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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j1u | ||||||
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タイトル | influenza virus nucleoprotein with a specific inhibitor | ||||||
要素 | Nucleoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / inhibitor / complex / influenza / H1N1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Pang, B. / Zhang, W.Z. / Zhang, H.M. / Hao, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021 タイトル: Discovery of a Novel Specific Inhibitor Targeting Influenza A Virus Nucleoprotein with Pleiotropic Inhibitory Effects on Various Steps of the Viral Life Cycle. 著者: Yang, F. / Pang, B. / Lai, K.K. / Cheung, N.N. / Dai, J. / Zhang, W. / Zhang, J. / Chan, K.H. / Chen, H. / Sze, K.H. / Zhang, H. / Hao, Q. / Yang, D. / Yuen, K.Y. / Kao, R.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j1u.cif.gz | 512 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j1u.ent.gz | 423.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j1u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j1u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j1u_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6j1u_validation.xml.gz | 47.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j1u_validation.cif.gz | 65 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2iqhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56454.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2, UniProt: P15682*PLUS #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.05 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, 7% PEG8000 and 5% glycerol Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 39939 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/av σ(I): 13.9 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3247 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2IQH 解像度: 2.8→43.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 31.451 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.282 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→43.53 Å
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拘束条件 |
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