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- PDB-6exn: Post-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6exn
タイトルPost-catalytic P complex spliceosome with 3' splice site docked
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 18
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • Intron lariat: UBC4 RNA
  • Ligated exons: UBC4 mRNA
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Unassigned structure
キーワードSPLICING / Spliceosome / P-complex / Exon ligation
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / nuclear mRNA surveillance ...U2-type post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / spliceosomal complex disassembly / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / pre-mRNA 3'-splice site binding / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / nuclear mRNA surveillance / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / splicing factor binding / snRNP binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U1 snRNP / U2 snRNP / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / poly(U) RNA binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / precatalytic spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / Dual incision in TC-NER / DNA replication origin binding / U5 snRNP / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / protein K63-linked ubiquitination / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of cell cycle / nuclear periphery / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / GTP binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Binding Protein, Prp18; Chain A / Functional domain of the splicing factor Prp18 / Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Saf4/Yju2 protein / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 ...RNA Binding Protein, Prp18; Chain A / Functional domain of the splicing factor Prp18 / Prp18 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Prp18 domain / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Saf4/Yju2 protein / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 domain / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA splicing Prp18-interacting factor / DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / : / : / cwf21 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / : / : / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / PRP39 N-terminal HAT repeat / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Small nuclear ribonucleoprotein E / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP22 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP22 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Splicing factor YJU2 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor 18 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Fica, S.M. / Galej, W.P. / Norman, C.M. / Newman, A.J. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilSPLICE3D 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Postcatalytic spliceosome structure reveals mechanism of 3'-splice site selection.
著者: Max E Wilkinson / Sebastian M Fica / Wojciech P Galej / Christine M Norman / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai /
要旨: Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during ...Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during exon ligation has remained unclear. Here we present the 3.7-angstrom cryo-electron microscopy structure of the yeast P-complex spliceosome immediately after exon ligation. The 3'-splice site AG dinucleotide is recognized through non-Watson-Crick pairing with the 5' splice site and the branch-point adenosine. After the branching reaction, protein factors work together to remodel the spliceosome and stabilize a conformation competent for 3'-splice site docking, thereby promoting exon ligation. The structure accounts for the strict conservation of the GU and AG dinucleotides at the 5' and 3' ends of introns and provides insight into the catalytic mechanism of exon ligation.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年1月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02018年1月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.02020年10月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12025年7月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / struct_ref
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_name

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-3979
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
A: Pre-mRNA-splicing factor Prp8
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
D: Pre-mRNA-splicing factor CWC16
E: Ligated exons: UBC4 mRNA
H: Pre-mRNA-splicing factor CWC22
I: Intron lariat: UBC4 RNA
J: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
K: Pre-mRNA-processing protein 45
L: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
M: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
N: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
O: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
P: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
S: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
T: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
V: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP22
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
X: Unassigned structure
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
a: Pre-mRNA-splicing factor Prp18
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
c: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
o: Pre-mRNA-processing factor Prp17
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
s: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
t: Pre-mRNA-processing factor Prp19
u: Pre-mRNA-processing factor Prp19
v: Pre-mRNA-processing factor Prp19
w: Pre-mRNA-processing factor Prp19
y: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,244,12756
ポリマ－2,242,46146
非ポリマー1,66510
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200780 Å2
ΔGint-1080 kcal/mol
Surface area402940 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 256EI

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: GenBank: 329136699
#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 57444.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: GenBank: 1039024057
#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: GenBank: 1039023280
#7: RNA鎖 Ligated exons: UBC4 mRNA


分子量: 12523.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
発現宿主: Transcription vector pUC18-pES2 (その他)
#9: RNA鎖 Intron lariat: UBC4 RNA


分子量: 30200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
発現宿主: Transcription vector pUC18-pES2 (その他) / 参照: GenBank: 329136699

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 18種, 18分子 ACDHJLMNOPRSTVacsy

#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor Prp8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334
#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC16


分子量: 32371.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28320
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Complexed with CEF1 protein 22


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated ...Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated complex protein 50 / Pre-mRNA-processing protein 46


分子量: 50801.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31 / Complexed with CEF1 protein 14


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337
#13: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40 / Synthetic lethal with CLF1 protein 3


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046
#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2 / Synthetic lethality with U2 protein 11


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241
#15: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85 / PRP19-associated complex protein 85


分子量: 67829.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Complexed with CEF1 protein 15


分子量: 19970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Complexed with CEF1 protein 21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77 / Synthetic lethal with CDC40 protein 3


分子量: 82560.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / PRP19-associated complex protein 90 / Synthetic lethal with CDC40 protein 1


分子量: 100356.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP22


分子量: 130187.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P24384, RNA helicase
#24: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor Prp18


分子量: 28414.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33411
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLU7 / Synthetic lethal with U2 snRNA protein 17 / Synthetic lethal with U5 snRNA protein 7


分子量: 44722.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02775
#34: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / PRP19-associated complex protein 25 / Synergistic to PRP19 mutation protein 309


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091
#36: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / PRP19 complex protein 31 / Synthetic lethal with CDC40 protein 2


分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277

-
タンパク質 , 3種, 4分子 KXbk

#11: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004
#22: タンパク質 Unassigned structure


分子量: 8102.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#21: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08963
#23: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40567

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 dnepfqgrhljm

#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260
#32: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 otuvw

#33: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor Prp17 / Cell division control protein 40


分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968
#35: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor Prp19 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32523, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
非ポリマー , 4種, 10分子

#37: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#39: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1P complex spliceosome with 3' exon dockedCOMPLEXP complex was assembled in vitro in splicing extract supplemented with dominant negative mutant Prp22 protein. P complex was purified via MS2-MBP fusion protein bound to 3 MS2 hairpin loops on the mRNA.#1-#360MULTIPLE SOURCES
2P complex spliceosomeCOMPLEX#1-#6, #8, #10-#361NATURAL
33' exonCOMPLEX#7, #91RECOMBINANT
分子量値: 2.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
33Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)生物種: Transcription vector pUC18-pES2 (その他)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES.KOH pH 7.91
275 mMPotassium chlorideKCl1
30.25 mMEDTA1
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2295
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当patched version
12RELION2.1３次元再構成patched version
13PHENIXdev-2919モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 206529
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48617 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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