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- PDB-6j3q: Capsid structure of a freshwater cyanophage Siphoviridae Mic1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j3q
タイトルCapsid structure of a freshwater cyanophage Siphoviridae Mic1
要素
  • cement protein
  • major capsid protein
キーワードVIRUS / cyanophage / Siphoviridae / capsid
機能・相同性: / Cement / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Microcystis phage Mic1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Jin, H. / Jiang, Y.L. / Yang, F. / Zhang, J.T. / Li, W.F. / Zhou, K. / Ju, J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630001 中国
National Natural Science Foundation of China31621002 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0400900 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Capsid Structure of a Freshwater Cyanophage Siphoviridae Mic1.
著者: Hua Jin / Yong-Liang Jiang / Feng Yang / Jun-Tao Zhang / Wei-Fang Li / Ke Zhou / Jue Ju / Yuxing Chen / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Cyanobacteria are the most abundant photosynthetic microorganisms, the global distribution of which is mainly regulated by the corresponding cyanophages. A systematic screening of water samples in ...Cyanobacteria are the most abundant photosynthetic microorganisms, the global distribution of which is mainly regulated by the corresponding cyanophages. A systematic screening of water samples in the Lake Chaohu enabled us to isolate a freshwater siphocyanophage that infects Microcystis wesenbergii, thus termed Mic1. Using cryoelectron microscopy, we solved the 3.5-Å structure of Mic1 capsid. The major capsid protein gp40 of an HK97-like fold forms two types of capsomers, hexons and pentons. The capsomers interact with each other via the interweaved N-terminal arms of gp40 in addition to a tail-in-mouth joint along the three-fold symmetric axis, resulting in the assembly of capsid in a mortise-and-tenon pattern. The novel-fold cement protein gp47 sticks at the two-fold symmetric axis and further fixes the capsid. These findings provide structural insights into the assembly of cyanophages, and set up a platform to explore the mechanism of specific interactions and co-evolution with cyanobacteria.
履歴
登録2019年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年11月27日Group: Source and taxonomy
カテゴリ: em_entity_assembly_naturalsource / entity_src_nat
Item: _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism ..._em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9774
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9774
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
U: major capsid protein
V: major capsid protein
W: major capsid protein
X: major capsid protein
Y: major capsid protein
Z: major capsid protein
a: major capsid protein
0: cement protein
3: cement protein
1: cement protein
4: cement protein
2: cement protein
6: cement protein
5: cement protein
7: cement protein
b: cement protein
8: cement protein
c: cement protein
9: cement protein
d: cement protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)625,02026
ポリマ－625,02026
非ポリマー00
水00
1
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
U: major capsid protein
V: major capsid protein
W: major capsid protein
X: major capsid protein
Y: major capsid protein
Z: major capsid protein
a: major capsid protein
0: cement protein
3: cement protein
1: cement protein
4: cement protein
2: cement protein
6: cement protein
5: cement protein
7: cement protein
b: cement protein
8: cement protein
c: cement protein
9: cement protein
d: cement protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,501,2251560
ポリマ－37,501,2251560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
Buried area130750 Å2
ΔGint-810 kcal/mol
Surface area240390 Å2
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
U: major capsid protein
V: major capsid protein
W: major capsid protein
X: major capsid protein
Y: major capsid protein
Z: major capsid protein
a: major capsid protein
0: cement protein
3: cement protein
1: cement protein
4: cement protein
2: cement protein
6: cement protein
5: cement protein
7: cement protein
b: cement protein
8: cement protein
c: cement protein
9: cement protein
d: cement protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.13 MDa, 130 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,125,102130
ポリマ－3,125,102130
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: major capsid protein
B: major capsid protein
C: major capsid protein
D: major capsid protein
E: major capsid protein
F: major capsid protein
U: major capsid protein
V: major capsid protein
W: major capsid protein
X: major capsid protein
Y: major capsid protein
Z: major capsid protein
a: major capsid protein
0: cement protein
3: cement protein
1: cement protein
4: cement protein
2: cement protein
6: cement protein
5: cement protein
7: cement protein
b: cement protein
8: cement protein
c: cement protein
9: cement protein
d: cement protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.75 MDa, 156 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,750,122156
ポリマ－3,750,122156
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
major capsid protein


分子量: 37879.035 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microcystis phage Mic1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A4Y5TR23*PLUS
#2: タンパク質
cement protein


分子量: 10199.458 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microcystis phage Mic1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A4Y5TPY8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cyanophage / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Microcystis phage Mic1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Microcystis wesenbergii
ウイルス殻名称: gp40 / 直径: 880 nm / 三角数 (T数): 13
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH7.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgSO4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.76 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1935
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND4 / タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 18800
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9702 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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