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万見
- PDB-6gs4: Crystal structure of peptide transporter DtpA-nanobody in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gs4
タイトルCrystal structure of peptide transporter DtpA-nanobody in complex with valganciclovir
要素
  • Dipeptide and tripeptide permease A
  • nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / peptide transporter / complex with nanobody / SLC15 family member
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptide transmembrane transport / dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid/peptide transporter family, dipeptide and tripeptide permease A / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. ...Amino acid/peptide transporter family, dipeptide and tripeptide permease A / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F9E / Dipeptide and tripeptide permease A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Ural-Blimke, Y. / Flayhan, A. / Quistgaard, E.M. / Loew, C.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
European UnioniNEXT grant, project no. 653706
Swedish Research Council621-2013-5905 スウェーデン
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Structure of Prototypic Peptide Transporter DtpA from E. coli in Complex with Valganciclovir Provides Insights into Drug Binding of Human PepT1.
著者: Ural-Blimke, Y. / Flayhan, A. / Strauss, J. / Rantos, V. / Bartels, K. / Nielsen, R. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kosinski, J. / Quistgaard, E.M. / Low, C.
履歴
登録2018年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptide and tripeptide permease A
H: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2354
ポリマ－69,3702
非ポリマー8652
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area25190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.940, 120.190, 163.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dipeptide and tripeptide permease A


分子量: 54969.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 / 遺伝子: dtpA, tppB, ydgR, b1634, JW1626 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P77304
#2: 抗体 nanobody


分子量: 14400.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-F9E / [(2~{S})-2-[(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)methoxy]-3-oxidanyl-propyl] (2~{S})-2-azanyl-3-methyl-butanoate


分子量: 354.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 400, calcium chloride, glycine buffer, Anapoe-C12E10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→19.68 Å / Num. all: 206943 / Num. obs: 32188 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1074 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル解像度: 2.645→2.74 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GS1

6gs1


解像度: 2.645→19.68 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 29.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 3044 5.03 %
Rwork0.2157 --
obs0.2169 60493 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4542 0 60 7 4609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5716397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1172706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6455-2.68670.39621290.39392432X-RAY DIFFRACTION93
2.6867-2.73070.38711410.37172666X-RAY DIFFRACTION100
2.7307-2.77760.37391380.34382591X-RAY DIFFRACTION99
2.7776-2.8280.38991370.35292618X-RAY DIFFRACTION99
2.828-2.88220.341400.3362648X-RAY DIFFRACTION99
2.8822-2.94090.33411340.31982601X-RAY DIFFRACTION100
2.9409-3.00460.36591360.30662626X-RAY DIFFRACTION99
3.0046-3.07420.31341440.30052634X-RAY DIFFRACTION99
3.0742-3.15080.30861340.30092586X-RAY DIFFRACTION99
3.1508-3.23570.29121370.28432630X-RAY DIFFRACTION99
3.2357-3.33040.27321410.23842593X-RAY DIFFRACTION99
3.3304-3.43740.25781450.21742639X-RAY DIFFRACTION100
3.4374-3.55960.22861360.21912613X-RAY DIFFRACTION100
3.5596-3.70120.23361420.20492625X-RAY DIFFRACTION100
3.7012-3.86850.27181370.20832609X-RAY DIFFRACTION100
3.8685-4.07080.24641360.2092619X-RAY DIFFRACTION100
4.0708-4.32340.21371430.19542617X-RAY DIFFRACTION99
4.3234-4.65320.17811400.17212631X-RAY DIFFRACTION100
4.6532-5.11410.18781350.1722640X-RAY DIFFRACTION100
5.1141-5.83760.21251390.19812601X-RAY DIFFRACTION100
5.8376-7.29330.21841410.21142630X-RAY DIFFRACTION99
7.2933-19.82090.22011390.18842600X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6624-1.7583-1.39262.18811.1833.2367-0.15510.0363-0.33060.06120.06840.0010.29870.04410.04480.5519-0.03070.07250.47310.05280.6761-2.6825-12.449635.1185
22.2540.04420.34781.139-0.05771.0323-0.12840.2895-0.1276-0.20440.008-0.02320.0446-0.12020.11980.73770.00090.10790.55440.04760.7235-18.8563-4.978225.6679
35.4467-0.0117-1.2034.88211.66437.070.1848-0.45750.19260.4314-0.20040.08820.0522-0.42580.01490.7475-0.02630.09260.5183-0.01550.7596-18.266718.082661.1654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 488 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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