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- PDB-6qmu: A tetrahedral boronic acid diester formed by a non-natural amino ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qmu
タイトルA tetrahedral boronic acid diester formed by a non-natural amino acid in the ligand pocket of an engineered lipocalin
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA-BARREL / P-BORONOPHENYLALANINE / LIPOCALIN / STREP-TAG / SUGAR
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-nitrophenol / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK2062 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: A Tetrahedral Boronic Acid Diester Formed by an Unnatural Amino Acid in the Ligand Pocket of an Engineered Lipocalin.
著者: Sommer, C.A. / Eichinger, A. / Skerra, A.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0194
ポリマ－43,7412
非ポリマー2782
水1,72996
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0102
ポリマ－21,8711
非ポリマー1391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0102
ポリマ－21,8711
非ポリマー1391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.486, 44.150, 92.167
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 133.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 188 / Label seq-ID: 5 - 188

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin / p25


分子量: 21870.545 Da / 分子数: 2 / 変異: L36T2C Y52F K125W K134N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 179-188 correspond to the Strep-tag, which was used for affinity purification.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188
#2: 化合物 ChemComp-ZCQ / 3-nitrophenol


分子量: 139.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 / 詳細: Si mirror
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.975→66.889 Å / Num. obs: 26302 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.071 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.98-2.0860.312.438590.1350.3390.3198.8
2.08-2.215.80.2353.136130.1040.2580.23597.4
2.21-2.365.70.1883.833380.0840.2070.18896.2
2.36-2.5560.1464.932050.0640.160.14698.7
2.55-2.795.40.1126.228480.0510.1230.11295.9
2.79-3.1260.0798.126990.0350.0870.07998.7
3.12-3.615.80.0629.523160.0280.0680.06297
3.61-4.426.10.04912.120090.0220.0540.04997.7
4.42-6.255.70.04512.115360.020.0490.04596.8
6.25-66.8895.80.04211.18790.0190.0470.04296.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.51 Å66.89 Å
Translation5.51 Å66.89 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MHH

5mhh


解像度: 1.98→66.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.2709 / WRfactor Rwork: 0.2079 / FOM work R set: 0.8275 / SU B: 9.011 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.2114 / SU Rfree: 0.1947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2705 1283 4.9 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2098 25008 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.99 Å2 / Biso mean: 35.922 Å2 / Biso min: 21.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20.96 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→66.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 0 96 3152
Biso mean---38.57 -
残基数----368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0143154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.6564288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8351.6436492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1485366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90723.012166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.86615524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02636
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5805 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.975→2.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 90 -
Rwork0.217 1875 -
all-1965 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04850.22930.07310.53240.37950.2852-0.0633-0.0603-0.0430.00290.0589-0.00580.00280.02560.00440.03360.0141-0.0320.09770.01910.0522-24.0243-13.165510.1212
20.9618-0.1328-0.71440.84940.28221.10020.2021-0.04690.0418-0.0038-0.0165-0.0698-0.0528-0.0112-0.18560.06350.0023-0.01560.07680.01750.045610.0509-12.930123.8806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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