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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ad0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of CVA10 mature virion in complex with Fab 2G8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / CVA10 / immune complex / neutralizing antibody / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Zhu, R. / Zheng, Q.B. / Xu, L.F. / Cui, Y.X. / Li, S.W. / Yan, X.D. / Zhou, Z.H. / Cheng, T. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery and structural characterization of a therapeutic antibody against coxsackievirus A10. 著者: Rui Zhu / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Yanxiang Cui / Shaowei Li / Maozhou He / Zhichao Yin / Dongxiao Liu / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Che Liu / Zhibo ...著者: Rui Zhu / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Yanxiang Cui / Shaowei Li / Maozhou He / Zhichao Yin / Dongxiao Liu / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Che Liu / Zhibo Kong / Jun Zhang / Timothy S Baker / Xiaodong Yan / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Ningshao Xia / ![]() ![]() 要旨: Coxsackievirus A10 (CVA10) recently emerged as a major pathogen of hand, foot, and mouth disease and herpangina in children worldwide, and lack of a vaccine or a cure against CVA10 infections has ...Coxsackievirus A10 (CVA10) recently emerged as a major pathogen of hand, foot, and mouth disease and herpangina in children worldwide, and lack of a vaccine or a cure against CVA10 infections has made therapeutic antibody identification a public health priority. By targeting a local isolate, CVA10-FJ-01, we obtained a potent antibody, 2G8, against all three capsid forms of CVA10. We show that 2G8 exhibited both 100% preventive and 100% therapeutic efficacy against CVA10 infection in mice. Comparisons of the near-atomic cryo-electron microscopy structures of the three forms of CVA10 capsid and their complexes with 2G8 Fab reveal that a single Fab binds a border region across the three capsid proteins (VP1 to VP3) and explain 2G8's remarkable cross-reactivities against all three capsid forms. The atomic structures of this first neutralizing antibody of CVA10 should inform strategies for designing vaccines and therapeutics against CVA10 infections. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9604MC ![]() 9600C ![]() 9601C ![]() 9602C ![]() 9603C ![]() 9605C ![]() 9606C ![]() 6acuC ![]() 6acwC ![]() 6acyC ![]() 6aczC ![]() 6ad1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#3: タンパク質 | 分子量: 33159.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1V0FT21 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27808.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1V0FT21 |
#5: タンパク質 | 分子量: 26129.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1V0FT21 |
#6: タンパク質 | 分子量: 7464.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q75Q92, UniProt: A0A1V0FT21*PLUS |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 12391.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13149.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/SPH.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-SPH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CVA10 mature virion in complex with Fab 2G8 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36555 / 対称性のタイプ: POINT |