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- PDB-6rpn: Structure of metallo beta lactamase VIM-2 with cyclic boronate APC308. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpn
タイトルStructure of metallo beta lactamase VIM-2 with cyclic boronate APC308.
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / beta lactamases / antimicrobial resistance (抗微生物薬耐性) / cyclic boronate
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / Β-ラクタマーゼ / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KDZ / Chem-KL8 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.409 Å
データ登録者Parkova, A. / Lucic, A. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Langley, G.W. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Broad Spectrum beta-Lactamase Inhibition by a Thioether Substituted Bicyclic Boronate.
著者: Parkova, A. / Lucic, A. / Krajnc, A. / Brem, J. / Calvopina, K. / Langley, G.W. / McDonough, M.A. / Trapencieris, P. / Schofield, C.J.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月15日Group: Non-polymer description / Refinement description / カテゴリ: chem_comp / refine / Item: _chem_comp.formula / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 2.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,38719
ポリマ－51,3872
非ポリマー2,00017
水12,520695
1
A: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6238
ポリマ－25,6931
非ポリマー9297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,76411
ポリマ－25,6931
非ポリマー1,07010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.081, 79.155, 67.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-460-

HOH

21A-742-

HOH

31B-763-

HOH

41B-896-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: Q9K2N0

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非ポリマー , 7種, 712分子

#2: 化合物 ChemComp-KDZ / (3~{R})-2,2-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethylsulfanyl)-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinin-2-ium-8-carboxylic acid


分子量: 331.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H16BO5S
#3: 化合物 ChemComp-KL8 / (3~{S})-2,2-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethylsulfanyl)-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinin-2-ium-8-carboxylic acid


分子量: 331.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H16BO5S
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 % / 解説: Rod shaped crystal about 100 microns big.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 25% PEG 8000, 0.1M Tris Buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月8日 / 詳細: OSMIC VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 75121 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 14.4 / Num. measured all: 147264
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.41-1.461.40.36566820.7250.3650.5171.15285.1
1.46-1.521.50.28768850.7980.2870.4061.1588.1
1.52-1.591.50.22971460.8670.2290.3241.16391.2
1.59-1.671.60.18773870.9010.1870.2641.10394.4
1.67-1.781.60.14676730.9350.1460.2061.13797.4
1.78-1.911.70.10877550.9650.1080.1521.04699.1
1.91-2.111.80.09178650.9710.0840.1251.38999.9
2.11-2.412.20.10578630.9690.0850.1361.007100
2.41-3.042.50.09578760.9720.0720.1191.028100
3.04-503.50.06979890.990.0440.0821.05399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.7 Å29.19 Å
Translation5.7 Å29.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BZ3

4bz3


解像度: 1.409→31.336 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1556 1843 2.45 %
Rwork0.1288 73271 -
obs0.1294 75114 95.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.95 Å2 / Biso mean: 15.495 Å2 / Biso min: 3.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.409→31.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 110 718 4315
Biso mean--21.82 28.36 -
残基数----466
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4093-1.44740.27741170.23114944506184
1.4474-1.490.23551380.2075126526487
1.49-1.53810.24081250.18495266539190
1.5381-1.59310.18251370.16945361549892
1.5931-1.65690.19691500.15325558570894
1.6569-1.73230.15761380.13885717585597
1.7323-1.82360.17311470.1295804595198
1.8236-1.93780.16431500.12355866601699
1.9378-2.08740.15061470.111558656012100
2.0874-2.29740.13771460.112259166062100
2.2974-2.62970.14811490.109558976046100
2.6297-3.31260.1251490.111859356084100
3.3126-31.34360.13441500.122160166166100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3871-0.2706-3.68392.17690.49034.2020.1271-0.30570.51250.0467-0.01150.0469-0.35610.2504-0.18650.1236-0.0058-0.03140.1386-0.06010.1629-26.9112-5.152483.9696
22.44330.6336-0.42412.8738-0.64392.2767-0.0623-0.07380.0930.00580.0759-0.01170.04650.0719-0.01040.04160.017-0.01180.0497-0.00910.0582-31.1817-12.984980.2241
31.9906-1.14761.00434.8361.03252.3942-0.1051-0.13850.13270.16450.0498-0.2302-0.09350.32950.01540.06160.0026-0.01540.1028-0.01020.0987-22.9482-16.93783.771
42.4402-0.65922.17111.3681-0.41884.5167-0.0547-0.0618-0.01090.04530.0338-0.02320.0091-0.00680.03250.06150.01130.01730.0416-0.00660.0648-34.1858-19.320978.7419
54.7189-0.42731.19271.46580.64372.8255-0.05410.1338-0.1341-0.04650.0189-0.03280.09470.03910.01430.0874-0.00870.02510.02350.00170.0744-36.5748-25.958573.0572
62.5994-2.6201-0.15972.9370.60871.2339-0.01520.0407-0.3131-0.02580.01810.20610.0622-0.0178-0.00350.0699-0.016-0.00030.0611-0.00750.0611-44.7247-24.055474.4383
70.8093-0.1590.27721.4812-0.30551.45880.0016-0.01230.03380.0004-0.00330.0794-0.0423-0.0724-0.00060.04960.00380.01150.0548-0.00580.0608-45.7306-9.871275.9409
87.24841.381-3.97930.3816-1.12933.48820.0485-0.26140.19420.0863-0.03060.042-0.08560.0747-0.03590.09220.00920.00910.0656-0.01550.0796-41.6428-4.1183.0994
93.50780.3271.95563.7933-1.8982.80120.00480.24330.1731-0.1598-0.00850.0401-0.1195-0.10760.01460.07120.0187-0.00170.06980.01190.1006-46.61411.338869.2592
104.53752.1296-1.64726.8449-3.21216.67770.0703-0.3242-0.41360.1043-0.1201-0.06240.28220.22290.03070.0890.0272-0.05510.10930.02440.121-10.32811.400865.3354
117.00511.3205-3.36822.1307-0.88363.70950.0235-0.12-0.05320.06590.0530.11170.117-0.1034-0.01440.0772-0.0072-0.01750.05950.02280.0548-17.81065.625762.6319
121.09550.07980.46860.7260.10831.4746-0.00760.01580.0301-0.0022-0.0086-0.0614-0.06580.06640.01850.0627-0.00370.01090.04930.0020.0591-16.873514.485353.2017
132.5003-1.07221.18873.0032-0.36171.23520.1066-0.0072-0.19680.09220.00070.06410.1651-0.1611-0.08970.0989-0.022-0.02220.0632-0.01910.0751-25.346-0.60247.7236
141.520.8289-0.2891.75290.17682.29770.04080.0683-0.0636-0.00350.0126-0.04890.21960.0157-0.04360.12420.0236-0.01660.0428-0.00630.079-20.6028-4.188748.7201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 52 )A31 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 88 )A53 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 102 )A89 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 122 )A103 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 146 )A123 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 147 through 163 )A147 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 229 )A164 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 245 )A230 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 246 through 263 )A246 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 52 )B31 - 52
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 53 through 76 )B53 - 76
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 77 through 199 )B77 - 199
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 200 through 229 )B200 - 229
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 230 through 263 )B230 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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