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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nuw | ||||||
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タイトル | Yeast Ctf19 complex | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / Kinetochore | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / meiotic sister chromatid segregation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / spindle pole body / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / structural molecule activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å | ||||||
![]() | Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of the Ctf19c/CCAN from budding yeast. 著者: Stephen M Hinshaw / Stephen C Harrison / ![]() 要旨: Eukaryotic kinetochores connect spindlemicrotubules to chromosomal centromeres. A group of proteins called the Ctf19 complex (Ctf19c) in yeast and the constitutive centromere associated network (CCAN) ...Eukaryotic kinetochores connect spindlemicrotubules to chromosomal centromeres. A group of proteins called the Ctf19 complex (Ctf19c) in yeast and the constitutive centromere associated network (CCAN) in other organisms creates the foundation of a kinetochore. The Ctf19c/CCAN influences the timing of kinetochore assembly, sets its location by associating with a specialized nucleosome containing the histone H3 variant Cse4/CENP-A, and determines the organization of the microtubule attachment apparatus. We present here the structure of a reconstituted 13-subunit Ctf19c determined by cryo-electron microscopy at ~4 Å resolution. The structure accounts for known and inferred contacts with the Cse4 nucleosome and for an observed assembly hierarchy. We describe its implications for establishment of kinetochores and for their regulation by kinases throughout the cell cycle. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 313.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 840.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 881.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Inner kinetochore subunit ... , 11種, 12分子 BCDEFGIHYJXM
#1: タンパク質 | 分子量: 28365.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 43301.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 42841.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 53015.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 47427.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OKP1, YGR179C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 27278.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 38335.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 87766.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: ![]() ![]() #9: タンパク質 | | 分子量: 17877.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 10741.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 6400.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 U
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ctf19 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119469 / 対称性のタイプ: POINT |