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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i2n | ||||||
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タイトル | Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Nucleoprotein / Nucleocapsid / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hantaan orthohantavirus (ウイルス) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Arragain, B. / Reguera, J. / Desfosses, A. / Gutsche, I. / Schoehn, G. / Malet, H. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: High resolution cryo-EM structure of the helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid reveals its assembly mechanisms. 著者: Benoît Arragain / Juan Reguera / Ambroise Desfosses / Irina Gutsche / Guy Schoehn / Hélène Malet / 要旨: Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids ...Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids usually prevents their full-length structural characterisation at high resolution. Here, we describe purification of full-length recombinant metastable helical nucleocapsid of Hantaan virus ( family, order) and determine its structure at 3.3 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the mechanisms of helical multimerisation via sub-domain exchanges between protomers and highlights nucleotide positions in a continuous positively charged groove compatible with viral genome binding. It uncovers key sites for future structure-based design of antivirals that are currently lacking to counteract life-threatening hantavirus infections. The structure also suggests a model of nucleoprotein-polymerase interaction that would enable replication and transcription solely upon local disruption of the nucleocapsid. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i2n.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i2n.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i2n_validation.pdf.gz | 970.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i2n_full_validation.pdf.gz | 970.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6i2n_validation.xml.gz | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i2n_validation.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 7
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: A poly-U has been built but the RNA corresponds to heterogeneous insect cell RNA that bind to nucleoproteins during expression. 由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞株: SF21 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48262.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hantaan orthohantavirus (ウイルス) Variant: KHF / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P05133 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: SF21 / プラスミド: pFastBac | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K 詳細: 3 ul of sample were applied on the resulting glow-discharged grids and excess solution was blotted during 2.5 sec force 7 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 46860 X / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4328 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 28 / 利用したフレーム数/画像: 3-18 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -99.95 ° / 軸方向距離/サブユニット: 18.87 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 168709 詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 ...詳細: Straight HTNV-NC were manually picked and computationally cut with an inter-box distance of 38 A along the helical axis into overlapping boxes of 400*400 pixels, resulting in 168,709 extracted segments. 2D classification was used to eliminate bad quality filaments. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105665 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 103 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL 詳細: Fiber model was iteratively rebuilt and all-atom refined using stereochemical and NCS restraints | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5FSG Accession code: 5FSG / Pdb chain residue range: 113-429 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |