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Yorodumi- PDB-6g2r: Crystal structure of FimH in complex with a tetraflourinated biph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g2r | ||||||
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Title | Crystal structure of FimH in complex with a tetraflourinated biphenyl alpha D-mannoside | ||||||
Components | Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / TYPE I PILUS / CATCH-BOND / LECTIN / UPEC / INFECTION / MANNOSE | ||||||
Function / homology | Function and homology information pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. ...Jakob, R.P. / Schoenemann, W. / Cramer, J. / Muehlethaler, T. / Daetwyler, P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Rabbani, S. / Eris, D. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B. | ||||||
Citation | Journal: Chemmedchem / Year: 2019 Title: Improvement of Aglycone pi-Stacking Yields Nanomolar to Sub-nanomolar FimH Antagonists. Authors: Schonemann, W. / Cramer, J. / Muhlethaler, T. / Fiege, B. / Silbermann, M. / Rabbani, S. / Datwyler, P. / Zihlmann, P. / Jakob, R.P. / Sager, C.P. / Smiesko, M. / Schwardt, O. / Maier, T. / Ernst, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g2r.cif.gz | 192.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g2r.ent.gz | 156.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g2r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6g2r_validation.pdf.gz | 943.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6g2r_full_validation.pdf.gz | 944.5 KB | Display | |
Data in XML | 6g2r_validation.xml.gz | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6g2r_validation.cif.gz | 23.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/6g2r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6g2sC 4x50S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16916.828 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Gene: fimH, b4320, JW4283 / Plasmid: pTRC99a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HM125 / References: UniProt: P08191 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.24 % / Description: t |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M NaAcetate pH 5.0, 1.5 M NH4sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.87287 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 28, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.87287 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→52.969 Å / Num. obs: 20986 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.3 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.479 / Rrim(I) all: 1.9 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4X50 Resolution: 2.1→52.969 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→52.969 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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