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Yorodumi- PDB-6ok2: PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP: C3ocococ confo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ok2 | ||||||
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Title | PilT4 from Geobacter metallireducens bound to ADP: C3ocococ conformation | ||||||
Components | Twitching motility pilus retraction ATPase | ||||||
Keywords | MOTOR PROTEIN / T4P / ATPase / type IV pilus / motor | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Geobacter metallireducens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.287 Å | ||||||
Authors | McCallum, M. / Howell, P.L. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Multiple conformations facilitate PilT function in the type IV pilus. Authors: Matthew McCallum / Samir Benlekbir / Sheryl Nguyen / Stephanie Tammam / John L Rubinstein / Lori L Burrows / P Lynne Howell / Abstract: Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by ...Type IV pilus-like systems are protein complexes that polymerize pilin fibres. They are critical for virulence in many bacterial pathogens. Pilin polymerization and depolymerization are powered by motor ATPases of the PilT/VirB11-like family. This family is thought to operate with C symmetry; however, most of these ATPases crystallize with either C or C symmetric conformations. The relevance of these conformations is unclear. Here, we determine the X-ray structures of PilT in four unique conformations and use these structures to classify the conformation of available PilT/VirB11-like family member structures. Single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) structures of PilT reveal condition-dependent preferences for C C, and C conformations. The physiologic importance of these conformations is validated by coevolution analysis and functional studies of point mutants, identifying a rare gain-of-function mutation that favours the C conformation. With these data, we propose a comprehensive model of PilT function with broad implications for PilT/VirB11-like family members. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ok2.cif.gz | 814 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ok2.ent.gz | 682.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ok2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ok2_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ok2_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 6ok2_validation.xml.gz | 72.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6ok2_validation.cif.gz | 95.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ojxC 6ojyC 6ojzC 6okvC 6oljC 6olkC 6ollC 6olmC 3jvvS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42883.379 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (bacteria) Strain: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / Gene: pilT-4, Gmet_1394 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q39VU6 #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: 5.75 % (w/v) PEG3350 100 mM L-proline 50 mM Hepes pH 7.6 100 mM NaCl 25 mM Hepes pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.9996 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9996 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.287→29.386 Å / Num. obs: 38771 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.287→3.4 Å / Num. unique obs: 3597 / Rpim(I) all: 0.501 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JVV Resolution: 3.287→29.386 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.287→29.386 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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