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- PDB-6zbo: HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in Complex with 1-(6-morpho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbo
タイトルHIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in Complex with 1-(6-morpholinopyrimidin-4-yl)-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-5-ol (Molidustat)
要素Egl nine homolog 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHD2 / Inhibitor / Complex / Molidustat / HIF
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / regulation of modification of postsynaptic structure / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / negative regulation of hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / peptidyl-proline dioxygenase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / regulation of modification of postsynaptic structure / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue morphogenesis / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / regulation of neuron apoptotic process / enzyme inhibitor activity / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QEQ / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Nakashima, Y. / Holt-Martyn, J.P. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Prolyl Hydroxylase Domain Inhibition by Molidustat.
著者: Figg Jr., W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Zhang, Z. / Holt-Martyn, J.P. / Krajnc, A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年12月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Egl nine homolog 1
C: Egl nine homolog 1
D: Egl nine homolog 1
E: Egl nine homolog 1
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,46631
ポリマ－152,7906
非ポリマー2,67625
水11,205622
1
A: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9416
ポリマ－25,4651
非ポリマー4765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9055
ポリマ－25,4651
非ポリマー4404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8704
ポリマ－25,4651
非ポリマー4053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9055
ポリマ－25,4651
非ポリマー4404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9055
ポリマ－25,4651
非ポリマー4404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Egl nine homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9416
ポリマ－25,4651
非ポリマー4765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.119, 75.151, 127.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HIF-PH2 / HIF-prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 25464.955 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-QEQ / 2-(6-morpholin-4-ylpyrimidin-4-yl)-4-(1,2,3-triazol-1-yl)pyrazol-3-ol / 1-(6-morpholinopyrimidin-4-yl)-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-5-ol


分子量: 314.303 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Potassium thiocyanate pH 7, 21% PEG 3350, Sitting drop (300 nL), protein-to-well ratio 2:1, 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→63.13 Å / Num. obs: 134388 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.96 Å2 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 937925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.79-1.827.11.14654865330.5651.52197.1
4.86-63.177.249.55082670140.0140.03799.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.89 Å63.13 Å
Translation4.89 Å63.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
xia20.5.900データ削減
DIALS1.14.11データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
Coot0.9.3モデル構築
MolProbityモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HQR

3hqr


解像度: 1.79→53.71 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 6820 5.09 %
Rwork0.1804 127164 -
obs0.1817 133984 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147 Å2 / Biso mean: 58.0728 Å2 / Biso min: 27.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→53.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9467 0 241 625 10333
Biso mean--46.19 49.29 -
残基数----1206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.79-1.810.40242200.3994076429696
1.81-1.830.36692320.36244175440797
1.83-1.850.30742300.32914136436697
1.85-1.880.30592320.29934214444697
1.88-1.90.25842100.28274093430397
1.9-1.930.3022210.26484259448097
1.93-1.960.27262020.2514156435897
1.96-1.990.24982170.23144197441497
1.99-2.020.23432220.22184187440998
2.02-2.050.25422150.22554218443398
2.05-2.080.27852310.22574196442798
2.08-2.120.25452500.2224172442298
2.12-2.160.2382330.21664179441298
2.16-2.210.25332250.21144290451598
2.21-2.260.21752140.19724199441398
2.26-2.310.23322250.18474215444098
2.31-2.370.18582760.17654173444999
2.37-2.430.19462630.17644259452299
2.43-2.50.24242180.17794294451299
2.5-2.580.24672270.18434224445199
2.58-2.670.24442110.19434309452099
2.67-2.780.23782140.1974287450199
2.78-2.910.23071900.19424322451299
2.91-3.060.21812360.18844262449899
3.06-3.250.23112530.18154282453599
3.25-3.50.20232020.18294352455499
3.5-3.860.19042400.16614318455899
3.86-4.410.14231960.136843694565100
4.41-5.560.14672450.132243504595100
