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万見
- PDB-6f3c: The cytotoxic [Pt(H2bapbpy)] platinum complex interacting with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3c
タイトルThe cytotoxic [Pt(H2bapbpy)] platinum complex interacting with the CGTACG hexamer
要素(DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')) x 2
キーワードDNA / DRUG-DNA COMPLEX / four-way junction
機能・相同性[Pt(H2bapbpy)] platinum / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Papi, F.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Induction of a Four-Way Junction Structure in the DNA Palindromic Hexanucleotide 5'-d(CGTACG)-3' by a Mononuclear Platinum Complex.
著者: van Rixel, V.H.S. / Busemann, A. / Wissingh, M.F. / Hopkins, S.L. / Siewert, B. / van de Griend, C. / Siegler, M.A. / Marzo, T. / Papi, F. / Ferraroni, M. / Gratteri, P. / Bazzicalupi, C. / ...著者: van Rixel, V.H.S. / Busemann, A. / Wissingh, M.F. / Hopkins, S.L. / Siewert, B. / van de Griend, C. / Siegler, M.A. / Marzo, T. / Papi, F. / Ferraroni, M. / Gratteri, P. / Bazzicalupi, C. / Messori, L. / Bonnet, S.
履歴
登録2017年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')
A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7547
ポリマ－6,6594
非ポリマー1,0953
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.090, 30.090, 116.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1520.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PT9 / [Pt(H2bapbpy)] platinum


分子量: 535.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16N6Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: Strontium chloride, Magnesium chloride, Sodium Cacodylate, MPD, spermine chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.176
11-h,-k,l20.824
反射解像度: 2.29→39 Å / Num. obs: 3083 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.101 % / Biso Wilson estimate: 67.61 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 10.35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.29-2.4314.9851.5271.094690.3261.57998.5
2.43-2.617.7191.1941.854490.2991.2399.8
2.6-2.8117.0970.9822.624230.6971.013100
2.81-3.0715.950.6046.054040.9520.624100
3.07-3.4317.0390.14115.753570.9970.145100
3.43-3.9617.1010.15619.613160.9970.16100
3.96-4.8414.690.13921.032870.9940.144100
4.84-6.7915.150.11924.442330.9960.123100
6.79-3912.0340.11323.851450.9890.11998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NP6

3np6


解像度: 2.3→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.048 / SU ML: 0.173 / SU R Cruickshank DPI: 0.1077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2923 347 11.3 %RANDOM
Rwork0.2573 ---
obs0.261 2732 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.43 Å2 / Biso mean: 58.268 Å2 / Biso min: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.56 Å2-0 Å2
3---9.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 442 55 9 506
Biso mean--40.51 54.17 -
残基数----22
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.012562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.372860
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02296
LS精密化 シェル解像度: 2.295→2.354 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.865 28 -
Rwork0.689 189 -
all-217 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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