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Yorodumi- PDB-6y6j: VIM-2 in Complex with Biapenem Imine and Enamine Hydrolysis Products -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6y6j | ||||||
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Title | VIM-2 in Complex with Biapenem Imine and Enamine Hydrolysis Products | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Metallo beta lactamases / VIM2 / biapenem / enzyme product complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Lucic, A. / Schofield, C.J. / Brem, J. / McDonough, M.A. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with the imine and enamine form of hydrolysed Biapenem Authors: Lucic, A. / Saward, B.G. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Calvopina, K. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6y6j.cif.gz | 117.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6y6j.ent.gz | 89.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6y6j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6y6j_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6y6j_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6y6j_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6y6j_validation.cif.gz | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6j | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4bz3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 24766.518 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: 0 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: blaVIM-2 / Plasmid: pOPINF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Lemo21 pLySs / References: UniProt: D1MEN9 |
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-Non-polymers , 5 types, 204 molecules
#2: Chemical | ChemComp-OEN / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-OEQ / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.29 % Description: 100 x 20 x 10 micrometer crystal, rhomboid shape crystal |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 30% w/v PEG 8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9159 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 14, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9159 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→27.61 Å / Num. obs: 30180 / % possible obs: 99.56 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 13.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 12.35 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 2951 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.337 / % possible all: 98.96 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BZ3 Resolution: 1.5→27.61 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 13.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.74 Å2 / Biso mean: 19.0799 Å2 / Biso min: 7.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→27.61 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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