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Yorodumi- PDB-6zbo: HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in Complex with 1-(6-morpho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zbo | |||||||||
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Title | HIF Prolyl Hydroxylase 2 (PHD2/EGLN1) in Complex with 1-(6-morpholinopyrimidin-4-yl)-4-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1H-pyrazol-5-ol (Molidustat) | |||||||||
Components | Egl nine homolog 1 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PHD2 / Inhibitor / Complex / Molidustat / HIF | |||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation ...peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.79 Å | |||||||||
Authors | Figg Jr, W.D. / McDonough, M.A. / Nakashima, Y. / Holt-Martyn, J.P. / Schofield, C.J. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2021 Title: Structural Basis of Prolyl Hydroxylase Domain Inhibition by Molidustat. Authors: Figg Jr., W.D. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Nakashima, Y. / Zhang, Z. / Holt-Martyn, J.P. / Krajnc, A. / Schofield, C.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zbo.cif.gz | 714.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zbo.ent.gz | 605.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zbo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6zbo_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6zbo_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 6zbo_validation.xml.gz | 49 KB | Display | |
Data in CIF | 6zbo_validation.cif.gz | 70 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/6zbo | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zbnC 3hqrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25464.955 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-QEQ / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2M Potassium thiocyanate pH 7, 21% PEG 3350, Sitting drop (300 nL), protein-to-well ratio 2:1, 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2019 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→63.13 Å / Num. obs: 134388 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.96 Å2 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 937925 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3HQR Resolution: 1.79→53.71 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147 Å2 / Biso mean: 58.0728 Å2 / Biso min: 27.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→53.71 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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