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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6crr | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of human enterovirus D68 full native virion (pH 7.2 and 4 degrees Celsius) | ||||||
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![]() | VIRUS / genome release / acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å | ||||||
![]() | Liu, Y. / Rossmann, M.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the acid-initiated uncoating of human enterovirus D68. 著者: Yue Liu / Ju Sheng / Arno L W van Vliet / Geeta Buda / Frank J M van Kuppeveld / Michael G Rossmann / ![]() ![]() 要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) belongs to a group of enteroviruses that contain a single positive-sense RNA genome surrounded by an icosahedral capsid. Like common cold viruses, EV-D68 mainly causes ...Enterovirus D68 (EV-D68) belongs to a group of enteroviruses that contain a single positive-sense RNA genome surrounded by an icosahedral capsid. Like common cold viruses, EV-D68 mainly causes respiratory infections and is acid-labile. The molecular mechanism by which the acid-sensitive EV-D68 virions uncoat and deliver their genome into a host cell is unknown. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we have determined the structures of the full native virion and an uncoating intermediate [the A (altered) particle] of EV-D68 at 2.2- and 2.7-Å resolution, respectively. These structures showed that acid treatment of EV-D68 leads to particle expansion, externalization of the viral protein VP1 N termini from the capsid interior, and formation of pores around the icosahedral twofold axes through which the viral RNA can exit. Moreover, because of the low stability of EV-D68, cryo-EM analyses of a mixed population of particles at neutral pH and following acid treatment demonstrated the involvement of multiple structural intermediates during virus uncoating. Among these, a previously undescribed state, the expanded 1 ("E1") particle, shows a majority of internal regions (e.g., the VP1 N termini) to be ordered as in the full native virion. Thus, the E1 particle acts as an intermediate in the transition from full native virions to A particles. Together, the present work delineates the pathway of EV-D68 uncoating and provides the molecular basis for the acid lability of EV-D68 and of the related common cold viruses. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7569MC ![]() 7567C ![]() 7571C ![]() 7572C ![]() 7583C ![]() 7589C ![]() 7592C ![]() 7593C ![]() 7598C ![]() 7599C ![]() 7600C ![]() 9053C ![]() 9054C ![]() 9055C ![]() 9056C ![]() 9057C ![]() 9058C ![]() 9059C ![]() 9060C ![]() 6crpC ![]() 6crsC ![]() 6cruC ![]() 6cs3C ![]() 6cs4C ![]() 6cs5C ![]() 6cs6C ![]() 6csaC ![]() 6csgC ![]() 6cshC ![]() 6mziC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32920.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 565-861 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27112.814 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 27567.135 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-317 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Enterovirus D68 / タイプ: VIRUS / 詳細: Viruses were grown in RD cells. / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: phosphate buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1767 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 3-20 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: On-the-fly CTF correction during 2D alignment and 3D reconstruction タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 264850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: A combination of the following approaches was used: (1) model rebuilding using Coot, (2) real space refinement using Phenix, (3) reciprocal space refinment using REFMAC5 (as in standard ...詳細: A combination of the following approaches was used: (1) model rebuilding using Coot, (2) real space refinement using Phenix, (3) reciprocal space refinment using REFMAC5 (as in standard crystallographic refinement). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 257.19 Å2 / Biso mean: 33.4766 Å2 / Biso min: 8.26 Å2 |