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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pz9 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the pancreatic beta-cell SUR1 bound to ATP and repaglinide | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / KATP / SUR1 / RPG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of insulin secretion / ATP sensitive Potassium channels / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade ...Regulation of insulin secretion / ATP sensitive Potassium channels / ABC-family proteins mediated transport / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inward rectifier potassium channel activity / nervous system process / inorganic cation transmembrane transport / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / ankyrin binding / Ion homeostasis / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / action potential / regulation of insulin secretion / voltage-gated potassium channel activity / intercalated disc / potassium channel activity / axolemma / ABC-type transporter activity / negative regulation of insulin secretion / potassium ion transmembrane transport / T-tubule / heat shock protein binding / acrosomal vesicle / regulation of membrane potential / response to ischemia / determination of adult lifespan / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / potassium ion transport / sarcolemma / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / response to estradiol / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Shyng, S.L. / Yoshioka, C. / Martin, G.M. / Sung, M.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Mechanism of pharmacochaperoning in a mammalian K channel revealed by cryo-EM. 著者: Gregory M Martin / Min Woo Sung / Zhongying Yang / Laura M Innes / Balamurugan Kandasamy / Larry L David / Craig Yoshioka / Show-Ling Shyng / 要旨: ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β- ...ATP-sensitive potassium (K) channels composed of a pore-forming Kir6.2 potassium channel and a regulatory ABC transporter sulfonylurea receptor 1 (SUR1) regulate insulin secretion in pancreatic β-cells to maintain glucose homeostasis. Mutations that impair channel folding or assembly prevent cell surface expression and cause congenital hyperinsulinism. Structurally diverse K inhibitors are known to act as pharmacochaperones to correct mutant channel expression, but the mechanism is unknown. Here, we compare cryoEM structures of a mammalian K channel bound to pharmacochaperones glibenclamide, repaglinide, and carbamazepine. We found all three drugs bind within a common pocket in SUR1. Further, we found the N-terminus of Kir6.2 inserted within the central cavity of the SUR1 ABC core, adjacent the drug binding pocket. The findings reveal a common mechanism by which diverse compounds stabilize the Kir6.2 N-terminus within SUR1's ABC core, allowing it to act as a firm 'handle' for the assembly of metastable mutant SUR1-Kir6.2 complexes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pz9.cif.gz | 219.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pz9.ent.gz | 154.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pz9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pz9_validation.pdf.gz | 890 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pz9_full_validation.pdf.gz | 896 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pz9_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pz9_validation.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pz9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 177333.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) 遺伝子: ABCC8, SUR / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q09427 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43645.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnj11 / 細胞株 (発現宿主): INS - 1 cells clone 832/13 / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P70673 |
#3: 化合物 | ChemComp-BJX / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 312000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BAA Accession code: 6BAA / Source name: PDB / タイプ: experimental model |