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- PDB-6lsn: Crystal structure of tubulin-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lsn
タイトルCrystal structure of tubulin-inhibitor complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. ...Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-ERR / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.445 Å
データ登録者Gang, L. / Wang, Y.X. / Cheng, J.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design, Synthesis, and Bioevaluation of Pyrazolo[1,5-a]Pyrimidine Derivatives as Tubulin Polymerization Inhibitors Targeting the Colchicine Binding Site with Potent Anticancer Activities
著者: Gang, L. / Wang, Y.X. / Chen, J.J.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,88925
ポリマ－261,3056
非ポリマー3,58419
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22900 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area81280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.296, 158.458, 181.959
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBA1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBB2B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A287AGU7, UniProt: P02554*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P63042
#4: タンパク質 Tubulin tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 395分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-ERR / 2-(1-methylindol-5-yl)-7-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine


分子量: 414.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG, 5% glycerol, 0.1M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.445→50 Å / Num. obs: 112697 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 0.423 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.495.91.06955560.620.4721.170.409100
2.49-2.5460.9555640.6560.4221.0410.40699.8
2.54-2.596.30.81555710.7320.350.8880.407100
2.59-2.646.40.68355770.7960.2910.7430.406100
2.64-2.76.90.65455940.8350.2670.7070.416100
2.7-2.766.80.56355660.8610.230.6090.416100
2.76-2.836.80.47855620.9050.1960.5170.423100
2.83-2.96.70.39155860.9330.1620.4240.421100
2.9-2.996.60.34356090.9380.1430.3720.432100
2.99-3.096.40.26655920.9580.1140.290.431100
3.09-3.26.40.21956050.970.0940.2390.437100
3.2-3.326.80.18456080.9820.0760.20.435100
3.32-3.486.90.1556130.9890.0610.1620.443100
3.48-3.666.90.12456590.9910.0510.1340.454100
3.66-3.896.80.09956420.9940.0410.1070.445100
3.89-4.196.40.0856500.9950.0340.0880.433100
4.19-4.616.80.06656750.9970.0270.0720.424100
4.61-5.286.90.06357220.9970.0260.0690.413100
5.28-6.656.30.06857520.9960.0290.0740.399100
6.65-506.30.04859940.9980.020.0520.40499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I55

