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- PDB-4qpg: Crystal structure of empty hepatitis A virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qpg
タイトルCrystal structure of empty hepatitis A virus
要素
  • Capsid protein VP0
  • Capsid protein VP1
  • Capsid protein VP3
キーワードVIRUS / evolution / insect picorna-like viruses / ICOSAHEDRAL / domain swap / beta-barrel / PICORNAVIRUS / pathogen / Liver
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host multivesicular body / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host multivesicular body / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human hepatitis A virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang, X. / Ren, J. / Gao, Q. / Hu, Z. / Sun, Y. / Li, X. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. / Stuart, D.I. ...Wang, X. / Ren, J. / Gao, Q. / Hu, Z. / Sun, Y. / Li, X. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Rao, Z. / Fry, E.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Hepatitis A virus and the origins of picornaviruses.
著者: Wang, X. / Ren, J. / Gao, Q. / Hu, Z. / Sun, Y. / Li, X. / Rowlands, D.J. / Yin, W. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Rao, Z. / Fry, E.E.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1807
ポリマ－75,9173
非ポリマー2634
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,570,806420
ポリマ－4,555,025180
非ポリマー15,782240
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 381 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,90135
ポリマ－379,58515
非ポリマー1,31520
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 457 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)457,08142
ポリマ－455,50218
非ポリマー1,57824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP0
C: Capsid protein VP3
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.29 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,285,403210
ポリマ－2,277,51290
非ポリマー7,891120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)366.114, 442.914, 289.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5613, -0.2494, -0.7891), (0.751, 0.5542, 0.359), (0.3478, -0.7941, 0.4984)60.05, 97.26, 179.5
3generate(-0.141, 0.3509, -0.9257), (0.9636, -0.1658, -0.2096), (-0.227, -0.9216, -0.3148)-72.15, 260.3, 212.9
4generate(-0.133, 0.9638, -0.2311), (0.349, -0.1727, -0.9211), (-0.9276, -0.2032, -0.3134)-211.5, 265.5, 53.51
5generate(0.5648, 0.7508, 0.3424), (-0.2509, 0.5515, -0.7955), (-0.7862, 0.3634, 0.4999)-168.2, 104, -77.46
6generate(-0.4994, -0.4866, -0.7168), (0.515, 0.4987, -0.6972), (0.6967, -0.7173, 0.001543)112.1, 115.5, 164.6
7generate(-0.8949, 0.4242, -0.1388), (0.4218, 0.7019, -0.574), (-0.1461, -0.5722, -0.807)-93.78, 69.73, 137
8generate(-0.237, 0.571, 0.786), (0.571, 0.7364, -0.3628), (-0.786, 0.3628, -0.5006)-131.7, 60.84, -71.3
9generate(0.5648, -0.2485, 0.7869), (0.7511, 0.5498, -0.3655), (-0.3418, 0.7975, 0.4972)50.09, 102.2, -173
10generate(0.403, -0.9038, -0.1438), (0.7104, 0.408, -0.5735), (0.577, 0.129, 0.8065)201.2, 134.8, -26.77
11generate(-0.4996, 0.5127, 0.6983), (-0.4868, 0.5006, -0.7158), (-0.7166, -0.6975, -0.000474)-117.8, 114.9, 160.6
12generate(0.3453, -0.1445, 0.9273), (-0.1478, 0.9674, 0.2058), (-0.9268, -0.2081, 0.3127)26.91, 5.953, 49.85
13generate(0.4042, -0.904, 0.1396), (0.7125, 0.4068, 0.5717), (-0.5736, -0.1316, 0.8085)199.8, 127.7, 29.91
14generate(-0.4026, -0.7134, -0.5736), (0.9039, -0.4089, -0.1258), (-0.1448, -0.5691, 0.8094)161.4, 312.5, 127
15generate(-0.9602, 0.1616, -0.2278), (0.1602, -0.3495, -0.9231), (-0.2288, -0.9229, 0.3097)-34.84, 304.3, 208.6
16generate(-0.8928, 0.4278, 0.1411), (0.4266, 0.7025, 0.5697), (0.1446, 0.5688, -0.8097)-95.34, 62.61, -114.8
