PDB-6xqr: OXA-48 bound by Compound 2.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xqr

タイトル

OXA-48 bound by Compound 2.2

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6xqr.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/6xqr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jhqC 7k5vC 7l8oC 7r6zC 3hbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l8o-2 4s2k-2 5dts-4 4wmc-1 5fat-d 7ass-2 4s2n-1 4s2j-1 5dts-1 4wmc-2 5dtt-2 5dva-3 5dva-1 6goa-1 6p96-d 4s2k-1 5dts-2 7aux-d 5oe2-2 7oda-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.561, 122.561, 161.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Oxacillinase-48 / OXA-48 分子量: 28295.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues GHM precede the mature OXA-48 sequence; they were left behind after TEV protease cleavage 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-VBV / [1,1'-biphenyl]-4,4'-disulfonic acid 分子量: 314.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 25 %v/v PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999957 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 36903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / B_iso Wilson estimate: 29.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 30.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 19.4 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 1808 / CC_1/2: 0.963 / R_pim(I) all: 0.172 / R_rim(I) all: 0.769 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3hbr

3hbr

解像度: 2.2→29.55 Å / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.666
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	1866	5.06 %
R_work	0.1678	34976	-
obs	0.1696	36842	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	41	295	4300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	4104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.571	5560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.0631	560

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.2934	140	0.2271	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.33	0.2566	149	0.2059	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.4	0.1924	133	0.1858	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.2085	163	0.1837	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.59	0.2401	148	0.1781	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.71	0.2458	146	0.1861	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.85	0.2567	138	0.1854	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.03	0.2263	120	0.1977	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.26	0.2406	128	0.1873	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.59	0.1987	155	0.1639	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.59-4.1	0.1917	137	0.1494	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.11-5.17	0.1566	149	0.1376	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-29.55	0.1721	160	0.1507	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.43244058689	-0.436603365609	0.179745066039	3.15371361371	0.757191208179	2.61069930002	-0.205620698303	0.187102784824	0.51558095542	-0.285721103835	0.204738841513	0.445934375626	-1.13585468936	-0.0619375824309	-0.0392709008536	0.824343725413	-0.0285843316729	-0.151605236903	0.260063128663	-0.00868746467908	0.676828831155	50.313484636	6.77643133263	-22.0416096577
2	1.79759099886	0.740117039281	0.735155581187	3.0816699965	-0.919909942572	2.41885117765	-0.360250063742	0.161728797473	0.32944595566	-0.254039611859	0.311280613496	-0.0236685066247	-0.436467670352	0.126126208094	0.0939178799337	0.414201726328	-0.11533097501	-0.0224667836447	0.183507290577	-0.018294968802	0.269909625965	58.0674404721	-5.25050926159	-21.7624155474
3	3.14956112874	0.999192267111	-0.319349344049	4.17920775586	0.154204099439	2.62649997518	-0.150028970133	-0.357856305082	-0.257662715501	0.450216998534	0.0662020208307	-0.0761523828311	0.649455013119	0.0795537433557	-0.0498072341942	0.482211428635	-0.00369609145607	-0.0232136491062	0.24433613688	-0.0232472033059	0.254085201273	55.6822602281	-28.6220927931	-9.18063549084
4	3.110588423	0.96000138419	0.835849690049	5.83045612281	0.904252857998	3.49939778896	-0.129323754736	-0.37781114166	0.150123237495	0.493420708414	0.0579208239317	0.152464247356	0.451582231236	-0.316278813813	-0.00676151594062	0.344535162595	-0.0629199409921	0.0499275499375	0.208303489809	-0.041188940324	0.247427745098	50.2695815011	-23.4140541553	-9.80835182704
5	6.35118800479	1.5319623032	-4.42414863116	4.57027802023	-3.10881321299	7.45085686994	-0.381406281543	-0.105662330612	-0.446286286507	-0.127500549579	0.130214684218	-0.513015852637	0.56802706024	0.687815066151	0.29165200963	0.302714994369	0.0261810531892	-0.0178745485843	0.22969979342	-0.127688246845	0.265744362198	67.6916162274	-21.7990560899	-14.4215477821
6	1.58097826637	0.238968919106	1.04942772477	1.91535925495	0.585354800819	2.31478443598	-0.19673587087	0.270094312784	0.0182289190242	-0.139217325987	0.226503525144	-0.189904082708	-0.169872580265	0.41968021428	-0.0332736696705	0.269803452498	-0.107458960996	0.0429269821983	0.225011357539	-0.0455662983487	0.237700943294	63.4449130521	-14.7335458141	-21.5266749562
7	2.4341692734	0.817733736954	1.07610942793	2.66886664846	0.0257478087669	1.32929678078	-0.3044122171	0.0293359846682	0.257150264943	-0.142396176087	0.106986530621	0.208610686154	-0.426542869149	-0.239549735273	0.233791663603	0.326210001238	-0.045474083928	-0.0044642274035	0.160638189253	-0.0277063690058	0.256491120865	50.9946176221	-8.3749489464	-19.5960472826
8	2.18743082345	0.827988125121	-0.0705230685857	3.03621514048	0.698070161792	5.54705774688	-0.309262556158	0.163884808816	0.230918338281	-0.207697249078	0.00404793313504	0.630463856936	-0.919955769479	-0.846993892607	0.345343407746	0.384706054389	0.0619028492764	-0.104441190315	0.226607293893	-0.0707564919559	0.502472299833	44.0013585541	-2.32043056068	-19.6804014909
9	4.48611229833	1.28549466396	0.6986125293	2.80138017065	-0.57677748973	1.82115087771	0.208882643436	-0.524077151747	-0.0585120569786	0.571037038746	-0.245464132908	0.617215988917	0.540958483988	-0.920600801521	-0.0469561044883	0.541086795116	-0.34976925291	0.183904899781	0.541999279164	-0.158603504684	0.482050665618	25.5975333771	-36.6336269292	-22.5681309677
10	0.863978075607	-0.371461077523	0.455858494584	1.5642218237	0.260761193635	1.72550200099	-0.0261106712245	0.185169270517	0.143974534972	-0.0347571061427	-0.0862116852612	0.0538875407139	-0.0971920816225	-0.0413504559597	0.114788053103	0.330206673097	-0.159893978347	0.00192339991634	0.266400033614	-0.0177969823023	0.279802221473	39.568313007	-24.8008047285	-42.7909598193
11	2.36044513802	-1.81126815071	0.671703998027	4.43790566126	0.604935144607	2.43608284341	-0.0724398403265	0.193163510194	-0.0529340045787	-0.208728227086	0.104496453507	0.0532295962273	0.0722646170878	0.332576816179	-0.0542280165534	0.355556433523	-0.202402489585	0.0264014611304	0.283652134903	-0.0327785366175	0.236920604911	44.0739156136	-33.721851797	-48.5186843636
12	1.60064605904	0.533847677504	0.360248276218	1.9589370694	1.21408183012	2.57852559952	-0.0927452205103	-0.00854902382122	0.0486739111097	0.06929070216	-0.0731951906628	0.351680756075	0.168527335898	-0.389003537158	0.158041113146	0.282035360066	-0.15296745043	0.0366396813024	0.250789350601	-0.0279812278555	0.287701903318	35.2905714025	-31.4016670575	-32.3699549315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 194 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 243 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 244 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 24 through 58 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 59 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 120 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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