4i55


解像度: 2.445→33.167 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 2000 1.78 %
Rwork0.1766 --
obs0.1774 112322 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.45 Å2 / Biso mean: 61.2834 Å2 / Biso min: 17.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.445→33.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17401 0 217 376 17994
Biso mean--58.97 52.71 -
残基数----2200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4453-2.50640.29491380.2619757697
2.5064-2.57420.28431410.24967793100
2.5742-2.64990.26821410.22987815100
2.6499-2.73540.2571420.22347844100
2.7354-2.83310.2751430.23037868100
2.8331-2.94650.30631420.22557805100
2.9465-3.08050.26371420.20847869100
3.0805-3.24280.24981430.20587867100
3.2428-3.44570.24471430.1927903100
3.4457-3.71140.24381430.17117908100
3.7114-4.08430.19741430.14787911100
4.0843-4.6740.16551450.13297980100
4.674-5.88330.18311460.14818042100
5.8833-33.1670.17811480.1567814198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1873-0.0180.05440.0429-0.02680.04970.00310.0879-0.0749-0.27780.1888-0.1627-0.3840.05560.03120.4994-0.1070.11060.2989-0.0910.317429.422497.834453.9046
20.0623-0.01050.03660.00650.00610.0214-0.0460.2061-0.1201-0.1680.2714-0.041-0.29480.0411-00.5727-0.10220.06960.3182-0.02470.301428.566887.81342.527
30.241-0.0628-0.01010.4336-0.08080.52240.010.0277-0.0062-0.00080.18-0.1617-0.01590.24390.40730.2177-0.04810.05010.3483-0.15980.347135.116678.730155.2357
40.0051-0.00670.00280.03340.02020.0270.1477-0.1213-0.07290.0634-0.0024-0.0315-0.1208-0.088900.29750.0425-0.00470.342-0.06990.365911.911880.23960.1192
5-0.00380.06190.02630.15860.1240.2650.0127-0.0185-0.03520.07950.0032-0.0091-0.1233-0.020400.2620.00280.04130.2315-0.06580.249318.819187.603368.5107
60.05750.00660.0070.00580.05240.0403-0.0646-0.12980.06310.16030.06970.13410.0140.0801-00.59460.0430.06160.3476-0.06970.380216.672488.114180.6973
70.13680.22920.0250.13440.10020.23540.0060.0206-0.02240.12160.027-0.00320.00970.065900.26280.03010.00710.2262-0.06090.223722.27677.049166.443
80.011-0.00670.01740.0031-0.00860.01-0.01760.0891-0.09550.29890.0182-0.11090.10110.054400.43820.1137-0.05640.4265-0.04980.395230.973164.048870.5813
90.0026-0.01220.02840.011-0.01290.01760.16970.07580.11330.03050.0712-0.0041-0.1354-0.0646-00.30050.00990.08030.2954-0.04470.385915.264564.930521.3434
100.14650.0270.01230.0163-0.00820.01040.23860.19110.1975-0.2022-0.1611-0.1312-0.23270.006100.52460.0410.11660.3461-0.00640.485915.950772.79117.4362
110.138-0.0310.10430.02290.00670.14330.27230.1277-0.1028-0.1394-0.0852-0.092-0.0940.28060.02460.2706-0.06880.10260.3552-0.06010.300628.789456.709314.3348
120.0707-0.0587-0.095-0.00620.10510.09210.0328-0.00270.1039-0.08440.02220.0664-0.04250.030800.2325-0.04020.04360.3192-0.09080.325923.904456.349825.2163
130.001-0.07680.0290.02980.04160.11270.0446-0.12350.02770.13-0.13090.03080.1271-0.077400.24420.00020.02950.33-0.10810.352215.475148.912329.0646
140.0942-0.1012-0.22130.09610.07070.20190.0905-0.08660.0540.0624-0.14290.0927-0.1116-0.1893-00.28620.00220.02460.3681-0.1240.422810.496563.16130.9965
150.0308-0.0003-0.01160.04550.0430.08870.08290.11990.0301-0.006-0.15140.00660.005-0.0528-00.21660.0273-0.00060.3226-0.11840.32195.482359.646437.253
160.04440.0041-0.00660.0151-0.00710.0996-0.0823-0.10180.00740.06220.0098-0.0722-0.0115-0.339600.32560.03110.05550.4326-0.10960.37876.353761.530344.6566
17-0.0378-0.10110.0864-0.0309-0.00480.08630.06190.0459-0.00990.0983-0.09330.1340.1668-0.1855-00.18590.0090.04410.2651-0.06130.275214.284944.021234.1131
18-0.00970.0549-0.02290.1224-0.0540.01730.04330.0149-0.08060.17460.0117-0.12240.23630.069100.21940.0211-0.0310.2985-0.04140.284125.187238.761130.9124
190.12030.0362-0.06170.28080.1640.4734-0.07880.04870.0046-0.10420.0841-0.0059-0.04220.0347-00.2234-0.04180.0060.2491-0.00320.247819.917233.2899-12.0688
200.1602-0.1568-0.01070.33690.41030.6071-0.0281-0.03250.0093-0.0141-0.03540.0120.0309-0.0706-00.1457-0.01990.01340.1959-0.01810.21447.455426.39593.111
210.09880.1071-0.01780.1283-0.05350.1954-0.17260.51120.0077-0.3190.1636-0.11650.0132-0.16360.01320.6146-0.07970.10440.6271-0.09780.32222.05176.5155-43.8449
220.309-0.3315-0.13680.34350.21310.5821-0.16640.15780.0291-0.11440.1277-0.00580.2081-0.2072-0.02310.3465-0.10370.10530.258-0.1220.176916.3215-4.7633-26.4163
230.10.08510.1060.04590.04860.0452-0.0065-0.0470.30240.23120.1104-0.09520.17470.23700.6911-0.0304-0.00570.4943-0.0960.424927.640493.240382.2078
240.0752-0.0991-0.2326-0.61461.2079-0.4294-0.1246-0.06570.0672-0.43850.1428-0.11740.43280.2557-0.07230.22460.05450.16420.4236-0.19580.394942.6727.78793.9288
250.20240.0996-0.24110.0209-0.05340.1019-0.17420.0491-0.0827-0.0419-0.0564-0.14990.4302-0.0075-0.00380.5582-0.0340.09170.2975-0.05840.37727.495357.220774.2757
260.0743-0.07510.0770.09310.08210.0882-0.0572-0.3337-0.13540.3793-0.077-0.02730.220.5755-00.75220.26380.0080.97740.20040.543516.331857.8795107.1871
270.19120.05780.0690.02460.0050.1763-0.52740.2041-0.34010.02160.0986-0.17790.5414-0.2378-0.07660.88030.13720.31780.25620.13870.5984-1.851448.494399.6798
280.26050.0106-0.12080.08470.00150.1402-0.29510.0187-0.08650.09580.20190.02630.14340.0385-0.00010.47180.03030.09020.27950.03030.32-1.462361.971388.1041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 72 )A1 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 102 )A73 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 199 )A103 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 223 )A200 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 224 through 306 )A224 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 307 through 338 )A307 - 338
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 339 through 414 )A339 - 414
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 415 through 440 )A415 - 440
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 27 )B2 - 27
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 28 through 88 )B28 - 88
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 89 through 127 )B89 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 128 through 182 )B128 - 182
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 183 through 215 )B183 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 259 )B216 - 259
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 260 through 295 )B260 - 295
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 296 through 372 )B296 - 372
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 373 through 401 )B373 - 401
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 402 through 438 )B402 - 438
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 197 )C1 - 197
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 198 through 440 )C198 - 440
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 2 through 127 )D2 - 127
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 128 through 441 )D128 - 441
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 6 through 46 )E6 - 46
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 47 through 144 )E47 - 144
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 83 )F1 - 83
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 84 through 198 )F84 - 198
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 199 through 283 )F199 - 283
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 284 through 384 )F284 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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