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- PDB-6qld: Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qld
タイトルStructure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex
要素
  • (DNA (125-MER)) x 2
  • (Histone H2A.1) x 2
  • (Histone H3-like centromeric protein ...) x 2
  • (Inner kinetochore subunit ...) x 12
  • Histone H2B.1
  • Histone H2B.2
  • Histone H4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / inner kinetochore / DNA / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / PKMTs methylate histone lysines / meiotic sister chromatid segregation / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / PKMTs methylate histone lysines / meiotic sister chromatid segregation / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / HATs acetylate histones / spindle attachment to meiosis I kinetochore / ascospore formation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / centromeric DNA binding / CENP-A containing chromatin assembly / HDACs deacetylate histones / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / replication fork protection complex / protein localization to kinetochore / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / postreplication repair / spindle pole body / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid segregation / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / chromosome segregation / heterochromatin formation / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / chromatin organization / mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component ...Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / RmlC-like jelly roll fold / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H2B.2 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B.1 / Histone H2B.2 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Yan, K. / Yang, J. / Zhang, Z. / McLaughlin, S.H. / Chang, L. / Fasci, D. / Heck, A.J.R. / Barford, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
European CommissionINFRAIA project Epic-XS (Project 823839)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome.
著者: Kaige Yan / Jing Yang / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Leifu Chang / Domenico Fasci / Ann E Ehrenhofer-Murray / Albert J R Heck / David Barford /
要旨: In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized ...In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized Cenp-A nucleosomes, function to connect centromeric chromatin to microtubules of the mitotic spindle. Whereas the centromeres of vertebrate chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules, the simple point centromeres of budding yeast are connected to individual microtubules. All 16 budding yeast chromosomes assemble complete kinetochores using a single Cenp-A nucleosome (Cenp-A), each of which is perfectly centred on its cognate centromere. The inner and outer kinetochore modules are responsible for interacting with centromeric chromatin and microtubules, respectively. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae inner kinetochore module, the constitutive centromere associated network (CCAN) complex, assembled onto a Cenp-A nucleosome (CCAN-Cenp-A). The structure explains the interdependency of the constituent subcomplexes of CCAN and shows how the Y-shaped opening of CCAN accommodates Cenp-A to enable specific CCAN subunits to contact the nucleosomal DNA and histone subunits. Interactions with the unwrapped DNA duplex at the two termini of Cenp-A are mediated predominantly by a DNA-binding groove in the Cenp-L-Cenp-N subcomplex. Disruption of these interactions impairs assembly of CCAN onto Cenp-A. Our data indicate a mechanism of Cenp-A nucleosome recognition by CCAN and how CCAN acts as a platform for assembly of the outer kinetochore to link centromeres to the mitotic spindle for chromosome segregation.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4579
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Inner kinetochore subunit MIF2
G: DNA (125-MER)
H: Inner kinetochore subunit MCM16
I: Inner kinetochore subunit CTF3
J: DNA (125-MER)
K: Inner kinetochore subunit MCM22
L: Inner kinetochore subunit IML3
N: Inner kinetochore subunit CHL4
O: Inner kinetochore subunit MCM21
P: Inner kinetochore subunit CTF19
Q: Inner kinetochore subunit OKP1
U: Inner kinetochore subunit AME1
Y: Inner kinetochore subunit NKP1
Z: Inner kinetochore subunit NKP2
a: Histone H3-like centromeric protein CSE4
b: Histone H4
d: Histone H2B.2
e: Histone H3-like centromeric protein CSE4
f: Histone H4
g: Histone H2A.1
h: Histone H2B.1
i: Histone H2A.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,67022
ポリマ－471,67022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area109030 Å2
ΔGint-787 kcal/mol
Surface area183540 Å2
手法PISA

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要素

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Inner kinetochore subunit ... , 12種, 12分子 CHIKLNOPQUYZ

#1: タンパク質・ペプチド Inner kinetochore subunit MIF2 / CENP-C homolog / Constitutive centromere-associated network protein MIF2 / Mitotic fidelity of ...CENP-C homolog / Constitutive centromere-associated network protein MIF2 / Mitotic fidelity of chromosome transmission protein 2


分子量: 2754.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MIF2, YKL089W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35201
#3: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM16 / CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome ...CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome maintenance protein 16


分子量: 15815.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM16, YPR046W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12262
#4: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF3 / CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / ...CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / Constitutive centromere-associated network protein CTF3


分子量: 47222.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12748
#6: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM22 / CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome ...CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome maintenance protein 22


分子量: 14082.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P47167
#7: タンパク質 Inner kinetochore subunit IML3 / CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome ...CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19


分子量: 27644.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38265
#8: タンパク質 Inner kinetochore subunit CHL4 / CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / ...CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / Constitutive centromere-associated network protein CHL4 / Minichromosome maintenance protein 17


分子量: 51642.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38907
#9: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM21 / CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated ...CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated network protein MCM21 / Minichromosome maintenance protein 21


分子量: 24746.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06675
#10: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF19 / CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated ...CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated network protein CTF19 / Minichromosome maintenance protein 18


分子量: 31659.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02732
#11: タンパク質 Inner kinetochore subunit OKP1 / CENP-Q homolog / Constitutive centromere-associated network protein OKP1 / Outer kinetochore protein 1


分子量: 27358.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OKP1, YGR179C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53298
#12: タンパク質 Inner kinetochore subunit AME1 / Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere- ...Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere-associated network protein AME1


分子量: 22157.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38313
#13: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP1 / Constitutive centromere-associated network protein NKP1 / Non-essential kinetochore protein 1


分子量: 26875.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP1, YDR383C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12493
#14: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP2 / Constitutive centromere-associated network protein NKP2 / Non-essential kinetochore protein 2


分子量: 17631.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP2, YLR315W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06162

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GJ

#2: DNA鎖 DNA (125-MER)


分子量: 38030.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: DNA鎖 DNA (125-MER)


分子量: 38510.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
Histone H3-like centromeric protein ... , 2種, 2分子 ae

#15: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein CSE4 / CENP-A homolog / Chromosome segregation protein 4


分子量: 10535.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36012
#18: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein CSE4 / CENP-A homolog / Chromosome segregation protein 4


分子量: 13715.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSE4, CSL2, YKL049C, YKL262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36012

-
タンパク質 , 5種, 6分子 bfdghi

#16: タンパク質 Histone H4


分子量: 8897.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309
#17: タンパク質 Histone H2B.2


分子量: 10342.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB2, H2B2, YBL002W, YBL0104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02294
#19: タンパク質 Histone H2A.1


分子量: 11546.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911
#20: タンパク質 Histone H2B.1 / Suppressor of Ty protein 12


分子量: 10413.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02293
#21: タンパク質 Histone H2A.1


分子量: 11190.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04911

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosomeCOMPLEX#1-#170MULTIPLE SOURCES
2kinetochoreCOMPLEX#1, #3-#4, #6-#141RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#2, #51RECOMBINANT
4HistonesCOMPLEX#15-#211RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) cerevisiae (パン酵母)559292
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145783 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.15 Å / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00429358
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.761340836
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04564882
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00564276
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.845116896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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