PDB-6qqu: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqu

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqu.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqu.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qqu_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qqu_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	6qqu_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	6qqu_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo4-d 6nw6-d 6qof-d 6qrg-d 6qr3-d 6qo3-d 6qor-d 6qqz-d 6qr5-d 6qox-d 6qqy-d 6qoq-d 6nvr-d 6qog-d 6qou-d 6qod-d 6qo2-d 6qqt-d 6qr6-d 6qqs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.410, 78.660, 85.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JF8 / 5-azanyl-3-(1~{H}-indol-6-yl)-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 223.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉N₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→58.02 Å / Num. obs: 68474 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.49 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 605403

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.59-1.63	9.1	1.692	4986	0.571	0.589	1.793	100
7.11-58.02	7.4	0.036	888	0.998	0.014	0.038	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.59→54.056 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1992	3374	4.93 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1811	68393	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.46 Å² / B_iso mean: 34.7946 Å² / B_iso min: 18.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.59→54.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	34	249	3461
B_iso mean	-	-	24.39	44.29	-
残基数	-	-	-	-	420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	4570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.736	1195

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.59-1.6127	0.3038	140	0.2756	2651	2791
1.6127-1.6368	0.2787	108	0.2641	2707	2815
1.6368-1.6624	0.2911	132	0.2476	2694	2826
1.6624-1.6896	0.2851	145	0.2523	2689	2834
1.6896-1.7188	0.2714	138	0.2483	2683	2821
1.7188-1.75	0.2626	143	0.2317	2689	2832
1.75-1.7837	0.2418	113	0.2186	2669	2782
1.7837-1.8201	0.2535	111	0.1974	2710	2821
1.8201-1.8597	0.2074	112	0.1978	2700	2812
1.8597-1.9029	0.2091	129	0.1861	2692	2821
1.9029-1.9505	0.2148	153	0.1829	2687	2840
1.9505-2.0033	0.2175	147	0.1748	2700	2847
2.0033-2.0622	0.202	147	0.1812	2658	2805
2.0622-2.1288	0.2125	131	0.1834	2721	2852
2.1288-2.2049	0.1966	140	0.1793	2706	2846
2.2049-2.2931	0.222	150	0.176	2666	2816
2.2931-2.3975	0.2114	158	0.179	2705	2863
2.3975-2.5239	0.1958	144	0.1848	2722	2866
2.5239-2.682	0.2412	147	0.191	2697	2844
2.682-2.8891	0.2351	132	0.1936	2735	2867
2.8891-3.1798	0.1878	143	0.1931	2757	2900
3.1798-3.6399	0.1714	128	0.1805	2773	2901
3.6399-4.5855	0.1797	174	0.1515	2750	2924
4.5855-54.0871	0.1795	209	0.1613	2858	3067

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2171	0	0.0242	0.1281	-0.0501	0.2126	0.1014	0.723	-0.176	-0.6175	-0.3573	0.0534	0.0854	-0.3617	-0.0054	0.3408	0.0258	0.0241	0.4065	-0.0147	0.2529	-32.1159	13.0997	-22.0123
2	1.2851	-0.0466	-0.0794	0.4003	-0.3552	0.7042	0.057	0.1105	0.006	-0.1124	0.0943	-0.0075	-0.0703	-0.1186	0.0001	0.2514	0.0143	-0.0108	0.2952	0.0042	0.2705	-36.0801	18.8159	-14.5616
3	1.3766	-0.0123	-0.2287	0.3375	-0.0191	1.1254	-0.0416	-0.1044	-0.0589	-0.0882	0.0431	0.0132	0.0608	-0.067	-0.0001	0.2328	-0.015	0.0064	0.2269	-0.0038	0.2437	-29.7728	9.8208	-8.8747
4	1.0271	-0.2842	-0.0969	0.4274	-0.4803	0.4993	-0.0026	0.1942	-0.08	-0.1435	-0.0233	-0.0139	0.0731	-0.0819	-0	0.247	-0.0192	0.0168	0.2524	-0.0475	0.2572	-20.6923	9.1625	-20.6208
5	0.7253	-0.2914	-0.3723	0.4333	0.2317	0.1613	-0.0269	-0.0774	0.1184	-0.1001	0.1237	-0.2543	-0.0729	0.3107	-0	0.2857	-0.0098	-0.0022	0.2641	-0.015	0.2781	2.3515	3.13	-31.1212
6	0.8886	0.0624	-0.2467	0.6513	-0.4802	0.5141	0.2742	0.3975	0.2372	-0.3578	-0.2835	0.6191	-0.2018	-0.6305	-0.0041	0.4142	0.0832	-0.0334	0.3588	0.0182	0.3083	-17.0807	20.1592	-37.7512
7	1.0508	-0.4671	-0.7845	0.4841	0.5251	0.7318	0.0642	0.0942	0.0727	-0.2104	-0.0198	-0.0516	-0.1791	-0.021	0	0.3001	-0.0085	0.0199	0.208	0.003	0.2234	-7.5715	16.6799	-31.7202
8	-0.0244	0.0298	-0.0249	0.1562	0.1194	0.06	0.0366	-0.1139	0.0647	-0.2868	0.1029	-0.1038	-0.1902	0.3345	-0.0001	0.3038	-0.0512	0.0603	0.2488	-0.026	0.2742	-0.1103	17.9124	-32.6411
9	0.6886	-0.1129	-0.1012	0.0554	-0.2593	0.6007	-0.0217	-0.0074	0.0971	-0.0825	-0.0044	-0.0423	-0.025	0.0058	-0	0.2194	-0.0044	-0.0059	0.2204	-0.0062	0.2605	-15.7959	19.5137	-18.5113
10	0.309	-0.2272	-0.3986	0.5634	0.3826	0.3274	-0.0102	-0.3765	0.1518	0.1771	0.0017	-0.1142	0.0809	0.0092	-0	0.2514	-0.0025	-0.0059	0.4479	-0.072	0.2904	-25.8812	21.5215	5.9524
11	0.0576	-0.0138	-0.0189	0.0144	0.0032	-0.005	0.1461	0.3692	-0.5728	-0.1378	0.1828	-0.1734	0.3788	-0.2741	-0.0006	0.2939	-0.0542	-0.0514	0.343	-0.0121	0.3826	-8.0607	9.7517	-1.6814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 62 )	A	19 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 131 )	A	63 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 132 through 178 )	A	132 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 227 )	A	179 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 48 )	B	0 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 115 )	B	49 - 115
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 183 through 222 )	B	183 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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