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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6olj | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of PilB from Geobacter metallireducens: C2ccocco conformation | ||||||
要素 | Type IV pilus biogenesis ATPase PilB | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / ATPase / T4P / type iv pilus / motor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pilus assembly / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacter metallireducens (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
データ登録者 | McCallum, M. / Howell, P.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus. 著者: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell / 要旨: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by motor ATPases of the PilT/VirB11-like family. This family is thought to operate with C symmetry; however, most of these ATPases crystallize with either C or C symmetric conformations. The relevance of these conformations is unclear. Here, we determine the X-ray structures of PilT in four unique conformations and use these structures to classify the conformation of available PilT/VirB11-like family member structures. Single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) structures of PilT reveal condition-dependent preferences for C C, and C conformations. The physiologic importance of these conformations is validated by coevolution analysis and functional studies of point mutants, identifying a rare gain-of-function mutation that favours the C conformation. With these data, we propose a comprehensive model of PilT function with broad implications for PilT/VirB11-like family members. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6olj.cif.gz | 422 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6olj.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6olj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6olj_validation.pdf.gz | 920.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6olj_full_validation.pdf.gz | 923.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6olj_validation.xml.gz | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6olj_validation.cif.gz | 89.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6olj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/6olj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 20114MC 6ojxC 6ojyC 6ojzC 6ok2C 6okvC 6olkC 6ollC 6olmC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64899.281 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: pilB, Gmet_1393 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VU7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PilB Hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Geobacter metallireducens (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET28a |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 20 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3257 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 68.8 / プロトコル: FLEXIBLE FIT 詳細: Initial fitting in chimera, flexible fitting in Phenix-refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5TSG |