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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p7v | |||||||||
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タイトル | Structure of the K. lactis CBF3 core | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / yeast centromere-binding complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, P.D. / Wei, H. / Tan, D. / Harrison, S.C. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of the Centromere Binding Factor 3 Complex from Kluyveromyces lactis. 著者: Phong D Lee / Hui Wei / Dongyan Tan / Stephen C Harrison / 要旨: Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", ...Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", CDEI, II, and III. CDEI (8 bp) and CDEIII (∼25 bp) are conserved between Kluyveromyces lactis and Saccharomyces cerevisiae, but CDEII in the former is twice as long (160 bp) as CDEII in the latter (80 bp). The CBF3 complex recognizes CDEIII and is required for assembly of a centromeric nucleosome, which in turn recruits other kinetochore components. To understand differences in centromeric nucleosome assembly between K. lactis and S. cerevisiae, we determined the structure of a K. lactis CBF3 complex by electron cryomicroscopy at ∼4 Å resolution and compared it with published structures of S. cerevisiae CBF3. We show differences in the pose of Ndc10 and discuss potential models of the K. lactis centromeric nucleosome that account for the extended CDEII length. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p7v.cif.gz | 486.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p7v.ent.gz | 398.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p7v_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p7v_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6p7v_validation.xml.gz | 52.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p7v_validation.cif.gz | 78.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p7v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46159.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0_F13816g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CK37 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21081.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: SKP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O94228 |
#3: タンパク質 | 分子量: 74165.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0_D09977g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CRD4 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: K. lactis CBF3 core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Kluyveromyces lactis (酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130143 / 対称性のタイプ: POINT |