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万見
- PDB-6hhx: Structure of T. thermophilus AspRS in Complex with 5'-O-(N-(L-asp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hhx
タイトルStructure of T. thermophilus AspRS in Complex with 5'-O-(N-(L-aspartyl)-sulfamoyl)cytidine
要素Aspartate--tRNA(Asp) ligase
キーワードLIGASE / protein-inhibitor complex / tRNA aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-tRNA ligase / aspartyl-tRNA aminoacylation / aspartate-tRNA ligase activity / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type ...: / : / Aspartate-tRNA ligase, type 1 / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-(N-(L-aspartyl)-sulfamoyl)cytidine / Aspartate--tRNA(Asp) ligase / Aspartate--tRNA(Asp) ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者De Graef, S. / Pang, L. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1S53518N ベルギー
Research Foundation - FlandersG077814N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0A4616N ベルギー
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases.
著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate--tRNA(Asp) ligase
B: Aspartate--tRNA(Asp) ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2384
ポリマ－132,3642
非ポリマー8752
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area44780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.123, 112.706, 88.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aspartate--tRNA(Asp) ligase / Aspartyl-tRNA synthetase / AspRS / Discriminating aspartyl-tRNA synthetase / D-AspRS


分子量: 66181.828 Da / 分子数: 2 / 断片: aspartyl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: aspS / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: P36419, UniProt: Q5SKD2*PLUS, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-G5N / 5'-O-(N-(L-aspartyl)-sulfamoyl)cytidine


分子量: 437.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N5O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: A 10 mg/ml protein solution was prepared in 10 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM DTT and 0.4% w/v low melting point agarose, maintaining the sample temperature at 315 kelvin. Crystals were ...詳細: A 10 mg/ml protein solution was prepared in 10 mM TRIS pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM DTT and 0.4% w/v low melting point agarose, maintaining the sample temperature at 315 kelvin. Crystals were grown by mixing an equal volume of the protein solution with 8-12% PEG 4000, 0.1 M Morpheus buffer system 1 (MES/imidazole) pH 7, 100 mM KCl, 20 v/v % glycerol. For soaking a 4 mM solution of compound in DMSO was used. A one third volume of the initial drop size was pipetted carefully onto the crystal containing drop. The sample was then placed back over the reservoir and incubated for approximately 2 hr. Crystals we caught in cryoloops and directly flash frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→68.32 Å / Num. obs: 100487 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 681569
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.1470.886146650.7670.360.957100
6.43-68.326.40.03832660.9990.0160.04199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L0W

1l0w


解像度: 2.1→57.78 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 2103 2.31 %
Rwork0.1881 --
obs0.1888 91110 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 155 Å2 / Biso mean: 61.4528 Å2 / Biso min: 28.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→57.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8993 0 58 162 9213
Biso mean--47.95 49.02 -
残基数----1154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.14890.30471470.243859496096
2.1489-2.20260.28121200.229259266046
2.2026-2.26220.25671320.229658836015
2.2622-2.32870.27441430.215259506093
2.3287-2.40390.25331400.21659316071
2.4039-2.48980.24531370.221459026039
2.4898-2.58950.27751230.226959056028
2.5895-2.70730.25431200.22959686088
2.7073-2.85010.26551200.240759486068
2.8501-3.02860.30161500.224959096059
3.0286-3.26250.24291580.217359246082
3.2625-3.59070.22661560.19959146070
3.5907-4.11020.2171270.175959536080
4.1102-5.17790.17511830.147259306113
5.1779-57.80190.17361470.155360156162
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0721-0.13810.00720.8036-0.13760.5695-0.0088-0.16090.17660.13090.1147-0.0482-0.0356-0.0246-0.10170.36380.00320.0110.3549-0.01560.31-26.99616.5321-15.859
21.0019-0.1728-0.36280.5860.160.7281-0.0152-0.0308-0.14150.05960.10550.08180.1956-0.1116-0.07750.4042-0.0631-0.05840.3270.06180.3389-37.1113-20.3043-20.3328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 578)A0 - 578
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and not resid 300:412)B0 - 300
3X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and not resid 300:412)B412 - 580

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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