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- PDB-6s7q: Crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7q
タイトルCrystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase from Treponema denticola in complex with desmethyl-ergothioneine sulfonic acid
要素ergothionase
キーワードLYASE / ergothioneine degrading enzyme / TdETL / trimethlyammonium lyase / ergothioneine
機能・相同性ammonia-lyase activity / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Chem-KZ5 / Phenylalanine and histidine ammonia-lyase
機能・相同性情報
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Leisinger, F. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research CouncilERC-2013- StG 336559 スイス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Mechanism of Ergothionase from Treponema denticola.
著者: Maurer, A. / Leisinger, F. / Lim, D. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ergothionase
B: ergothionase
C: ergothionase
D: ergothionase
E: ergothionase
F: ergothionase
G: ergothionase
H: ergothionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,68016
ポリマ－445,5738
非ポリマー2,1068
水3,585199
1
A: ergothionase
B: ergothionase
C: ergothionase
D: ergothionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,8408
ポリマ－222,7874
非ポリマー1,0534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28040 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area55160 Å2
手法PISA
2
E: ergothionase
H: ergothionase
ヘテロ分子

F: ergothionase
G: ergothionase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,8408
ポリマ－222,7874
非ポリマー1,0534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area28580 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area55310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.758, 76.937, 174.842
Angle α, β, γ (deg.)88.560, 81.410, 79.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 498 / Label seq-ID: 1 - 497

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD
5chain EEE
6chain FFF
7chain GGG
8chain HHH

-
要素

#1: タンパク質
ergothionase


分子量: 55696.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9733_00339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2BPW8
#2: 化合物
ChemComp-KZ5 / (2~{S})-2-(dimethylamino)-3-(2-sulfo-1~{H}-imidazol-4-yl)propanoic acid


分子量: 263.271 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, PEG200, CaCl2, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979399 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.05 Å / Num. obs: 105530 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 365688 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.753.50.3791853053210.8760.2360.4482.398.2
14.79-49.053.30.04820936250.980.0330.05913.696.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gkm

1gkm


解像度: 2.7→49.05 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 5182 4.91 %
Rwork0.2257 --
obs0.2274 105499 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.78 Å2 / Biso mean: 25.367 Å2 / Biso min: 6.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31216 0 240 199 31655
Biso mean--29.85 18.48 -
残基数----3976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55343064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.15419480
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
12B19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
13C19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
14D19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
15E19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
16F19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
17G19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
18H19635X-RAY DIFFRACTION10.541TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.73070.35481550.28340098
2.7307-2.76280.28951560.2791328098
2.7628-2.79650.33391640.2781332798
2.7965-2.83190.35531630.2709337898
2.8319-2.86910.30231630.2696335698
2.8691-2.90840.32981850.2735327998
2.9084-2.950.32541730.2664340699
2.95-2.9940.33291920.2667323198
2.994-3.04080.30562090.2773328298
3.0408-3.09060.33471850.2744337299
3.0906-3.14390.27241710.2615329098
3.1439-3.20110.31211890.2638340799
3.2011-3.26260.31031860.2634327199
3.2626-3.32920.29431590.2532339899
3.3292-3.40160.30091660.2522329698
3.4016-3.48070.29871850.2375337099
3.4807-3.56770.2661850.2323329699
3.5677-3.66420.24941900.2118338299
3.6642-3.77190.23021610.206331899
3.7719-3.89360.2371760.205333799
3.8936-4.03270.231870.2072337199
4.0327-4.19410.21811670.189334699
4.1941-4.38490.2111630.1808333599
4.3849-4.61590.22511490.1856337899
4.6159-4.90490.2081720.185336399
4.9049-5.28320.2051780.1919332499
5.2832-5.81410.21271800.208338899
5.8141-6.65360.24221620.2227336499
6.6536-8.37610.21491780.1921339999
8.3761-490.18691330.1878337399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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