+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e9x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DHF91 filament | ||||||
![]() | DHF91 filament | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Protein design / filament | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
![]() | Lynch, E.M. / Shen, H. / Fallas, J.A. / Kollman, J.M. / Baker, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: De novo design of self-assembling helical protein filaments. 著者: Hao Shen / Jorge A Fallas / Eric Lynch / William Sheffler / Bradley Parry / Nicholas Jannetty / Justin Decarreau / Michael Wagenbach / Juan Jesus Vicente / Jiajun Chen / Lei Wang / Quinton ...著者: Hao Shen / Jorge A Fallas / Eric Lynch / William Sheffler / Bradley Parry / Nicholas Jannetty / Justin Decarreau / Michael Wagenbach / Juan Jesus Vicente / Jiajun Chen / Lei Wang / Quinton Dowling / Gustav Oberdorfer / Lance Stewart / Linda Wordeman / James De Yoreo / Christine Jacobs-Wagner / Justin Kollman / David Baker / ![]() ![]() 要旨: We describe a general computational approach to designing self-assembling helical filaments from monomeric proteins and use this approach to design proteins that assemble into micrometer-scale ...We describe a general computational approach to designing self-assembling helical filaments from monomeric proteins and use this approach to design proteins that assemble into micrometer-scale filaments with a wide range of geometries in vivo and in vitro. Cryo-electron microscopy structures of six designs are close to the computational design models. The filament building blocks are idealized repeat proteins, and thus the diameter of the filaments can be systematically tuned by varying the number of repeat units. The assembly and disassembly of the filaments can be controlled by engineered anchor and capping units built from monomers lacking one of the interaction surfaces. The ability to generate dynamic, highly ordered structures that span micrometers from protein monomers opens up possibilities for the fabrication of new multiscale metamaterials. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 891.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9019MC ![]() 9016C ![]() 9017C ![]() 9018C ![]() 9020C ![]() 9021C ![]() 6e9rC ![]() 6e9tC ![]() 6e9vC ![]() 6e9yC ![]() 6e9zC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 7 / Rise per n subunits: 24.1338 Å / Rotation per n subunits: 50.1109 °) |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17830.607 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: DHF91 filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 50.1109 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24.1338 Å / らせん対称軸の対称性: C3 | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15670 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |