PDB-6qqt: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqt

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.673 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqt.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqt.ent.gz	143.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qqt_validation.pdf.gz	952 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qqt_full_validation.pdf.gz	954.7 KB	表示
XML形式データ	6qqt_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	6qqt_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqy-d 6qrb-d 6qr4-d 6qr6-d 6qqs-d 6qr5-d 6qoq-d 6qor-d 6qo3-d 6qqq-d 6qov-d 6qoc-d 6qo4-d 6qr3-d 6qod-d 6qqu-d 6qrg-d 6qow-d 6nw6-d 6qr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.591, 77.862, 86.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JCH / 3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazol-5-amine 分子量: 318.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₈N₄O
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→86.64 Å / Num. obs: 58996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 20.7 / Num. measured all: 519445 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.67-1.76	8.8	0.912	8521	0.786	0.326	0.97	100
5.29-86.64	7.8	0.044	2056	0.998	0.017	0.047	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.673→45.743 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	2867	4.87 %
R_work	0.1712	-	-
obs	0.1729	58921	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.47 Å² / B_iso mean: 38.7664 Å² / B_iso min: 18.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.673→45.743 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3165	0	58	231	3454
B_iso mean	-	-	42.19	46.98	-
残基数	-	-	-	-	418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	4599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.53	1204

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6728-1.7017	0.2736	150	0.2505	2776	2926
1.7017-1.7326	0.2613	138	0.2349	2777	2915
1.7326-1.7659	0.217	147	0.2084	2749	2896
1.7659-1.802	0.2229	140	0.2038	2768	2908
1.802-1.8412	0.2372	140	0.1949	2772	2912
1.8412-1.884	0.2276	129	0.1929	2765	2894
1.884-1.9311	0.2257	148	0.1762	2778	2926
1.9311-1.9833	0.1878	144	0.1657	2775	2919
1.9833-2.0417	0.2128	148	0.171	2773	2921
2.0417-2.1076	0.1985	154	0.1645	2763	2917
2.1076-2.1829	0.1924	130	0.1716	2795	2925
2.1829-2.2703	0.19	125	0.1697	2817	2942
2.2703-2.3736	0.2187	145	0.1715	2790	2935
2.3736-2.4988	0.2013	132	0.1746	2806	2938
2.4988-2.6553	0.2171	146	0.1831	2812	2958
2.6553-2.8603	0.1963	141	0.193	2822	2963
2.8603-3.1481	0.2165	151	0.1924	2807	2958
3.1481-3.6034	0.2173	165	0.1736	2823	2988
3.6034-4.5393	0.19	142	0.1425	2886	3028
4.5393-45.7602	0.1936	152	0.1629	3000	3152

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4031	0.0165	-0.7546	2.7105	0.1105	1.9753	0.0865	0.7234	-0.1522	-0.6501	-0.2691	-0.1397	0.3853	-0.3612	0.0174	0.3485	0.0111	0.0037	0.446	0.0245	0.2665	-32.1162	13.0225	-22.3404
2	2.2154	0.0274	-0.6196	1.7425	0.6078	2.5156	0.0585	0.2986	0.048	-0.252	0.0925	0.0547	-0.1541	-0.2309	-0.0246	0.2753	0.0007	-0.0252	0.3257	0.0356	0.3156	-36.2367	18.8024	-14.2449
3	2.1483	-0.0612	-0.6516	0.5756	0.1971	1.5921	-0.0693	0.0509	-0.087	-0.0324	0.0665	0.0338	0.1157	-0.0546	0.0412	0.229	-0.0212	-0.0055	0.2212	-0.0085	0.2299	-27.7685	10.1106	-11.3473
4	4.5181	1.525	-0.2017	1.001	-0.4376	0.368	-0.1029	0.2722	-0.5547	-0.4625	-0.3068	0.0192	0.4906	-0.1545	-0.263	0.4936	-0.1311	-0.0986	0.396	-0.2262	0.3438	-14.2762	0.6532	-25.2112
5	1.3158	-0.4964	-0.3983	1.7953	-0.3363	1.3371	0.0556	-0.0049	0.1569	-0.5922	0.1595	-0.5519	-0.0876	0.2602	-0.0283	0.3937	-0.0712	0.0745	0.3133	-0.0261	0.2893	2.3519	4.7863	-41.0487
6	1.4103	-0.9624	-1.4353	3.0423	2.7129	3.5315	-0.0634	-0.1652	0.0611	0.2803	0.2153	-0.2012	0.2528	0.3326	-0.0604	0.297	0.0296	-0.0501	0.3683	-0.0221	0.275	2.7761	2.0399	-24.2203
7	2.3611	0.2505	-0.6462	1.8005	0.586	1.9512	0.1491	0.0111	0.2484	0.3742	-0.0355	0.7108	-0.104	-0.7986	-0.0704	0.4484	0.0218	-0.0063	0.4649	0.0429	0.3981	-19.7073	23.7196	-31.3361
8	2.5847	-0.5039	-1.3139	0.1263	0.0532	4.6038	0.083	0.7296	0.5056	-0.7432	0.1707	0.301	-0.1792	-0.1922	-0.223	0.4209	0.0184	-0.0627	0.4991	0.0556	0.3468	-16.7327	22.4631	-38.8789
9	4.5631	-0.7969	-1.2979	4.2186	1.1979	0.962	-0.1394	0.4941	-0.3114	-0.2519	-0.0025	0.7611	-0.1808	-0.2131	-0.0755	0.3591	-0.0424	-0.0135	0.3499	-0.0252	0.2864	-9.5111	4.6521	-42.1762
10	1.3972	-0.3207	-0.7092	1.123	0.6826	2.2197	0.0149	0.1323	0.158	-0.3101	0.0383	-0.0793	-0.2421	-0.0328	-0.1539	0.2966	-0.044	0.0094	0.2428	-0.0023	0.2544	-7.8255	20.2025	-29.6198
11	1.4108	-0.3072	-1.0297	1.1594	1.283	2.0095	-0.0134	-0.0417	0.0141	-0.4492	0.2675	-0.2147	-0.1341	0.3374	-0.1948	0.3416	-0.0952	0.0389	0.2892	-0.0142	0.3053	-0.3314	18.7527	-33.1868
12	1.5078	-0.3224	-0.9909	0.5603	-0.6376	2.0291	0.0322	0.0378	0.2399	-0.0336	-0.0112	-0.0322	-0.1816	-0.1347	-0.0995	0.2427	-0.0064	-0.023	0.2694	-0.0195	0.3131	-16.0104	19.376	-18.2038
13	2.3754	-0.125	-0.6161	1.065	0.003	1.6078	0.0813	-0.5961	0.6261	0.4186	-0.0067	0.2546	0.1307	0.1118	-0.0554	0.3089	0.0363	0.0077	0.3901	-0.0799	0.3451	-33.5487	22.4632	6.4016
14	2.4245	-1.3584	-1.7515	3.8691	3.32	4.0923	-0.2428	-0.7717	0.4444	0.7198	0.3597	-0.2778	0.2425	0.1919	-0.1455	0.2921	0.0249	-0.0678	0.5512	-0.0873	0.3639	-18.6405	19.503	6.2275
15	5.0679	-2.8027	0.6369	3.2536	-1.3292	5.124	0.1808	0.1936	-0.6976	-0.0977	-0.0231	-0.3359	0.6329	-0.2041	-0.0404	0.3339	-0.0385	-0.0333	0.3564	-0.0548	0.4726	-8.2508	9.7159	-1.6476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 29 )	B	0 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 40 )	B	30 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 115 )	B	63 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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