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- PDB-6y6j: VIM-2 in Complex with Biapenem Imine and Enamine Hydrolysis Products -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6j
タイトルVIM-2 in Complex with Biapenem Imine and Enamine Hydrolysis Products
要素Metallo-beta-lactamase VIM-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Metallo beta lactamases / VIM2 / biapenem / enzyme product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Biapenem Imine hydrolysis product / Biapenem Enamine hydrolysis product / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lucic, A. / Schofield, C.J. / Brem, J. / McDonough, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with the imine and enamine form of hydrolysed Biapenem
著者: Lucic, A. / Saward, B.G. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Calvopina, K. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8089
ポリマ－24,7671
非ポリマー1,0418
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.324, 74.020, 78.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-906-

HOH

21A-937-

HOH

31A-993-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-2


分子量: 24766.518 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 pLySs / 参照: UniProt: D1MEN9

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-OEN / Biapenem Imine hydrolysis product


分子量: 369.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OEQ / Biapenem Enamine hydrolysis product / (2~{S},3~{R})-2-[(2~{S},3~{R})-1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[[(6~{R})-6,7-dihydro-5~{H}-pyrazolo[1,2 -a][1,2,4]triazol-4-ium-6-yl]sulfanyl]-3-methyl-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrole-5-carboxylic acid


分子量: 369.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.29 %
解説: 100 x 20 x 10 micrometer crystal, rhomboid shape crystal
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% w/v PEG 8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→27.61 Å / Num. obs: 30180 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 13.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 12.35 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 2951 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.337 / % possible all: 98.96

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.07 Å27.61 Å
Translation5.07 Å27.61 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZ3

4bz3


解像度: 1.5→27.61 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1573 1406 4.66 %
Rwork0.1287 28772 -
obs0.1302 30179 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.74 Å2 / Biso mean: 19.0799 Å2 / Biso min: 7.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→27.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 56 200 1983
Biso mean--16.07 31.2 -
残基数----232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.550.18331350.13912816295199
1.55-1.620.16071390.13022830296999
1.62-1.690.15711430.12232835297899
1.69-1.780.13951420.12522820296299
1.78-1.890.14841320.124228652997100
1.89-2.040.1571440.119328653009100
2.04-2.240.14781410.123228893030100
2.24-2.560.14161390.124328843023100
2.56-3.230.15631410.133229263067100
3.23-27.610.17111500.134730423192100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0843-0.62562.1830.74520.3645.6037-0.1804-0.38030.57890.28930.1126-0.1885-0.481-0.17910.1480.26160.0121-0.01050.1241-0.05570.1586-23.6147-3.7744-2.3801
28.29470.0763-0.52892.22431.27373.5862-0.0047-0.26160.15640.11380.0946-0.0762-0.09720.1966-0.09630.18820.0085-0.00280.0761-0.01370.0622-18.4824-7.7692-6.7821
38.89280.2564-3.5071.13250.18183.37050.0803-0.02060.1952-0.03110.0388-0.0312-0.07730.1645-0.11980.1498-0.00790.00560.0393-0.01470.0577-16.5366-10.2382-12.7464
47.58083.9718-0.01558.0273-0.53731.29740.0673-0.16070.48580.1130.0344-0.181-0.34680.0881-0.04480.22910.00450.03880.0606-0.00640.1312-20.0901-1.4472-15.3027
51.78090.1066-0.22961.4132-0.19861.57790.0330.0441-0.0874-0.08280.0104-0.01040.03580.0836-0.04020.13040.0102-0.00010.062-0.01840.056-16.0065-19.912-17.3303
60.81412.16662.39647.65588.27898.9686-0.0172-0.3091-0.04750.1564-0.38770.57390.0372-0.65810.42910.2372-0.0106-0.00230.15980.0210.1299-24.2658-23.1986-0.6727
77.78592.60521.79353.98090.11641.95860.20270.0637-0.64950.2115-0.0869-0.25880.47320.4179-0.10930.25870.0936-0.0210.1660.02590.1193-12.8661-30.9865-3.5796
84.745-2.2528-0.62813.0045-0.17150.57070.003-0.16950.21260.3471-0.0426-0.3323-0.24160.62860.0650.1801-0.0411-0.04460.27680.02220.0807-10.7913-16.9072-1.8608
98.81613.62920.75127.29350.08046.905-0.0294-0.3307-0.44150.09820.0010.05830.3412-0.07590.01490.23340.029-0.02130.10620.02260.0837-18.8094-27.63074.1954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 44 )A32 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 64 )A45 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 88 )A65 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 102 )A89 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 199 )A103 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 215 )A200 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 216 through 229 )A216 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 245 )A230 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 246 through 263 )A246 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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