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Yorodumi- PDB-6h73: Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h73 | ||||||
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Title | Molybdenum storage protein - recombinantly produced and loaded with molybdate under in vitro conditions | ||||||
Components | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / polyoxometalate cluster assembly / molybdenum storage protein / bionanolab | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
Citation | Journal: J. Inorg. Biochem. / Year: 2018 Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h73.cif.gz | 212.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h73.ent.gz | 167.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h73.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6h73_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6h73_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6h73_validation.xml.gz | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6h73_validation.cif.gz | 28.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h73 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6gwbC 6h6wC 6h74C 6h8bC 6h8hC 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosB, Avin_43210 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84253 |
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#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosA, Avin_43200 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84308 |
-Non-polymers , 7 types, 97 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-FUQ / | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Chemical | ChemComp-GUH / | #8: Chemical | ChemComp-MOO / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.618 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.618 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 76855 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.2 % / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / CC1/2: 0.634 / Rsym value: 1.708 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ndo Resolution: 2.3→42.23 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→42.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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