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- PDB-5zfr: Crystal structure of PilB, an extension ATPase motor of Type IV p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zfr
タイトルCrystal structure of PilB, an extension ATPase motor of Type IV pilus, from Geobacter sulfurreducens
要素Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / extension motor
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ATPase, type IV, pilus assembly, PilB / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Solanki, V. / Kapoor, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific and Industrial Research インド
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the mechanism of Type IVa pilus extension and retraction ATPase motors
著者: Solanki, V. / Kapoor, S. / Thakur, K.G.
履歴
登録2018年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,5189
ポリマ－193,0373
非ポリマー4816
水86548
1
A: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子

A: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
B: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
C: Type IV pilus biogenesis ATPase PilB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,03718
ポリマ－386,0746
非ポリマー96212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area20570 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area94170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.301, 176.301, 138.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))
21(chain B and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))
31(chain C and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAILEILE(chain A and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))AA181 - 260195 - 274
12METMETASPASP(chain A and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))AA268 - 568282 - 582
21ALAALAILEILE(chain B and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))BB181 - 260195 - 274
22METMETASPASP(chain B and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))BB268 - 568282 - 582
31ALAALAILEILE(chain C and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))CC181 - 260195 - 274
32METMETASPASP(chain C and (resid 181 through 260 or resid 268 through 568))CC268 - 568282 - 582

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要素

#1: タンパク質 Type IV pilus biogenesis ATPase PilB


分子量: 64345.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
株: PCA / 遺伝子: pilB, GSU1491 / プラスミド: pETDuet
詳細 (発現宿主): N-terminal 6xHistidine Tag and Ampicillin resistance marker
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q74D28
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M succinic acid pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 1%(w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→176.301 Å / Num. obs: 39383 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 101.77 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.126 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
3.1-3.278.11.3080.657110.4851.4011.30899.4
3.27-3.477.90.777153950.2930.8340.77799
3.47-3.717.50.4051.850640.1580.4370.40598.6
3.71-48.10.2423.147450.090.2590.24298.8
4-4.387.90.148543770.0550.1580.14898.7
4.38-4.97.30.0927.839230.0350.0980.09297.6
4.9-5.6680.089835110.0320.0950.08998.4
5.66-6.937.50.0789.129660.0290.0840.07897.3
6.93-9.87.40.04312.423490.0160.0460.04397.5
9.8-46.3386.70.03515.513420.0130.0380.03595.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TSG

5tsg


解像度: 3.1→46.338 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1989 5.05 %
Rwork0.2177 --
obs0.2192 39350 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 216.38 Å2 / Biso mean: 102.2735 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→46.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8989 0 18 48 9055
Biso mean--150.06 88.15 -
残基数----1154
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3483X-RAY DIFFRACTION13.119TORSIONAL
12B3483X-RAY DIFFRACTION13.119TORSIONAL
13C3483X-RAY DIFFRACTION13.119TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.17750.40871280.40042648277699
3.1775-3.26340.38761480.36792646279499
3.2634-3.35940.37881430.33622660280399
3.3594-3.46780.36511420.31322639278199
3.4678-3.59170.32891470.29452616276398
3.5917-3.73550.29471440.26292658280299
3.7355-3.90540.27091180.24392682280099
3.9054-4.11120.28861440.21892651279598
4.1112-4.36860.22721350.19982660279598
4.3686-4.70560.20851450.16952643278897
4.7056-5.17850.23121590.17822663282298
5.1785-5.92660.22581460.20822686283298
5.9266-7.46180.23811500.20792694284497
7.4618-46.34290.17561400.1752815295596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52290.0671-0.01710.3810.47661.78930.0198-0.042-0.1348-0.01050.0049-0.10310.11170.1639-0.00740.76340.0403-0.11450.77990.00630.9313-5.9031-59.82622.8226
20.8018-0.19890.14741.24320.04960.6144-0.1548-0.18540.19940.17160.0332-0.32230.0582-0.12530.1290.85850.0132-0.15960.8703-0.05150.7776-16.9068-50.862438.0827
31.828-0.19930.02960.8487-0.38130.3753-0.08940.05970.57810.20050.02-0.2441-0.10320.0060.06040.82390.0133-0.06980.7926-0.03340.9101-41.2132-22.190925.0359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 181:568)A181 - 568
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 179:568)B179 - 568
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 180:568)C180 - 568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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