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- PDB-4n53: Human enterovirus 71 uncoating intermediate captured at atomic re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n53
タイトルHuman enterovirus 71 uncoating intermediate captured at atomic resolution
要素
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP2
  • Capsid protein VP3
  • Capsid protein VP4
キーワードVIRUS / hand-foot-and-mouth disease / human enterovirus 71 / virion / pocket factor / picornavirus / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / virion component / viral capsid ...: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / virion component / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #370 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3063 Å
データ登録者Chen, R. / Lyu, K.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Human enterovirus 71 uncoating captured at atomic resolution.
著者: Lyu, K. / Ding, J. / Han, J.F. / Zhang, Y. / Wu, X.Y. / He, Y.L. / Qin, C.F. / Chen, R.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6675
ポリマ－94,3674
非ポリマー2991
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,680,003300
ポリマ－5,662,033240
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 473 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,33425
ポリマ－471,83620
非ポリマー1,4975
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 568 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)568,00030
ポリマ－566,20324
非ポリマー1,7976
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP2
C: Capsid protein VP3
D: Capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.89 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,893,334100
ポリマ－1,887,34480
非ポリマー5,99020
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)591.375, 591.375, 591.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.7415, -0.5939, 0.312), (0.5685, 0.3093, -0.7623), (0.3563, 0.7427, 0.567)78.08, 128.2, -96.09
3generate(0.3274, -0.39, 0.8607), (0.3236, -0.8095, -0.4899), (0.8877, 0.4389, -0.1388)29.43, 285.7, -27.25
4generate(0.3287, 0.319, 0.8889), (-0.3951, -0.8085, 0.4362), (0.8578, -0.4946, -0.1397)-77.19, 254.8, 111.8
5generate(0.7418, 0.5655, 0.3604), (-0.5959, 0.3093, 0.7411), (0.3077, -0.7645, 0.5664)-96.18, 78.24, 128.4
6generate(0.03339, -0.7772, 0.6284), (-0.7736, -0.4182, -0.4762), (0.6329, -0.4702, -0.6152)160.6, 384.6, 210.2
7generate(-0.1883, 0.2065, 0.9602), (-0.9819, -0.01866, -0.1886), (-0.02102, -0.9783, 0.2062)2.892, 315.7, 258.7
8generate(0.3207, 0.8885, 0.3281), (-0.8064, 0.4379, -0.3976), (-0.4969, -0.1371, 0.8569)-77.62, 254.7, 111.7
9generate(0.859, 0.3272, -0.3937), (-0.4924, 0.3176, -0.8104), (-0.1401, 0.89, 0.4339)30.03, 286.2, -27.1
10generate(0.6812, -0.7013, -0.2101), (-0.4746, -0.2045, -0.8561), (0.5574, 0.6829, -0.4721)177.2, 365.4, 33.79
11generate(0.3123, 0.7459, -0.5883), (-0.7652, 0.5645, 0.3095), (0.563, 0.3536, 0.747)77.25, 128.5, -95.29
12generate(0.4426, -0.3932, -0.8059), (-0.1352, 0.8592, -0.4935), (0.8865, 0.3274, 0.3271)254.1, 111.4, -77.56
13generate(-0.1858, -0.9824, -0.01935), (0.2084, -0.02016, -0.9778), (0.9602, -0.1857, 0.2084)315.8, 258.6, 2.711
14generate(-0.7039, -0.2073, 0.6794), (-0.2067, -0.8553, -0.4751), (0.6796, -0.4748, 0.5592)177.2, 366.2, 34.19
15generate(-0.3964, 0.8584, 0.3256), (-0.8066, -0.495, 0.323), (0.4384, -0.1346, 0.8886)30.24, 285.8, -27.37
16generate(-0.8544, -0.4754, -0.2097), (0.4765, -0.556, -0.6811), (0.2072, -0.6819, 0.7015)70.69, 261.5, 118.6
17generate(-0.9781, 0.2072, -0.01804), (-0.2069, -0.9605, 0.186), (0.02121, 0.1857, 0.9824)-37.29, 292.9, -20.08
18generate(-0.6164, 0.6304, -0.4719), (-0.6315, -0.03788, 0.7744), (0.4703, 0.7754, 0.4215)-85.22, 135.8, -89.06
19generate(-0.2739, 0.2091, -0.9388), (-0.2113, 0.9392, 0.2708), (0.9383, 0.2725, -0.2131)-6.836, 7.089, 7.126
20generate(-0.4181, -0.468, -0.7786), (0.4738, 0.619, -0.6264), (0.7751, -0.6308, -0.0371)88.59, 84.61, 135.8
詳細The asymmetric unit contains 20 copies of the protomer. Each protomer consists of one copy each of VP1, VP2, VP3 and VP4. The biological assembly contains 60 copies of the protomer.

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 32699.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated in Fuyang, Anhui in 2008, grow in RD cells / 由来: (天然) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
株: clinical C4 strain, AH08/06, GenBank accession no. HQ611148
参照: UniProt: S5QA87
#2: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 27726.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated in Fuyang, Anhui in 2008, grow in RD cells / 由来: (天然) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
株: clinical C4 strain, AH08/06, GenBank accession no. HQ611148
参照: UniProt: S4VM80
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 26440.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated in Fuyang, Anhui in 2008, grow in RD cells / 由来: (天然) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
株: clinical C4 strain, AH08/06, GenBank accession no. HQ611148
参照: UniProt: S5ZCI0
#4: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated in Fuyang, Anhui in 2008, grow in RD cells / 由来: (天然) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
株: clinical C4 strain, AH08/06, GenBank accession no. HQ611148
参照: UniProt: S6C3M9
#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium Acetate containing 3.5M Sodium Formate, pH 4.5, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.306→48.286 Å / Num. all: 505463 / Num. obs: 314499 / % possible obs: 62.22 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Χ2: 2.289 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.306-3.381.20.7010.93154901.32946.2
3.38-3.461.20.5751.17152941.35745.5
3.46-3.551.20.5081.4150901.48744.9
3.55-3.661.20.4071.77152421.53245.5
3.66-3.781.20.3392.23156651.67146.6
3.78-3.911.20.342.41166981.76449.7
3.91-4.071.30.2942.79180121.97753.5
4.07-4.251.30.2743.32196502.32558.5
4.25-4.481.40.2464.25213172.64863.3
4.48-4.761.50.2414.6231332.8568.8
4.76-5.131.60.2394.76255382.72775.6
5.13-5.641.70.2324.63275642.22781.7
5.64-6.461.80.2084.97289601.90385.8
6.46-8.131.90.1846.17291922.10586.2
8.13-5020.1439.74277582.84680.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D4M

1d4m


解像度: 3.3063→48.286 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 2011 -RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.2282 505463 --
obs0.2282 314499 62.22 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.42 Å2 / Biso mean: 50.47 Å2 / Biso min: 0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3063→48.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6515 0 21 0 6536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfond length0.003
X-RAY DIFFRACTIONfond angle0.728
X-RAY DIFFRACTIONfhirality0.029
X-RAY DIFFRACTIONflanarity0.004
X-RAY DIFFRACTIONfihedral13.125
LS精密化 シェル解像度: 3.3063→3.389 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3504 107
Rwork0.323 -
obs-16521

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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