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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z3t | ||||||
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タイトル | Structure of canine Sec61 inhibited by mycolactone | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Sec61 (Sec61) / mycolactone / ribosome-translocon complex / translocation inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding ...Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / pronephric nephron development / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / phospholipid binding / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Gerard, S.F. / Higgins, M.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structure of the Inhibited State of the Sec Translocon. 著者: Samuel F Gérard / Belinda S Hall / Afroditi M Zaki / Katherine A Corfield / Peter U Mayerhofer / Catia Costa / Daniel K Whelligan / Philip C Biggin / Rachel E Simmonds / Matthew K Higgins / 要旨: Protein secretion in eukaryotes and prokaryotes involves a universally conserved protein translocation channel formed by the Sec61 complex. Unrelated small-molecule natural products and synthetic ...Protein secretion in eukaryotes and prokaryotes involves a universally conserved protein translocation channel formed by the Sec61 complex. Unrelated small-molecule natural products and synthetic compounds inhibit Sec61 with differential effects for different substrates or for Sec61 from different organisms, making this a promising target for therapeutic intervention. To understand the mode of inhibition and provide insight into the molecular mechanism of this dynamic translocon, we determined the structure of mammalian Sec61 inhibited by the Mycobacterium ulcerans exotoxin mycolactone via electron cryo-microscopy. Unexpectedly, the conformation of inhibited Sec61 is optimal for substrate engagement, with mycolactone wedging open the cytosolic side of the lateral gate. The inability of mycolactone-inhibited Sec61 to effectively transport substrate proteins implies that signal peptides and transmembrane domains pass through the site occupied by mycolactone. This provides a foundation for understanding the molecular mechanism of Sec61 inhibitors and reveals novel features of translocon function and dynamics. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z3t.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z3t.ent.gz | 70.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z3t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P38377 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60058 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) |
#4: 化合物 | ChemComp-Q6B / [( |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome-translocon complexes from canine ER microsomes, bound to mycolactone タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot time 5 seconds Blot force -15 Incubation time 15 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 108129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45733 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 121.46 Å2 / Biso mean: 66.2313 Å2 / Biso min: 5.84 Å2 |