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Yorodumi- PDB-6p78: queuine lyase from Clostridium spiroforme bound to SAM and queuine -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p78 | |||||||||
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Title | queuine lyase from Clostridium spiroforme bound to SAM and queuine | |||||||||
Components | Queuine lyase | |||||||||
Keywords | LYASE / Metal Ion Binding / 4 Iron 4 Sulfur Cluster Binding / Radical SAM enzyme / C-N lyase activity | |||||||||
Function / homology | Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / iron-sulfur cluster binding / catalytic activity / metal ion binding / Chem-QUG / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Radical SAM domain protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | [Clostridium] spiroforme DSM 1552 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.726 Å | |||||||||
Authors | Almo, S.C. / Grove, T.L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Discovery of novel bacterial queuine salvage enzymes and pathways in human pathogens. Authors: Yuan, Y. / Zallot, R. / Grove, T.L. / Payan, D.J. / Martin-Verstraete, I. / Sepic, S. / Balamkundu, S. / Neelakandan, R. / Gadi, V.K. / Liu, C.F. / Swairjo, M.A. / Dedon, P.C. / Almo, S.C. / ...Authors: Yuan, Y. / Zallot, R. / Grove, T.L. / Payan, D.J. / Martin-Verstraete, I. / Sepic, S. / Balamkundu, S. / Neelakandan, R. / Gadi, V.K. / Liu, C.F. / Swairjo, M.A. / Dedon, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / de Crecy-Lagard, V. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p78.cif.gz | 117.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6p78.ent.gz | 95.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p78.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6p78_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6p78_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6p78_validation.xml.gz | 13.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6p78_validation.cif.gz | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/6p78 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29934.082 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) [Clostridium] spiroforme DSM 1552 (bacteria) Gene: CLOSPI_01524 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B1C2R2 |
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#2: Chemical | ChemComp-SF4 / |
#3: Chemical | ChemComp-QUG / |
#4: Chemical | ChemComp-SAM / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: 0.1 M CHES, pH 9.5, 30% polyethylene glycol 3,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 1.3776 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3776 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→53.89 Å / Num. obs: 29732 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 27.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 814983 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.726→28.803 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.28 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.04 Å2 / Biso mean: 32.7345 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.726→28.803 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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