5.56-53.710.21272700.18774401467199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.863-4.59622.41087.0515-3.50427.11790.19560.55240.5477-0.6756-0.1822-0.7417-0.28390.431800.3967-0.02080.09520.33280.03190.32736.6556-1.030728.8601
28.38164.0291-4.95883.357-3.47053.8598-0.2309-0.4987-0.990.8857-0.0165-1.62110.09090.81950.25130.56990.0833-0.2060.4957-0.09310.6946.7204-8.506648.9429
36.61041.68032.40211.5673-1.986.6799-0.3609-0.573-0.38770.30750.2783-0.42250.81030.36870.05850.83450.1914-0.01310.4657-0.03180.351337.8515-9.86356.9307
42.4060.05060.47134.14840.32191.84730.01760.02360.22790.20470.0422-0.1009-0.09520.0723-0.05510.3611-0.00070.00860.2685-0.00130.290830.549-5.303641.2463
56.92081.95425.10215.69033.04898.0261-0.09410.1251-0.5234-0.03760.3247-0.5398-0.22860.2002-0.26340.3777-0.00010.05250.2893-0.00530.34335.2763-18.432832.858
63.0842-0.8140.17944.56910.32970.74330.00110.1039-0.16960.26360.1949-0.08360.02310.1161-0.19550.37370.0082-0.02930.3138-0.02560.299932.6231-12.514637.8259
78.86712.9801-8.27216.5867-5.14328.82080.2617-0.61210.57010.5389-0.04150.9430.06630.2414-0.22550.52390.01870.11370.3691-0.00180.500413.80951.369547.6684
83.49440.4037-3.49953.33832.37036.22280.4014-1.04420.03140.8629-0.175-0.37540.09740.7753-0.18570.6793-0.1629-0.09580.5434-0.05410.409532.7817-42.310957.458
92.8765-2.31250.75176.6869-1.39394.0966-0.02130.2845-0.2548-0.1842-0.0681-0.34120.30250.24550.1620.4340.0155-0.05090.2862-0.00340.428733.3752-57.696439.8637
102.98570.6421-0.16813.0313-0.49512.13340.2002-0.3387-0.00530.3529-0.05590.0637-0.0391-0.0323-0.15060.4162-0.0188-0.04880.2939-0.02140.33923.7455-47.280146.9822
115.3124-2.726-3.40533.80572.39225.54220.26990.1326-0.04170.0923-0.1915-0.3222-0.43950.2722-0.12070.428-0.0425-0.04390.29840.01050.451632.9913-35.632840.2501
123.3861-1.4722-0.99254.2819-0.02781.66010.00220.10570.11750.1694-0.0544-0.1647-0.1482-0.02180.04290.4069-0.0192-0.03660.2852-0.01560.371429.1838-39.147842.3686
137.1197-0.8216-1.72951.5090.1610.78260.02250.0293-0.08560.21210.00410.36460.0501-0.1736-0.0170.4525-0.00840.01280.31160.01570.447513.6324-50.682746.3895
143.08793.26462.94866.89494.88064.08990.25780.8718-0.2004-0.4089-0.22240.64920.3025-0.6721-0.13510.6128-0.065-0.13960.7891-0.04980.5488-8.6948-49.658819.3415
152.2181-0.1125-0.4522.4331-0.41565.7883-0.1215-0.0601-0.21180.3740.00850.64120.2502-0.54830.13120.3756-0.06190.07130.39260.04960.63-14.4078-49.351141.5536
164.2738-1.9802-1.32096.9421.25513.55530.01960.2552-0.06090.00590.00570.19760.2088-0.0338-0.0090.2617-0.023-0.030.27340.03210.3194-1.6758-45.337935.4548
174.8514-0.6274-2.90575.76931.59765.4488-0.08070.62910.36760.55370.50371.87270.0256-1.3471-0.50820.41460.0736-0.03410.71240.07720.9131-17.6029-33.123936.9928
181.96510.3287-0.23894.9933-1.42022.45310.00340.15120.1454-0.08710.11490.3502-0.0359-0.1488-0.0990.2167-0.0167-0.03350.31380.0310.4049-4.9743-38.805132.2186
192.655-3.6531.88247.8372-1.46792.20420.0546-0.19070.06630.19-0.2655-0.24660.1145-0.59870.01770.4343-0.00670.00330.43860.00940.536412.7916-56.351738.1926
207.04021.02095.64158.85756.97418.9372-0.009-0.8627-0.28030.29930.08580.4114-0.1182-0.5947-0.21520.7842-0.04790.30250.55920.10310.6318-4.9695-18.262367.869
217.2799-1.0417-0.65260.39750.9584.11590.1358-0.4959-0.6120.45580.11340.56760.3297-0.3468-0.22030.5674-0.08830.14260.3830.11080.6717-3.3084-19.949858.6035
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234.41920.79090.21254.6414-2.10894.2987-0.37320.21580.8920.03390.07820.6579-0.4178-0.15340.41350.67120.0410.1530.40620.02920.909-1.61235.458447.3631
242.18160.55590.33452.36040.58873.75510.1806-0.28970.05280.5575-0.05930.2542-0.2981-0.0964-0.16110.6131-0.0210.23440.358-0.00920.56162.4799-8.310759.8961
253.2218-0.35450.68522.42690.03192.0860.06220.05470.03710.05050.05310.7118-0.1992-0.374-0.07470.37390.02620.13310.3040.06380.5504-1.9147-12.302444.9865
266.9066-5.8542-0.17256.85291.81138.44390.1286-0.12270.53031.05440.0081-0.8170.5744-0.083-0.10040.4516-0.0097-0.01090.2790.01520.60131.6738-26.200944.734
274.0384-1.2491.55784.1037-1.09555.03240.17470.1138-0.10790.1183-0.09050.50940.0134-0.2694-0.10290.3585-0.01480.08950.22920.00880.51-2.5054-16.426646.9563
286.9017-0.3130.67232.01280.01350.99910.10010.0102-0.27310.49140.01510.2827-0.28380.062-0.06480.5682-0.02590.1120.3377-0.01420.407312.6756-7.254853.7364
293.59780.72371.3012.17850.26323.57210.11390.1090.5892-0.13410.08990.695-0.3845-0.6616-0.19220.59120.1082-0.08360.61290.29860.8453-8.7234-6.565113.0333
308.8944-1.35071.68464.6417-3.08635.2088-0.45390.67890.45340.1154-0.15560.14340.34150.1510.47420.7612-0.0335-0.21890.67970.00960.527-7.7271-22.23532.3129
315.10190.62573.21891.42622.41266.3916-0.05230.33030.5591-0.68320.17760.1068-0.66720.0252-0.01590.74290.0007-0.10840.60130.32710.63820.3806-5.53256.0672
322.41441.1856-0.72051.88390.15821.8936-0.08370.23830.2164-0.27210.13720.583-0.0369-0.3152-0.07650.45990.0372-0.13290.50380.17790.5732-4.6793-19.021417.2316
339.45063.86595.17237.98854.26833.9224-0.2498-0.05570.56730.53410.16790.6149-0.85410.2310.00510.44290.0113-0.03590.42520.14240.49052.8924-12.984129.4007
342.62171.13450.66432.59840.3042.74220.018-0.04340.3139-0.0450.23670.4406-0.0607-0.3478-0.23430.42910.0498-0.08740.46820.17550.5562-2.6153-15.055418.1392
