinetochores using a single Cenp-A nucleosome (Cenp-A), each of which is perfectly centred on its cognate centromere. The inner and outer kinetochore modules are responsible for interacting with centromeric chromatin and microtubules, respectively. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae inner kinetochore module, the constitutive centromere associated network (CCAN) complex, assembled onto a Cenp-A nucleosome (CCAN-Cenp-A). The structure explains the interdependency of the constituent subcomplexes of CCAN and shows how the Y-shaped opening of CCAN accommodates Cenp-A to enable specific CCAN subunits to contact the nucleosomal DNA and histone subunits. Interactions with the unwrapped DNA duplex at the two termini of Cenp-A are mediated predominantly by a DNA-binding groove in the Cenp-L-Cenp-N subcomplex. Disruption of these interactions impairs assembly of CCAN onto Cenp-A. Our data indicate a mechanism of Cenp-A nucleosome recognition by CCAN and how CCAN acts as a platform for assembly of the outer kinetochore to link centromeres to the mitotic spindle for chromosome segregation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 338.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 735 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 745.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Central kinetochore subunit ... , 2種, 2分子 HI
#1: タンパク質 | 分子量: 20019.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCRG_02534, FOSTERSB_4937 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46149.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SCRG_04321 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
-Inner kinetochore subunit ... , 9種, 9分子 KLNOPQUYZ
#3: タンパク質 | 分子量: 21431.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 28093.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 52743.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 43028.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 42841.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 30460.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OKP1, YGR179C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 20940.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 27006.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株: High Five / 遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 17877.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株: High Five / 遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: INNER KINETOCHORE CCAN COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||
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画像処理 |
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CTF補正 |
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3次元再構成 |
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精密化 | 最高解像度: 3.55 Å |