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- PDB-6rp6: Fragment AZ-019 binding at the TAZpS89/14-3-3 sigma interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rp6
タイトルFragment AZ-019 binding at the TAZpS89/14-3-3 sigma interface
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • WW domain-containing transcription regulator protein 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein protein interaction / fragment soaking / stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


kidney morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / Physiological factors / mesenchymal cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / SMAD protein signal transduction / tissue homeostasis ...kidney morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / Physiological factors / mesenchymal cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / SMAD protein signal transduction / tissue homeostasis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / glomerulus development / Signaling by Hippo / stem cell division / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of cell-cell adhesion / establishment of skin barrier / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / cilium assembly / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / bicellular tight junction / positive regulation of osteoblast differentiation / cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of protein localization / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of innate immune response / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / transcription coregulator activity / protein sequestering activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / multicellular organism growth / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / sperm midpiece / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / nuclear body / protein ubiquitination / cadherin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain ...: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KDK / 14-3-3 protein sigma / WW domain-containing transcription regulator protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.885 Å
データ登録者Genet, S. / Wolter, M. / Guillory, X. / Somsen, B. / Leysen, S. / Patel, J. / Castaldi, P. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based Differential Targeting of PPI Stabilizer Interfaces.
著者: Guillory, X. / Wolter, M. / Leysen, S. / Neves, J.F. / Kuusk, A. / Genet, S. / Somsen, B. / Morrow, J.K. / Rivers, E. / van Beek, L. / Patel, J. / Goodnow, R. / Schoenherr, H. / Fuller, N. / ...著者: Guillory, X. / Wolter, M. / Leysen, S. / Neves, J.F. / Kuusk, A. / Genet, S. / Somsen, B. / Morrow, J.K. / Rivers, E. / van Beek, L. / Patel, J. / Goodnow, R. / Schoenherr, H. / Fuller, N. / Cao, Q. / Doveston, R.G. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R. / Castaldi, P. / Boyd, H. / Landrieu, I. / Chen, H. / Ottmann, C.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3285
ポリマ－27,9652
非ポリマー3633
水6,053336
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,65610
ポリマ－55,9314
非ポリマー7256
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.970, 112.020, 62.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド WW domain-containing transcription regulator protein 1 / Transcriptional coactivator with PDZ-binding motif


分子量: 1422.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZV5

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非ポリマー , 4種, 339分子

#3: 化合物 ChemComp-KDK / 4-phenyl-5-(piperidin-4-ylmethyl)thiophene-2-carboximidamide


分子量: 299.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M Na-HEPES pH 7.1, 27% PEG400, 0.19 M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→41.86 Å / Num. obs: 31371 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.62→1.64 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 111 / CC1/2: 0.862 / Rrim(I) all: 0.391 / % possible all: 6.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHR

3mhr


解像度: 1.885→25.576 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 1180 4.98 %
Rwork0.1568 --
obs0.1598 23682 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.885→25.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 23 336 2245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9532724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6461242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.885-1.97080.25491410.20352761X-RAY DIFFRACTION100
1.9708-2.07460.27291420.17832784X-RAY DIFFRACTION100
2.0746-2.20450.23171500.15792756X-RAY DIFFRACTION100
2.2045-2.37470.20641640.1442766X-RAY DIFFRACTION100
2.3747-2.61340.20371450.14762819X-RAY DIFFRACTION100
2.6134-2.99110.24341420.15892825X-RAY DIFFRACTION100
2.9911-3.76650.20291510.13842830X-RAY DIFFRACTION100
3.7665-25.57870.20191450.16112961X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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