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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6myv | |||||||||
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タイトル | Sialidase26 co-crystallized with DANA-Gc | |||||||||
要素 | Sialidase26 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Sialidase / microbiome / Neu5Gc / sialic acid / inflammation / Neu5Gc2en / DANA / DANA-Gc / Gc | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | unidentified bacterium (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Huang, J. ...Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Gut bacteria responding to dietary change encode sialidases that exhibit preference for red meat-associated carbohydrates. 著者: Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Secrest, P. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6myv.cif.gz | 422.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6myv.ent.gz | 344.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6myv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6myv_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6myv_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6myv_validation.xml.gz | 78.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6myv_validation.cif.gz | 109.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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