17generate(-0.1356, 0.3451, 0.9287), (0.964, -0.1705, 0.2041), (0.2287, 0.9229, -0.3096)-81.96, 258.4, -196.6
18generate(0.4986, -0.5134, 0.6984), (0.4882, -0.4994, -0.7157), (0.7162, 0.6979, 0.001678)109.2, 336.5, -148.7
19generate(0.138, -0.963, -0.2314), (-0.3495, 0.1712, -0.9212), (0.9267, 0.208, -0.313)214.8, 188.6, -37.75
20generate(-0.7236, -0.3828, -0.5743), (-0.3847, 0.9146, -0.1249), (0.573, 0.1305, -0.8091)88.28, 19.31, -17.64
21generate(0.7642, 0.5488, 0.3389), (0.5424, -0.2626, -0.798), (-0.349, 0.7936, -0.4983)-122.9, 284.7, -167.4
22generate(0.9606, -0.1589, -0.228), (-0.1604, 0.3532, -0.9217), (0.227, 0.922, 0.3138)36.85, 149.4, -200.8
23generate(0.3428, -0.148, -0.9277), (-0.1436, 0.9677, -0.2074), (0.9284, 0.2043, 0.3104)38.41, 8.845, -41.27
24generate(-0.237, 0.571, -0.786), (0.5722, 0.7359, 0.3621), (0.7851, -0.3639, -0.5012)-121.9, 56.61, 89.69
25generate(0.02659, 0.9996, -0.001041), (0.9996, -0.02659, -0.000731), (-0.000759, -0.001021, -1)-221.2, 227.5, 12.21
26generate(-0.3981, -0.7143, 0.5755), (0.9058, -0.4052, 0.1237), (0.1449, 0.5706, 0.8084)154.7, 311.1, -124.9
27generate(-0.562, -0.7537, 0.3407), (0.2514, -0.5481, -0.7977), (0.788, -0.3627, 0.4975)164.9, 348.4, 83.86
28generate(-0.767, -0.5438, 0.3406), (-0.5426, 0.2664, -0.7966), (0.3424, -0.7958, -0.4994)118.3, 167.8, 185.1
29generate(-0.7219, -0.384, 0.5756), (-0.384, 0.9144, 0.1283), (-0.5756, -0.1284, -0.8076)81.47, 18.06, 38.99
30generate(-0.4997, -0.4864, 0.7168), (0.5131, 0.5004, 0.6973), (-0.6979, 0.7162, -0.000503)103.3, 106.5, -152.5

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / HAV


分子量: 25258.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human hepatitis A virus (ウイルス) / 株: TZ84 / 参照: UniProt: Q8QXR6*PLUS
#2: タンパク質 Capsid protein VP0 / HAV


分子量: 22822.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human hepatitis A virus (ウイルス) / 株: TZ84 / 参照: UniProt: P08617*PLUS
#3: タンパク質 Capsid protein VP3 / HAV


分子量: 27835.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human hepatitis A virus (ウイルス) / 株: TZ84 / 参照: UniProt: P08617*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% MPD and 0.5 M ammonium sulphate as precipitants and 0.1 M HEPES-Na buffer at pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 404893 / % possible obs: 68 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 155.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.363 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 2925 / % possible all: 9.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FMD

1fmd


解像度: 3.5→49.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 13718776.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3880 1 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.264 396724 67.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 119.226 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 180.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3 Å20 Å2-0 Å2
2---24.59 Å2-0 Å2
3---30.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.64 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.89 Å0.96 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5356 0 12 0 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.676
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.1512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.238
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.6616
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 264 1 %
Rwork0.404 26357 -
obs--27.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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