356.9038-5.5436-0.46489.51710.05430.81660.16080.4476-0.2833-0.3946-0.09681.0628-0.00720.4993-0.15040.6711-0.0560.03550.73030.08050.472417.2488-16.1223.3702
367.78984.48152.59753.8745-0.81745.03620.03350.6601-1.6528-0.0248-0.0227-1.22660.50890.73760.020.7250.0195-0.04950.55-0.22070.729325.1133-47.02288.6396
373.53973.1408-3.26816.2806-3.44456.5635-0.37851.1073-0.4618-0.74280.5639-0.97940.09260.8438-0.13350.5381-0.10640.07851.078-0.21180.477638.7605-31.84945.3614
381.5809-1.4267-1.14795.1762-1.74264.3582-0.19081.13430.0327-0.94270.2983-0.3532-0.19940.7896-0.0770.7011-0.10850.07830.9654-0.0920.337430.5567-27.6333-0.0593
393.62710.32150.5942.6354-0.16911.415-0.01250.5683-0.2245-0.41530.10760.1494-0.04410.0602-0.11550.4559-0.0323-0.01930.4941-0.0470.26822.6841-29.483310.5392
402.1561-3.1885-0.14338.45060.69197.45930.01470.6670.1189-1.07560.119-0.6222-0.20641.5035-0.07840.3942-0.05880.01140.7676-0.08790.512541.4893-29.77818.1466
414.79544.6028-6.68294.7316-6.62879.4972-0.09990.63890.2366-0.50670.38970.85060.657-0.4543-0.21770.4007-0.0214-0.03740.3572-0.03150.337122.7754-36.75424.9704
424.84441.02930.87883.82080.8963.5456-0.09890.3441-0.2127-0.28610.1654-0.11730.06640.3447-0.03880.4406-0.020.02720.4337-0.05840.281628.2018-31.167914.4924
435.185-5.32116.02285.5777-6.42977.7111-0.15140.4428-0.5346-0.10210.52310.55760.2577-0.8048-0.28140.5447-0.0261-0.15910.78730.04960.46836.7673-25.35662.2349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 188 through 215 )A188 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 230 )A216 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 231 through 266 )A231 - 266
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 329 )A267 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 330 through 353 )A330 - 353
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 354 through 392 )A354 - 392
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 393 through 407 )A393 - 407
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 183 through 215 )B183 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 216 through 266 )B216 - 266
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 267 through 329 )B267 - 329
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 330 through 353 )B330 - 353
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 354 through 382 )B354 - 382
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 383 through 407 )B383 - 407
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 189 through 205 )C189 - 205
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 206 through 282 )C206 - 282
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 283 through 329 )C283 - 329
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 330 through 342 )C330 - 342
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 343 through 392 )C343 - 392
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 393 through 405 )C393 - 405
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 188 through 197 )D188 - 197
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 198 through 215 )D198 - 215
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 216 through 230 )D216 - 230
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 231 through 266 )D231 - 266
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 267 through 303 )D267 - 303
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 304 through 342 )D304 - 342
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 343 through 353 )D343 - 353
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 354 through 382 )D354 - 382
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 383 through 405 )D383 - 405
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 189 through 230 )E189 - 230
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 231 through 266 )E231 - 266
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 267 through 297 )E267 - 297
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 298 through 342 )E298 - 342
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 343 through 353 )E343 - 353
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 354 through 392 )E354 - 392
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 393 through 405 )E393 - 405
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 189 through 205 )F189 - 205
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 206 through 229 )F206 - 229
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 230 through 282 )F230 - 282
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 283 through 329 )F283 - 329
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 330 through 342 )F330 - 342
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 343 through 353 )F343 - 353
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 354 through 392 )F354 - 392
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 393 through 405 )F393 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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