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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qmu | ||||||
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タイトル | A tetrahedral boronic acid diester formed by a non-natural amino acid in the ligand pocket of an engineered lipocalin | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / BETA-BARREL / P-BORONOPHENYLALANINE / LIPOCALIN / STREP-TAG / SUGAR | ||||||
機能・相同性 | ![]() Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Skerra, A. / Eichinger, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Tetrahedral Boronic Acid Diester Formed by an Unnatural Amino Acid in the Ligand Pocket of an Engineered Lipocalin. 著者: Sommer, C.A. / Eichinger, A. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 131.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5mhhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 188 / Label seq-ID: 5 - 188
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21870.545 Da / 分子数: 2 / 変異: L36T2C Y52F K125W K134N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 179-188 correspond to the Strep-tag, which was used for affinity purification. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 / 詳細: Si mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.975→66.889 Å / Num. obs: 26302 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5MHH 解像度: 1.98→66.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.2709 / WRfactor Rwork: 0.2079 / FOM work R set: 0.8275 / SU B: 9.011 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.2114 / SU Rfree: 0.1947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.99 Å2 / Biso mean: 35.922 Å2 / Biso min: 21.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→66.89 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 5805 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.975→2.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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